闰三月，黄芳世、穆赫林败於湾腰树，胡兔败於镇北山，段应举败於祖山头；国轩遂取平和、漳平，进围海澄三匝，数堑星桩，飞鸟不能渡。城陷，段应举暨总兵黄蓝死之，官军死者三万余、马万余匹，郑氛益炽。诏逮郎廷相，以姚启圣代之；以吴兴祚为巡抚、杨捷为提督。时国轩乘胜下漳平、长泰、同安，略取南安、惠安、安溪、永春、德化诸邑；国轩自围漳，遣兵围泉而断漳州之江东桥及泉州之万安桥以拒王师。康亲王驻军福州，不敢进。已而杨捷复惠安，吴兴祚、赖塔复漳平；捷遣兵袭破陈山坝以出万安桥之背，夺其桥。而赖塔军之阻江涨者，亦得在籍学士李光地为乡道，由安溪间道出同安；泉州围解。国轩乃率二十八镇还漳州，筑十九寨；吴淑、何佑亦帅十一镇军於溪西。九月，战於龙虎山，精忠为右拒、赖塔为左拒，胡兔在前。战小却，姚启圣援之，亦不利；精忠故仇郑，拔剑斫地曰：『吾得与此贼俱歼，死不恨矣』！斩退者三人，大呼驰蹂；平西将军马某继之，阵斩郑英、吴正玺等，破营十六座，斩首四千、捕虏千二百人，亡溺以万数。国轩泅河，遁入海澄。海澄三面环海，其陆地一面，复掘濠引潮以阻我军；时出犯江东桥诸营、窥漳州，相持一年不决。
十八年（一六七九）冬十月，官军攻萧井寨；吴淑以墙坏压死。启圣乃大招抚，开第於漳州曰「修来馆」；以官爵、银币饵来归者，令华毂鲜服炫耀於漳、泉之郊相喧述，送款者无虚日。当是时，吴三桂死於湖南，水师破岳州；诏水师提督万正色督湖南、江、浙战艘三百由海赴闽，而姚启圣、吴兴祚新修三百艘亦告成。正色谋於兴祚曰：『子沿海与之上下，吾张水师以诸将之锐方船以逼海坛；子攻其陆、吾薄诸水，破之必矣』！
十九年（一六八○）正月，大集舟师伐岛；经命左武卫林陞督援剿左镇陈谅、左虎卫江胜、楼船左镇朱天贵御之。陞畏我军之众也，弃海坛，退守辽罗；天贵争之不得，乃率所部降，诸戈船望风而溃。国轩不得已，亦弃海澄遁入厦门；启圣乘胜复十九寨。国轩度厦门不可守，乃奉经遁入台湾；经之母董氏召经而数之曰：『冯、陈之业衰矣，犹有先君黄、洪之刃；若辈其庸可赦乎？不才子徒累维桑，则如勿往也』。是年，我贝子赖塔与经书曰：『自海上用兵以来，朝廷屡下招抚之令，而议终不成；皆由封疆诸臣执泥削发登岸，彼此龃龉。台湾本非中国版籍，足下父子自辟荆榛；且睠怀胜国，未尝如吴三桂之僭妄。本朝亦何惜海外一弹丸地，不听田横壮士逍遥其间乎？今三藩殄灭，中外一家；豪杰识时，必不复思嘘已灰之焰，毒疮痍之民。若能保境息兵，则从此不必登岸、不必薙发、不必易衣冠，称臣入贡可也；不称臣，不入贡，亦可也。以台湾为箕子之朝鲜、为徐市之日本，於世无患、於人无争，而沿海生灵永息涂炭。惟足下图之』！经报书请如约，惟欲留海澄为互市公所；姚启圣不可，议遂格。而经自兵败东归，潦倒抑郁，日近醇酒妇人；於二十年（一六八一）春正月壬午（二十八日）卒於台湾，台人所称永历三十五年也。年三十九，凡嗣位十九年。长子克〈臧上土下〉，乳婢出也，或曰螟蛉子；经以陈永华女配之。经之西寇也，用永华言，命克〈臧上土下〉监国；礼贤下士，谨法令，物望归之，而群小惮其明察。经诸弟亦不利其立也，侍卫冯锡范先以计罢永华兵柄，永华郁郁死；克〈臧上土下〉失助，遂共谗诸董氏，收监国印而杀之。以次子克塽嗣为延平王，幼弱不能莅事，诸务皆决锡范，人心益离。方经在厦门时，姚启圣赂其嬖人施亥令擒经以自归；及克塽立，行人傅为霖密约十三镇同日发难：事泄，并不果。国轩居台而被刺者再，郑氏益惶骇不知所为。姚启圣奏：『郑经死，子少国乱，时不可失。水师提督施琅习海道可用』。内阁学士李光地奏亦同。
