自是，早起阅（近思录），辰刻办事；未後，阅亲兵技艺。二十九日，观风。〔十一月〕初二日，月课。初八日，调取观风月课优等生童面试。十一日，出榜。撰（训士告示）。十二日，坐堂，奖赏生童。十五日，成（通饬府厅县清理狱讼示稿）。二十日，作（祭徐树人中丞文）。旋奉左公札，以筹饷出力，蒙恩赏加二品顶戴。连日作（调补台湾道并赏二品顶戴谢恩）并（到任日期）暨（奉上谕责成镇道实力经理条陈大概情形）各摺稿。访施进士琼芳，定明年海东书院主讲之约；前人所屡请而未肯从者也。
十二月初，成（福州李忠定公祠堂记）、（谕彰化举人蔡鸿猷、生员陈玉盘札稿）。初十日，遣吴子俊带队之彰化。十八日，定（筹议海防禀稿）。二十六日，讯参将林鹏程、游击陈兆熊互讦口供；案缠已久，省中迭次委查而未能结，以一堂了之。二十七日，南路三屯屯弁、队目为立万民伞，并立（海峤福星）扁额；以屯饷至余到任严催，始能领得故也。作杨卧云（希闵）所订（李忠定公年谱序）。先是，彰化有拒捕戕官之案，首夥要犯未获，该令撤任留缉，始获案犯数名，以陈文为首犯定谳；由府转详，将处决矣。旧例：决犯必由道过堂画供後，方行处斩；陈文过堂，泣诉其冤。余检卷牍，首犯的系陈鲁，陈文其党；诛之无词而诬为首犯，则不服。发府覆讯，府执前谳者再，并请由道专案奏报了事。余再驳斥，必得首犯治之乃已。久之，首犯未得，该县遂将该犯（案由）尽行更改，倒填年月，通详大吏；暗中属托人在省打点，为规避处分地步。果奉抚部札饬，以该犯情证确凿，即由道就地正法，自行奏报；余守初议愈坚，将前後情节明晰详复。抚部无奈何，奏明饬令该县勒限缉拏正犯；而陈文之罪无可谢，其枉则已伸矣。又新左营勇丁因黑夜观剧、调戏良家嫠妇，被邻右群殴，翌日而毙；镇军及营官，必欲得犯抵命，饬台湾县严拏。该令多方购获在场肆殴者一名，欲拟抵；余谓（律有故杀、擅杀、误杀之条，情罪迥别。彼特随众共殴，未必有故杀之心，当以误杀论）；而案乃定。余之不忍妄戮一人，类如此。余未东渡之先，台湾纷纷思乱；至冬防，更甚。幸视事两月，人心大定；结盟树旗、地震风灾并未窃发，各营亦无噪饷者。鄙人藉此藏拙，可谓天幸矣！
六年（丁卯），四十四岁（是年，在台湾）。
正月，成（新修道山朱子祠记）一首，又成（黄席聘侍御家传）一首；定（水陆兵制）、（义学章程）。二十日，拜发（晚稻收成）并（附陈办理地方情形）一摺、一片。二十三日，成（陈孺人传）钱唐高望曾之妻也。先数日，商请刘镇军带勇赴五虎寮缉拏着匪，并派台邑白鸾卿、嘉邑邓宗尧、凤邑吴本杰同行讯供。是日，镇军回，就地正法者七人；而曾文溪向之劫案层出者，至今绝矣。成（抄辑时人古文小序）一首。
二月，作（训士训民录自序）。调取书院超等生员陈月三、施学珍、孙如林、卢元亨、方炘至内署面试，黜去陈、施二生之文理不符者，而抄袭之风少减。跋自辑曾侯相、左爵督及时人（奏疏）各一首。
