柴大纪接将军常青檄促进兵，上书曰：“四月十二日，有从贼兵丁林盛、许高升诡赴军前投到，某讯得其实，即问林爽文所在。据云：林爽文现在牛稠山，与军师董喜谋约南路贼攻诸罗。某若领大兵北指，贼人闻风必窜归，捕之益难为力。不若速饬普总兵带鹿港之师前来会合，绝贼人归路。若首逆就擒，则余匪不攻自散矣。又诸罗之南，贼匪阻绝粮道，把总蔡朝颁现屯麻豆，而兵单恐为贼乘，亦望将军发兵五、六百人赴麻豆协剿，使诸罗、府城道路常通、缓急可恃，实为目前急务”。常青得书，飞檄总兵普吉保带鹿港大兵至诸罗，与柴大纪合兵擒逆首，而仍檄革职守备黄乔救麻豆。
四月庚申（二十三日），黄乔带凤山溃兵三百名至大溪墘，贼众闻之，自大武陇南下扑官兵，官兵不能进。有萧垄、麻豆各庄乡民闻官兵为贼阻，合众出拒贼。贼退。官兵既至麻豆，贼益横。黄乔不能守，屡书告急。常青檄总兵柴大纪就近援之。柴大纪遣游击杨起麟、李隆、守备黄象新带兵八百人，并鹿仔草、盐水港、下加冬、哆啰啯各乡义民随往救麻豆。五月丁丑（十一日），杨起麟等至盐水港，而麻豆已失守矣。
先是黄乔等侦知贼人将来犯，先领官兵、义民出庄西拒贼。贼忽从庄中出攻官兵。官兵惊溃，黄乔走回府城。千总卢思聪、外委姚登皆死之。戊寅（十二日），杨起麟等率师至麻豆，贼力拒官兵。官兵击贼，死亦数十人。既闻黄乔兵已溃散，麻豆庄民多与贼通，复闻有贼二千人自粪箕湖出扰盐水港，乃旋师。
游击杨起麟等领兵至盐水港，将回诸罗，佳里兴巡检邵宗尧因麻豆失守，贼人图盐水港益亟，禀请留师驻港中。柴大纪从之。由是盐水港始为重镇矣。
黄乔发郡城之先一日，常青檄令总兵普吉保发兵会剿林爽文。普吉保迟疑不决。常青又连檄促之。不得已始领兵三千人南下。五月丁卯朔，至土库。柴大纪后至，普吉保大怒，谓柴大纪失期约。维时林爽文闻官兵至，亦自牛稠山回大里杙。普吉保既询知林爽文已去，益怒，谓为柴大纪所卖，争执不已，各令师驰归。署鹿港同知黄嘉训密禀常青曰：“普总戎于四月二十七日兴师，迂途绕道，由二林沿海而行，致贼人闻信先回大里杙。普总戎于五月初一日在土库地方与柴总戎会合，意见不同，语言抢白，悻悻而散。初六日领兵仍回鹿港，沿途经过村庄，攀留大兵者充途塞道，乃径行不顾，决意回港。是行也，不见一贼，不折一矢，而职等承办人夫车仗，费帑至三千余两，仅供两总戎一场口角。自初八日以来，普总戎经过地方，溪墘厝、二林、猫仔千等处，贼人焚毁略尽，伤亡乡勇数百人，又不发兵救应，致离港二十里外尽为贼有，警息一日数闻，民心惶惧，无不唾骂”！常青闻之，骇愕，移檄切责之，普吉保亦抗书自辨，不伏罪。而诸罗北路阻绝，实自此始矣。
当是时，常青意在先靖南路，屡遣人侦庄大田所在。
先是庄锡舍既投诚归凤山，为庄大田所得，大田欲诛之。其党许光来等皆泉人，为锡舍左袒，言“锡舍实无降意，为人挂误，今既归，不宜自伤羽翼，快敌人心”。大田亦以泉人多，恐杀锡舍，人心变。因留锡舍居左右，每行与偕。锡舍请自效，皆不许。顷之，林爽文寇诸罗，乞众于大田。大田遣陈灵光、张基光等率众往助爽文，自与锡舍居南潭。锡舍乘机遣心腹赴埤头取家属，由海道抵郡，而别遣人密报常青，言大田在南潭，众贼皆赴北路，宜乘其无备取之。
五月戊寅（十二日），常青督将士三千人亲赴南潭，庄大田闻风先遁。常青擒番妇金娘、贼目林红以归。金娘，下淡水番妇，习符咒，为人治病。庄锡舍攻凤山时，请为军师，临阵令其诵符咒祈神佑，军中皆称曰“仙姑”。凤山破，皆推仙姑之功。林爽文伪封一品柱国夫人。林红者，无他技能，与番妇私，每迎敌，随番妇左右而已。庄锡舍既投诚，番妇归大田。是时大田遁走，锡舍诱之同行，遂擒之以献常青，槛送京师，伏法。
