初，黄仕简、任承恩领兵万人渡海，兵势甚盛。既而迁延两月，无成功，民大失望。于是民间谣曰：“黄公大臣，提督军门，一策莫展，寸步不行”。好事者书而揭之通衢。仕简知而不问。由是上知二人不足恃，屡诏询状，二人皆饰辞奏，上切责之。诏江南提督蓝元枚驰驿赴泉州署陆路提督事，令任承恩以兵事交普吉保内渡赴京。又诏湖广总督李侍尧调任闽浙，常青以湖广总督渡海督师，授革职山东按察使杨廷桦为台湾府知府，随常青之任。
正月甲申（十五日），蓝元枚至泉州。二月乙卯（十七日），李侍尧至。丙寅（二十八日），常青发泉州，参将特克什布以兵五十人从。三月丁丑（初九日），湖广总督常青至自泉州，而凤山失陷已一日矣。常青赍谕旨诏提督黄仕简至幕府听宣，责以坐守郡城之罪。仕简伏谢不能起。于是常青察勘情形，疏劾仕简等。又请添调闽、浙、粤兵七千名。奏未发，而上已洞悉黄仕简、任承恩株守之罪，有旨逮问矣。惟总兵柴大纪以保守府城功，赏戴花翎，暂署水师提督。又特授守备易连台镇左营游击，守备邱能成台镇中营游击，千总陈邦光北路协中军都司，嘉其复诸罗、克彰化、守艋舺之功也。常青分送黄仕简、任承恩回内地，听总督李侍尧解京。戒副将丁朝雄监守郝壮猷候旨。
先是凤山既陷，官兵枪炮器械，尽为贼有，贼益横。邀结北路大武陇、南仔仙贼目许尚谋寇郡城，又告捷于林爽文。于是三路贼众皆合。常青患之，亟令道府浚沟濠，修城栅，奖励义民以备不虞。
三月辛卯（二十三日），庄大田犯郡城小西门，桶盘栈官兵御之，退屯上中洲。壬辰（二十四日），贼目陈灵光、谢桧率众焚郡城东路新化里，掠竹篙厝，逼草店尾。乙未（二十七日），大武陇贼目许尚、陈聘率众犯小北门、柴头港，退屯洲仔尾。是日，林爽文遣其弟林永率众千人至大穆降。郡城戒严。庄大田大喜。克期攻郡城，遣信告林永；林永许诺。于是遍戒众贼目，皆曰“敬受令”。乙未（二十七日），庄大田攻桶盘栈，别遣其党庄锡舍攻小南门，谢桧、陈建平攻草店尾，又分众攻大东门，林水攻大北门，许尚、陈聘攻柴头港，又分众攻大北门。当是时，南北贼众会合，号称十万。
总督常青闻贼至，命游击蔡攀龙固守桶盘栈，游击邱维扬、守备黄象新固守柴头港，守备曾绍龙固守草店尾，而自佩弓弩赴大东门督战。仍令守备王天植守小东门，参将那穆素里保护春牛埔城脚，都司罗光照守小南门，参将宋鼎、左渊等防守大、小北门。齐集义民万人出城助战。
贼人环攻官兵，自黎明至日午，战益力。官兵枪炮齐发，贼旋退复进。游击蔡攀龙防守桶盘栈，与贼战，贼兵东移，蔡攀龙亦引兵东；贼围之，左右驰突不能脱，所乘马被创倒地，徒步更战。常青在城上见之，令参将特克什布驰兵往救，蔡攀龙亦引兵回击，围始解；把总余典、王泽高战死，兵丁死者一百余人。贼目谢桧等又压小东门城脚纵火，守备王天植急击救灭。维时义民将万人，见官兵与贼战竟日，贼不退，饥疲无人色，皆退入城，城中大扰乱，谓贼已破城，皆逃至海口。无何，贼目庄锡舍投戈请降，单身入城见常青。常青大喜，立予锡舍六品顶带，赏银二百两，仍令锡舍出城击贼立功。庄大田战正酣，闻锡舍降，大骇，恐变生，急收众回南潭。林永、谢桧、许尚等闻庄大田退，亦解去。
