十月初十日庚寅为永历帝诞辰，永和率文武朝贺於五层楼，守西门外城主将范承恩在焉。承恩旧为淮安府皁役，目不识丁，众号为「草包」；永和於班中呼之，以是大恨，潜通於我平南、靖南二王。戊申（二十八日），王师攻外城，令军士舍骑徒步涉淖，冒矢石奋战，承恩退入内城。王师毁木栅，炮击西北隅。是日未刻，城陷，承恩降。永和航海保琼州；久之，降於我大清。
甲寅（初四日），我大清兵入桂林，执明督师瞿式耜、总督张同敞。
是日寅刻，报王师大举入严关。式耜檄赵印选为战守计，不应；再促之，则尽室逃。宁远伯王永祚迎降；卫国公胡一青、武陵侯杨国栋、绥宁伯蒲缨、宁武伯马养麟等驰出小路勒兵，兵自溃，乃皆逃。式耜危坐府中，总兵戚良勳操二骑至，跪而请曰：『公为元老，系国安危；身出危城，尚可号召诸勳，再图恢复』！式耜曰：『四年忍死留守，其义谓何？我为大臣，不能御敌以至於此，更何面目见皇上提调诸勳乎！人谁不死，但愿死得明白耳』！家人泣请曰：『次公子从海上来，一、二日即至；乞忍死须臾，一面诀也』！盖式耜次子元錥间关入粤，时已至永安州矣。式耜挥家人出曰：『毋乱我心！我重负天子，尚念及儿女邪』！俄总督张同敞自灵州回，入见曰：『事急矣！将奈何』？曰：『封疆之臣，将焉往！子无留守责，曷去诸』！同敞曰：『死则俱死耳』！乃呼酒对饮。四顾茫然，惟一老兵不去。命呼中军徐高至，以敕印付之；曰：『完归皇上，勿为敌人所得也』。是夜雨不止，城中寂无声，两人张灯相向。黎明，有数骑腰刀挟弓矢入。式耜曰：『吾两人待死久矣』！偕之出，见定南王孔有德。有德踞地坐，举手曰：『谁为瞿阁部先生』？式耜曰：『我是也』。顾曰：『坐』！式耜曰：『我不惯地坐，城陷求一死耳』！有德曰：『甲申之变，大清国为明复仇，祭葬成礼；今人事如此，天意可知。吾断不杀忠臣，阁部毋自苦！吾掌兵马、阁部掌粮饷，一如前朝事，何如』？式耜曰：『我明之大臣，岂与汝供职邪』！有德曰：『我先圣後裔，势会所迫，以至今日；阁部何太执』？同敞厉声曰：『汝不过毛文龙家提溺器奴耳！毋辱先圣』。有德怒，自起批其颊，叱左右刀杖交下。式耜叱之曰：『此宫詹张司马，国之大臣；死则同死耳！不得无礼』！有德遽命还其衣冠；因曰：『某年二十起兵海上，南面称孤。投耳！不得无礼』！有德遽命还其衣冠；因曰：『某年二十起兵海上，南面称孤。投诚後拥旄节，爵名王；公今日降，明日亦然矣。语曰：「识时务者为俊杰」。清自甲申（一六四四）入中国，五年之间，南北一统；至县县破、至州州亡，天时人事盖可知矣！公守一城扞天下，屡挫强兵，能已见於天下。不转祸为福，建立非常；空以身膏原野，谁复知之』？式耜曰：『汝为丈夫，既不能尽忠本朝，复不能自起逐鹿称孤，为人鹰犬，尚得以俊杰时务欺天下男子邪？昔少康、光武恢复中兴，天时人事未可知也。本阁部受累朝大德，位三公兼侯伯，常愿殚精竭力扫清中原。今大志不就，自痛负国；刀锯鼎镬，百死莫赎，尚何言邪』！
有德知不可屈，馆两人於别所，供帐、饮食如上宾。有臬司王三元、苍梧道彭爌皆式耜里人，说以百端，不应；劝以薙发为僧，亦不应。曰：『为僧者，薙发之渐也』。两人日赋诗唱和（考曰：诗名「浩气吟」，自序云：『庚寅十一月初五闻警，诸将弃城去；城亡与亡，余誓必死。别山张司马自东江来城，与余同死。被刑不屈，累月幽囚，漫赋数章以明厥志；别山司马从而和之』。其一曰：『藉草为茵枕块眠，更长寂寂夜如年；苏卿绦节惟思汉，信国丹心只告天。九死如饴还惜苦，三生有石只随缘。残灯一室群魔绕，宁识孤臣梦坦然』！