三月，成（筹改海防奏稿）。十一日，遣黄西春带本部与新左营同赴学甲庄搜捕余匪，而以士人朱必昌为向导；次日，得朱必昌受伤之耗。该庄麇集万余人，汹汹欲斗；幸邓令宗尧赶至，呵斥之，乃散；然犯无一获也。复用白令言，招嘉绅陈熙年往学甲助之。而美国总兵官费与驻厦领事李让礼来见，以该国有轮船名（罗妹）者至凤山琅娇洋面遭风击碎，船主等登岸被磈礧山生番杀十二人，欲为兴兵报复；其气甚锐。内忧外患，萃於一时，亦甚费手矣。余再四开导，夷酋欣然而去。阅日，吴子俊自彰化亲解伪大都督赵戆来郡，即属其前赴学甲调和黄西春与新左营毛副将惠德等。二十一日，得报学甲拏得正犯四名，诛之；官威自此伸矣。二十三日，复得西春书，与吴子俊、邓子敬攻破沤汪匪庄，获贼甚夥。阅日，又攻西港仔匪庄，得着匪一名；立诛之。
四月四日，西春等自学甲撤队回。成（剿办土匪奏稿）。是时久雨，心常郁郁，默祷於天；至二十二日，始得放霁。二十四日，奉去冬批摺回，尚蒙奖借。次日，於（剿办土匪奏疏）外，作附片稿。是月，新任吴督派人来台密查，余置若弗闻
五月二日，拜发（修造战船拏办土匪）并（自陈办理情形）两摺、一片。十四日，作（合众国兵船至琅娇报复生番奏稿）。是日，接行知，奉旨加按察使衔。次日，即作（谢恩奏稿）。接寿山、筱涛书，两院新来，於前任事大有更改。是时，全台绅商知省中大吏意在报复左公宿嫌，因为牵制鄙人之计，知余有意求退也，合辞胪余治绩，赴省吁留；余峻却之。十四日，澎湖绅士以赈济迅速、民沾实惠，台商以土匪敛戢、商旅畅行，来送牌、伞。近日又伤亢旱，恐误晚稻栽种；正拟设坛祈祷，次日大雨连绵：天人相感之理如此，益用寅惕。成（台阳书事）五言古诗一首。每日十一月，新添诗课，皆面试，亲为指点；自此台湾诸生诗学大进，差为一快。及见省中举动，畏夷如虎；而於贪鄙昏愦之夫，无不奖进：又不禁为之闷闷也
七月二十二日，奉到六月十二日批摺。二十九日，作（早稻收成）一摺、一片奏稿。
八月初九日，奉到（洋番交涉）批摺回，而李领事亦至。吴制府以余前书力陈生番不可剿、夷人不足畏之状，大怫其意；奏明责成镇、道办理。是时，余早图引退，坐此羁绊，未便上陈。乃谋之刘简青（明灯）镇军，与督委前镇曾辑五（元福）、台防王柳庄（文棨）会同领事李让礼前往图之；而自留镇守全台，并为筹画军饷。二十日，成（寄周寿山）七言律诗一首，又成（送刘个亭）七言绝句一首，并上（乞病）之禀。其时，天热事逆，体已惫矣；成五言律诗一首。
重九日，送黄西春之鹿港厅任，成（送行）五律四章。十三日，余峙亭来自艋舺，述及沪尾何酋为霖凶横，谋夺樟栳之事；紊乱二百年军工厂旧章，殊堪痛恨！然大吏畏夷，无如之何。因默授机宜，令峙亭回艋相机图之，以求保全地方；匪直樟栳一事巳也。连日外间议论琅娇一案，李酋反为番子求和，而刘镇不允；余正忧其贪利忘害。十八日，简青移军大绣房庄，以剿、抚两策相决；余乃手陈（不可剿）五条以覆之，力主和议，祸福愿独肩之。次日，曾辑五书来，洋番和议已定局矣。未三日，而督、抚密函谓（布国有轮船於同治三年在台湾梁各口遭风失浅被抢，人赃未获；欲仿照美国琅娇故事，愿以兵船助剿来相恫愒）。毋论此案已据前台湾府陈芍亭（懋烈）查覆（并无（梁各）地名，亦无布国洋船被抢之事）；就令有之，何以事隔三年，复翻成案！夷人之狡悍固可恶，而大吏之巽懦更可耻也！
十月朔，王柳庄自琅娇回，述及李酋颇有勾结生番，贿通闽、粤客庄之事。余早逆料及此，曾致书柳庄设法破之；柳庄能从吾言，未堕李酋之计。若简青一味主剿虽系虚声，然生番与客庄愚而昧事，必真以为官兵不能相容，反不如夷人之爱我；其後患乃更大耳。日来省中小人藉端倾陷情状大露，而台中巧滑从而应之；悲悯之怀，恨不获质诸彼苍！否则，将挂冠而去矣。二十五日，自定（旌表节孝奏稿）。盖举报节孝，例由督、抚、学政会题；余悯台俗淫佚，故破例由台径奏，以省经费而期迅速；有裨与否，不敢计也。欲上第二次（乞病）禀，而前（乞病）之禀甫上，正值全台绅商公呈吁留，兼督英、抚部李乃优批慰藉，不准引退。