庄锡舍，晋江人，渡海家凤山县埤头庄。林爽文倡乱，庄大田纠漳人，庄锡舍纠泉人，其势相埒。继而共推大田为主，凡号令皆大田出，锡舍已不能平。自再破凤山，锡舍力居多，益负功不相下。锡舍有亲属充台湾道吏，通信往来不绝，大田疑之，使人讽锡舍以所隶泉人归大田，而以漳人归锡舍。锡舍益恚。台湾道永福闻其相猜忌也，嘱其亲属以书招降。锡舍诺。至是果降。
庄大田既退，锡舍请赴南路竹沪招集义民，绝大田归路。常青犹豫未许，知府杨廷桦力保其无二心，乃从之去。
四月戊戌朔，大武陇贼许尚等再攻柴头港，游击邱维扬御之，维扬中飞炮死，贼亦败退。于是众贼皆知郡城有备，终不可破矣。
初，总督李侍尧至泉州，因官兵势分力弱，贼势浸浸日盛，而常青先渡台湾，惟带兵五十人，兵力又不足办贼，即移会两广总督孙士毅，密挑健兵四千备征调。于是孙士毅调广东南澳、澄海、海门、平海水师兵二千名，选参将赵勇、廖光宇、都司麦瑞、殷佐良、守备林世春、千总、把总二十五员领之；调督标、提标香山、碣石、肇庆陆路兵二千名，选副将贵林、官福、谢廷选、游击双德、李文升、许廷进、都司王雄、萧应德、杭富、曾烨、刘振唐、守备卢振雄、杨拜飏、严文奎、虎彪来、成基、陈上高、千总、把总十六员领之。皆至潮州听命。而南澳镇总兵陆廷柱先任台湾总兵，自请行。孙士毅许之。至是常青请兵信至，总督李侍尧即以所备广东兵檄陆廷柱管带迳渡。又咨浙江巡抚琅玕、提督陈大用调温州、黄岩兵三千名，以符常青所请兵七千之数。
无何，诏授湖广总督常青为将军，福州将军恒瑞、陆路提督蓝元枚为参赞大臣领兵渡海。又命广东高廉镇总兵梁朝桂驰往军前，与陆廷柱分领粤兵。又诏总督李侍尧亲至厦门、蚶江照料军行。于是参赞恒瑞、协领丰申布、海兴阿、色普兴额、防御札克丹、奇成额、佐领札鲁永文、伊尔哈图等，带领骁骑校前锋领催甲兵一千余人至厦门渡鹿耳门。浙江温州总兵魏大斌、副将詹殿擢、游击董秉灿、千总、把总十一员，兵一千名，亦至厦门渡鹿耳门。又分遣游击裴起鳌、都司田智、守备丁士伟、魏际隆、千总、把总二十四员，兵二千人至蚶江，随参赞蓝元枚渡鹿仔港。
初，庄大田围府城急，常青日夜督将士堵御。见将士不足恃，并疏请侍卫巴图鲁八员到军前领兵。维时飓台大作，自三月以来，几二旬不得内地文报。常青盼望援兵，至废寝食。四月丁巳（二十日），诏至台湾，常青拜受将军之命。又闻恒瑞、蓝元枚授参赞，领大兵将至，心乃安。而广东先调兵四千已连樯并至矣。兵势大振。
有旨治失陷凤山之罪，殛郝壮猷于台湾市。参将那穆素里以下逃回各官，悉革职留军前效力。总兵柴大纪、普吉保戴罪图功，以责后效。
初，常青檄总兵柴大纪合鹿港官兵攻斗六门，通南北道路。柴大纪不可，辞曰：“诸罗见兵不过千余，今弃县城率兵轻进，贼人必乘虚攻县。县城万有一失，其谁任此咎？某以为应分兵三路：一从他里雾出虎尾溪至大里杙；一从大埔林出斗六门向东，由石榴班、水沙连至南投；再令普总兵由鹿港出东西螺至石榴班合兵。三路并进，贼应接不暇，乃可图也。然诸罗兵单，惟将军亟发兵助之”。常青以大纪言告台湾道府，皆曰：“宜如柴总兵言。”四月壬子（十五日），参将潘韬、守备曾绍龙、黄象新带水师金门兵一千一百人往诸罗，从柴大纪之请也。癸丑（十六日），师次木栅，道阻，改由鹿耳门觅海船取道笨港至诸罗县。
维时诸罗南至府城，北至鹿港，贼巢数十，时出劫掠。柴大纪患之。命孙朝亮带兵一百人驻笨港，蔡朝颁带兵二百人驻麻豆。笨港在县东北二十里，上达鹿港；而麻豆则县南府北适中之要隘也。