五月乙酉（十九日），参赞恒瑞至台湾，总兵梁朝桂、魏大斌等亦先后至。大兵齐集，常青将兴师，因贼势蔓延，大张文告，晓谕百姓曰：“林爽文罪孽滔天，庄大田同恶相济。本将军奉命督师，扫除元恶。怜尔无辜百姓，受其诳惑。凡兹胁从，咸与惟新。有能倒戈效顺者，概原不问。或能擒献渠凶，更当宥罪论赏”。
五月辛巳（十五日），将军常青、参赞恒瑞以总兵梁朝桂、魏大斌为前锋，副将谢廷选、蔡攀龙为左右翼，副将官福贵林、参将特克什布为翼长，投诚贼目庄锡舍为响导，统领福州驻防协领、佐领、骁骑校、并福建、广东、浙江、绿营将弁四百三十七员，满汉征兵五千五百人，出大北门较场，登坛誓师，杀贼目高番祭纛启行。闻贼目庄大田屯南潭，遣总兵梁朝桂往捕，不利。大兵屯关帝厅，会日暮，营垒未立，将士露宿。夜半，军中惊扰，达旦乃定。壬午（十六日），遣庄锡舍往探贼情，久之，言贼目庄大田闻大兵至，先纠集大武陇贼目许尚、陈聘、本县庄、布袋尾贼目谢桧、陈灵光等，率众数千人，在南潭掘濠树栅，阻我师。请以大兵全力赴之。癸巳（二十七日），常青、恒瑞悉师攻南潭。贼出三路迎敌，官兵退据嵌顶。贼亦退。守备林士春率众逐贼，贼逼之，官兵不能救。守备林士春、千总谢元、把总刘茂贵、外委卢凤皆战死，阵亡兵丁数十人。于是常青、恒瑞飞章以闻，再请添调大兵万人，以资剿捕。而贼人知官兵惟在自守，益往来大武陇、南潭，不复有所忌惮矣。
常青出札关帝厅之日，参赞蓝元枚与贼战于田中央，败绩。五月乙亥（初九日），蓝元枚统领浙江兵二千名至鹿港，谓普吉保曰：“贼自猖獗以来，历七月余，屡经官兵剿捕，而贼益肆，非与贼决一死战，何以完事”？辛巳（十五日），蓝元枚檄普吉保领游击海亮、都司陈邦光、守备丁士伟率兵千人防八卦山，派守备张奉廷率兵三百人防大肚溪。蓝元枚自率游击琢灵阿、穆腾额、守备唐昌宗、潘国材，直抵柴坑仔。行至彰化县北门，贼目陈泮、林琴率众张左右翼迎官兵。贼皆赤体或褴褛被身。蓝元枚易之，命勿施枪炮，曰：“此等皆难民，为贼胁从耳”。令前骑招之降，无应者。须臾，贼拥至，短兵接，贼益增。蓝元枚令穆腾额、唐昌宗当其左，自率琢灵阿、潘国材当其右。时雨后沟圳水皆满，贼人赤足。泥泞中往来如飞，而官兵徒涉或蹶踬。唐昌宗率把总罗洪灿、外委潘健、吉兆等大呼犯溪流直冲贼中坚，贼皆披靡。使后骑招穆腾额以兵接应，穆腾额迟疑不肯前。会蓝元枚见贼势盛，收兵回营。穆腾额亦驰归。贼人知援师不继，更率众逼官兵。唐昌宗挥刀奋击，不能脱。贼人用钩镰钩其足仆地，乱攒之死。千总魏际荣、把总罗洪灿、外委潘建、吉兆。兵丁一百余人，皆死之。于是蓝元枚知贼势猖獗，非现兵所能办，亦飞章请添兵作后图矣。
当是时，南北贼众益轻官兵，肆焚掠。乡民知官兵不足恃，从贼者亦日众。而诸罗当南北道路之中，贼扰尤甚。
初，庄大田寇郡城，使人说林爽文合力。林爽文将从之。其党董喜不可，曰：“我往攻郡城，柴大纪必蹑我之后，且或乘虚捣我巢穴。巢穴一失，大事去矣。今用兵当自诸罗始”。林爽文然之，而诸罗始无宁日矣。
先是上闻贼扰诸罗亟，柴大纪战屡胜。且四月丁未（初十日）诸罗东门之战，能立斩怯阵之外委刘钦及掠财兵陈恩成以徇，因是益嘉其知兵，遂诏柴大纪暂署陆路提督，旋予实补，兼管台湾镇总兵事，恩赉稠叠。以蓝元枚转补水师提督。然柴大纪每战小衄，皆以捷闻，有识者为之寒心，知其不克终矣。