冬月初四日，赴弥陀寺、城隍庙、上杭街、保安宫各义塾面阅捐设义塾幼童工课。十六日，作三次请病假禀。十八日，奖赏各塾幼童，各欢欣叩头而去。
十二月，查覆布国洋船被抢之事，听督、抚如何咨呈总理衙门能使布国听从甚好；否则，听之亦不惧也。连日亢燥郁蒸，久於台地考均恐有地震之灾；余夜半焚香吁天，愿以身独受其罚。初七日，竟得大雨，地气宣泄，无虞震动矣；为之寅感不已。先是，英将军兼署督部，得余二次（乞病）之禀，准予内渡就医；催议琅娇设官添汛之事，必自余定之。余不喜设兵，而刘镇则谓非设兵不可；以将军催议不能延缓，乃摭拾与署府叶峭岩（完元）前议，少设塘汛营兵以应之，而佐以屯弁、屯丁，或无大碍也。十一日，覆巴陵吴南坪（敏树）先生书，并（次去夏见怀）七律元韵一首。十三日，面试教读杨元鸿取课幼童，亦多能成诵者；孰谓台人独愚，亦由无好官倡导於上、无明师益友切劘於下，故堕於荒陋耳。次日，复召幼童，当堂奖赏之。十九日，定（续办土匪奏稿）。二十二日，成（书事）五古一首，又成（赠福州某某）七律一首，以纾牢愤。又成五古两首。
是年，全台安靖，南北千余里道路通行；绅商士民无不归功鄙人；而不知鄙人此一年中，因省中有人图报左公宿嫌、藉端掣肘，吾之志厄而不得伸者多矣。嗟乎！天实为之，谓之何哉！
七年（戊辰），四十五岁（是年，在闽。冬，（台湾进退志）成）。
先是，除夕，得嘉属後大埔叶阳春山外匪徒结会行劫之禀。余料其必为大土豪吴志高作眼线也缘志高近颇敛戢，而嘉义在城绅士恨其旧恶，谋之邓令、刘镇图之；阳春，志高中表亲戚，察知消息，故为此以探镇、道之意；或又言其入内山以为巢穴者。余忧刘镇、邓令之轻举妄动也，故於禀中批示明切，一破其疑、一杜其勾结内山之计；且俟相机图之，以为稳着耳。委严令成仪署嘉义篆。拜发（晚稻收成）一疏，又（请旌节孝）一疏。
二月，成（送黄西春）五言古诗四首。定（保举剿办土匪及办理合众国与傀儡山洋番交涉案奏稿）。望日，成（杂感）五古一首。十七日，护道梁守来台。十八日，交卸。二十日，台郡郊商迎余长生禄位借奉於水仙宫，演戏庆祝。又以余去在即，有涕下者。次日，赴安平祭江神。归过水仙宫，正各商供余长生禄位於殿中而演戏於庙外；鄙人视之，不觉涕下矣。又有淡水厅在籍布政使衔捐职道员林占梅再四求见，缘伊有重案悬搁数年，抱病来城，力求昭雪；不料余即交卸，闻耗神魂俱丧。黄庄氏一案，亦积年未结，奔赴来城，欲及余在台为之了当；甫至而余已卸事。若辈固苍黄若失，鄙人亦抚心怦怦。又次日，满城绅衿士子以余长生禄位、衣冠奉迎游城，并以鼓乐随之；本署书役亦供长生禄位於公廨。二十四日辰刻，出城；沿街香案排於店内，满城绅商士子送至离城十五里之安平，并有送至海边、亦有登舟出洋至四草湖相送者；镇、道及文武各官亦同送至安平。午刻，乘船出海，至四草湖上船。二十五日，阻风；夜半，开行。二十八日午正，抵番船埠，寓上杭街福森春栈；东道主人，则杨子恂太史也。