其二曰：『已拚薄命付危疆，生死关头岂待商！二祖江山人尽掷，四年精血我偏伤。羞将颜面寻吾主，剩取忠魂落异乡。不有江陵真铁汉，腐儒谁为剖心肠』？其三曰：『正襟危坐待天光，两鬓依然劲似霜；愿仰须臾阶下鬼，何愁慷慨殿中狂！须知榜辱神无变，旋与衣冠语益庄。莫笑老夫轻一死，汗青留取姓名香』。其四曰：『年年索赋养边臣，曾见登陴有一人？上爵满门皆紫绶，荒郊无处不青磷。仅存皮骨民堪畏，乐□妻孥国已贫。试问怡堂今在否？孤存留守自捐身』。其五曰：『边臣死节亦寻常，恨死犹衔负国伤；拥主竟成千古罪，留京翻失一隅疆！骂名此日知难免，厉鬼他年讵敢忘？幸有颠毛留旦夕，魂兮早赴祖宗旁』。其六曰：『拘幽土室岂偷生，求死无门虑转清；劝勉烦君多苦语，痴愚叹我太无情。高歌无羡骑箕句，洒泪偏为滴雨声。四大久拚同泡影，英雄到底护皇明』。其七曰：『严疆数载尽臣心，坐看神州已陆沉；天命岂同人事改，孙谋争及祖功深。二陵风雨时来绕，历代衣冠何处寻？衰病余生刀俎寄，还欣短鬓尚萧森』。其八曰：『年逾六十复奚求？多难频经浑不愁；劫运千年弹指去，纲常万古一身留。欲坚道力频魔力，何事俘囚学楚囚？了欲人间生死事，黄冠莫拟故乡游』！同敞诗自序云：『被刑一月余，两臂俱折；忽於此日右臂复能微动，左臂不可动矣。历三日，书得三诗；右臂复痛不可忍，此其为绝笔乎？敢烦留守师寄雪公、道公两师，如别山之左右手也』。末署：『明柱国少师兵部尚书、前詹事府詹事翰林院侍读学士江陵文忠公嫡孙同敞囚中草』。诗曰：『一日悲歌待此时，成仁取义有谁知；衣冠不改生前制，名姓空留死後诗。破碎山河休葬骨，颠连君父未舒眉！魂兮懒指归乡路，直往诸陵拜旧碑』）。
同时抗节者：靖江王亨歅弃城走，其世子某及长史李某自缢於宫中。又鄞县余鲲起，初与主事李甲春起兵复宝庆，会何腾蛟下长沙；腾蛟死，重趼至桂林。城破，入野寺绝粒死。弃官为僧者：方以智、金堡而外，有严炜、钱秉镫、陈纯来焉。炜、秉镫事详秉镫「所知录」。陈纯来者，字孝标，奉化人。以监生赴桂林，官工部主事，监造兴陵；尝奉诏诛佟养甲。城破，或劝之走；曰：『吾守陵寝以待吾君之还，死且未敢，况行乎』？为浮屠装，居陵下以终。
臣鼒曰：「所知录」云：『湖州山中有松仙者，授式耜锦囊数封，谕临危始发。擒靖江、用焦琏、守桂林，皆锦囊中策。末一封则标曰：『庚寅元旦发』；中有「扶公荣归」四字。秉镫亲见之，非妄语也』。数果不可逃哉！
己未（初九日），明桂王出奔；陈邦傅叛王走南宁（考曰：「纪略」载王於乙卯日出奔，「所知录」云初十日始发梧州，「始安事略」亦云初十日闻报移跸，说当不妄。「粤事纪」载十月初七日辛巳出奔。按当日情事既不合，且十月初七日亦非辛巳，谬误已极）。
报至梧州，仓卒幸浔。初，邦傅欲留王以自重，不果；怀异志而未发也。闻广州破，飞帆先归，谋劫驾。王舟冲雨而过，不及发，乃劫百官卤簿之舟在後者。部郎潘骏观、董英、许玉凤堕水死，内阁王化澄、吏部尚书晏清走北流入容县港。严起恒、马吉翔、李元胤追扈，及於南宁。百官稍集，饥冻无人色，乃括行橐并吉翔所献四千金散给之。
明赵印选、胡一青之师驻宾州（考曰：亦作滨州）。
十二月（明闰十一月）丙申（十七日），明督师大学士临桂伯瞿式耜、江广总督兵部尚书张同敞犹在桂林，谕降不屈；死之。