二十二年（癸亥、一六八三）六月，施琅以王师发铜山，窥澎湖。国轩帅兵屯风柜屿、牛心湾，而别遣林陞等屯兵鸡笼屿；沿岸筑垒环二十余里，间垒列炮，星罗碁布。丁亥（十六日）质明，微风起，琅令蓝理、曾诚、吴启爵、张胜、许英、阮钦为、赵邦试等七船突入，纵火焚舟，风发潮涌，我前锋簸荡飘散；琅亲督〈舟宗〉大冲围赴援。国轩分两翼夹击，矢集琅目，几殆；力战始解。越七日癸巳（二十二日），琅申严号令，分兵为三路：以五十艘出牛心湾、以五十艘出鸡笼屿为奇兵，分敌势；自督五十六艘分八队攻其中坚，以八十艘继後。每路中复各分三队，不列大阵；惟约以五艘攻其一艘，人自为战。酣鏖竟日，声闻数百里。国轩发火矢喷筒，毒焰涨天，降将朱天贵战死。我军士裹创力战，阵斩林陞、邱煇、江胜、陈启明、吴潜、王隆等，兵士死者万余人，焚大小战舰三百余艘。国轩由吼门逸去。
先是，有道士黄性震自言能得国轩要领，启圣官以千户，使奉密书招之；国轩以书报，性震故泄之，於是上下解体。王师乘胜逼台湾，至鹿耳门，胶浅不得入，泊海中十有二日。忽大雾，潮高丈余，舟浮而过。台人骇曰：『先王得台湾，鹿耳门涨；今复然，天也』！七月，遣使齎延平王金印一、招讨大将军金印一、公侯伯将军银印五，籍土地、户口、府库军实诣军门降。其故明监国鲁王世子桓、泸溪王慈旷、巴东王江、乐安王俊、舒城王着、奉南王熺、益王宗室镐亦诣军门降。宁靖王术桂叹曰：『是吾归报高皇之日也』！具冠服，设宾礼於庭，北向再拜二祖、列宗，招台人别饮，舍所居为佛寺，从容投缳死；妾袁氏、王氏、秀姑、梅姐、荷姐殉之（考曰：「台湾府志」云：『术桂字天球，太祖九世孙，辽王後；长阳郡王次支也。初授辅国将军。流寇破荆州，术桂偕惠王避湖中。弘光时，晋镇国将军；令同长阳王守浙之宁海县。乙酉，我师平浙西，长阳王入闽，术桂留宁海。鲁监国之在绍兴也，传云长阳王死；监国以术桂袭封。闽中封亦如之；已闻其兄袭封辽王，术桂疏请以长阳之封让兄次子，隆武帝不许，改封宁靖王。尝监方国安、郑鸿逵军』。而黄宗羲「行朝录」「郑成功传」以为宁王权之裔，「台湾外纪」又以为宣宗九世孙。俱乱後传闻错误，附辨之）。
先十日，台湾有大星如斗，殒於东南。自成功初起，迄克塽奉永历正朔三十七年，而明朔始亡。越日，施琅刑牲告於延平王朱成功之庙曰：『自同安侯入台，台地始有居人；逮赐姓启土，始为岩疆，莫敢谁何！今琅赖天子威灵、将帅之力，克有兹土；不辞灭国之诛，所以忠朝廷而报父兄之职分也。独琅起卒伍，与赐姓有鱼水之欢；中间微嫌，酿成大戾。琅於赐姓，翦为仇雠，情犹臣主；芦中穷士，义所不为。公义私恩，如是则已』！语毕，投地大恸。疏请经略台湾。礼待克塽及诸将帅，归之京师；授克塽汉军公、锡范汉军伯、国轩天津总兵、何佑梧州副将。收其地，置台湾府，台湾、凤山、诸罗三县，西为澎湖厅。逮康熙三十九年（一七○○），仁皇帝诏曰：『朱成功系明室遗臣，非朕之乱臣贼子』。敕遣官护送成功及子经两柩归葬南安如田横故事；置守塚，建祠祀之（考曰：云归葬者，盖挈棺入京行献俘礼）。
臣鼒曰：「纪年」一书，纪福、唐、桂三王事也；终之以台湾事何？要其终也。桂藩之亡，二十余年矣；郑氏负嵎抗拒，久稽天诛，事亦何与於明乎？夫汉亡而孙、刘割据，唐亡而闽、蜀僭立；大统绝续之交，魁垒桀骜狡焉窃名位而擅正朔者，何代蔑有！朱成功凭赐姓之宠，王扶余之国，使刘渊以汉甥自许、尉佗假帝号自娱，夫谁得而禁之？而乃田横耻为亡虏、克用靡失臣节，彤弓之锡拜命遐荒、缟素之师洒泪宫阙；附共和之义，用天复之年：亡国逋臣，於义无愧！读仁皇帝『明室遗臣，非朕贼子』之谕，圣人大公无私之心，宣昭义问；盖以为万世为人臣者劝哉！经与克塽，俘馘之余耳！书曰：『明朱成功之子经、明朱成功之孙克塽』者，绝经、克塽之伪托而嘉成功之遗烈也。曰古有之乎？「春秋」终获麟之岁，而左氏附悼之四年；犹此志也。
自来修史皆广延名宿，合数十人之见闻精力，才成一书。而先生以一人之力兼之，集诸稗史，博采诸家文集、各地志书，订讹求是，至博至精；成此巨制，以为修正史者之助。此绝大史才，又非马、郑所能兼矣。拜服拜服！泰顺林鹗谨跋。
咸丰己未（九年、一八五九）先生奉命守温麻，宗善获游先生幕。公余之暇得读所着「小腆纪年」一书，覼缕甲申以後颠末正史所不及载者。先生独能博采海内遗书，订坠阐幽，汇众流而成巨浸；绝大手笔也。夫名节重则冠履严，廉耻亡则人心坏。观夫板荡黍离之际，或为疾风劲草、或为窃柄奸回，先生谆谆然严褒贬、慎予夺，正纲常而维风倘，此作书之微意也。先生通籍词垣，服官中秘，无书不读，经术渊深。惜戎马干戈，旧述半湮兵燹；莅闽行箧，仅存此本。因请急付剞劂，以示来者；盖有关世道之文也。後之论史者，当楷模奉之矣。福州谢宗善谨跋。
「小腆纪年」一书，详叙福、唐、桂三王始末，自南都立国、至台湾郑氏止；皆我朝定鼎以後事，有明史所未及载而其人、其事不容湮没而不彰者；固人人所欲目而睹之，而又不敢笔而书之者也。先生仰遵纯庙谕旨，独能搜罗野史，博采稗官诸家之说，实事求是，会萃而成此书；笔削本之「春秋」、褒贬衷诸「纲目」；而於每条後自为评语，华衮、鈇钺不爽毫厘：则刘友益之书法、尹起莘之发明，又兼而有之。煌煌巨制，实擅才、学、识三长。此书一传，必与河山并寿。盖所纪皆忠义节烈之事、贤奸劝惩之端，其有关於世道人心，正非浅鲜也。先生着作如林，文集、诗集外，「读书杂释」十四卷考据详明，洵堪羽翼经传。其「周易旧注」、「四书广义」、「度支辑略」、「务本论」若干卷，皆以卷帙繁多，未付剞劂。见刻者「小腆纪年」二十卷，「小腆纪传」卷倍之；指日合刻成书，允称全璧。後之秉笔修史者，将有所遵循而奉为指南之鍼也；岂第独出机杼，自成一家而已哉！镇宁宋光伯谨跋。
癸丑（咸丰三年、一八五三）之春，粤匪窜距金陵，犯六合；夫子奉命团练，为桑梓卫。谓士民必知忠义而後可为国家用，登陴之暇，辄举所着「小腆纪年」中之忠义城守事及纯庙褒谥祠祀之典，慷慨陈说；众多感奋。书中寓褒贬、别善恶，俾孤忠不至以微贱没草莱、大憝不得假名号逃斧钺，自叙所谓「正人心」以「维世运之愚衷」也。紫阳踵事「春秋」，是书则又踵事「纲目」。范蔚宗曰：『体大思精，天下奇作』。是书殆无愧夫！同里受业汪达利谨跋。