两人在桂林四十日，求死不获。式耜谓同敞曰：『偷生未决，为苏武邪、李陵邪？人其谓我何』！乃草檄谕焦琏曰：『城中满兵无几，若劲旅直入，孔有德之头可立致也』。有降臣浙人魏元翼者，曾任桂平督粮道，以贪墨为两人所劾；布逻卒，获其檄，献之有德。十七日丙申，数骑至系所；式耜曰：『乞少缓，待我完绝命词』。援笔书曰：『从容待死与城亡，千古忠臣自主张；三百年来恩泽久，头丝犹带满天香』。肃衣冠南向拜讫，步出门。遇同敞，曰：『吾两人多活四十一日，今得死所矣』！同敞手出白网巾於怀曰：『服此以见先帝』。行至独秀岩，式耜曰：『吾生平爱山水，愿死於此』！遂同遇害。同敞屍不仆，首坠地，跃而前者三。顷刻大雷电，雪花如掌，空中震击者亦三；有德股栗，观者靡不泣下。同死者：旗鼓陈希贤、锦衣卫杨芳龄、家人陈祥先。齎印之徐高被获於阳朔山中，亦同死焉。
金堡时已为僧，名性因；上书有德曰：『山僧，梧水之罪人也。承乏掖垣，奉职无状，系锦衣狱几死杖下。今夏编戍清浪，以路道之梗，养痾招提，皈命三宝，四阅月於兹矣。车骑至桂，咫尺阶前而不欲通；盖以罪人自处，亦以废人自弃，又以世外之人自恕也。今且有不得不一言於左右者：故总师大学士瞿公、总督学士张公，皆山僧之友；为王所杀，可谓得死所矣。敌国之人，势不并存；忠臣义士杀之而後成名，两公岂有遗憾於王！即山僧亦岂有所私痛惜於两公哉！然闻遗骸未殡，心窃惑之。古之成大业者，表扬忠节，杀其身而敬且爱其人；若唐高祖之於尧君素、周世宗之於刘仁赡是也。我明太祖之下金陵，於元御史大夫福寿既葬之矣，复立祠以祀之，又曲法以赦其子；盛德美名，於今为烈。至如元世祖祭文天祥、伯颜恤汪立信之家，岂非与圣人礼教共植彝伦者邪？山僧尝私论之，衰世之忠臣与开国之功臣皆受命於天，同分砥柱乾坤之任。天下无功臣，则世道不平；无忠臣，则人心不正。事虽殊轨，道实同源。两公一死之重，岂轻於百战之勳哉！王既已杀之，则忠臣之忠见、功臣之功亦见矣！此又王见德之时也。请具衣冠，为两公殓。瞿公幼子，尤宜存恤。张公无子，益可矜哀；并当择付亲知，归葬故里。则仁义之举，王且播於无穷矣！如其不尔，亦许山僧领屍，随缘藁葬。岂可视忠义之士如盗贼寇仇然，必灭其家、狼藉其肢体而後快邪？夫杀两公於生者，王所以自为功也；礼两公於死者，天下万世所共以王为德也。山僧以生死之交情，不忍默然於我佛冤亲平等之心、王者泽及枯骨之政、圣人维护纲常之教，一举而三善备矣。山僧跛不能履，敢遣侍者以书献，敬候斧钺；惟王图之』。书上，未报。而吴江义士杨艺字硕甫者，服衰絰，悬楮钱肩背间，叩军门号哭请殓故主屍。有德叹曰：『有客若此，不愧忠良矣』！许之。艺抚屍哭曰：『忠魂俨在，知某等殓公乎』？忽张目左右视。艺抚之曰：『次子来见邪？长公失所邪』？目犹视。门下士御史姚端叩首曰：『我知师心矣！天子已幸南宁，师徒云集，焦侯无恙』！目始瞑。遂具衣冠，浅葬两人於风洞山之麓。端与阳羡清凝上人庐墓不去。
先是，式耜知桂林不守，遣其孙中书舍人昌文诣梧州陈状辞世袭爵。王授昌文翰林院简讨；赐式耜黄钺龙旌，节制公侯伯大小文武。甫撰敕文，而东、西省垣齐陷；昌文走山中，叛将王陈策挟之至梧州。大学士方以智时为僧於大雄寺，言於我镇将马蛟麟曰：『瞿阁部精忠，今古无两；其长孙来，汝以德绥之，义声重於天下』。蛟麟厚遇之。魏元翼恨不已，构昌文於有德，将甘心焉。一日，闻铁索铿然绕室有声，元翼伏地请罪；忽吴语曰：『汝不忠不孝，乃欲杀我孙邪』？七窍流血死。有德尝以事遣一卒祷於城隍，恍惚见同敞南面坐。有德闻而大骇，为双忠神位祀之；因厚礼昌文，迁式耜柩而改葬之。清凝上人亦迁同敞柩，与夫人合葬焉（考曰：「东明闻见录」、「庚寅始安事略」、「寒支集」所载皆同。详载之，以见忠义之感神人也）。