二月丁酉（初四日），大兵次风港。将军福康安重赏琅峤各社番众，令其堵缉内山隘口。戊戌（初五日），大兵发风港，穿林越箐，自黎明至日午，行三十里。凡遇隘口，皆留兵守之。贼众伏密箐内，见官兵至，自山涧内突出，殊死拒。前锋侍卫博斌、副将岱德、参将张朝龙等迎击之，贼却，官兵乘胜追之。至柴城，官兵四面围逼，贼众往来冲突，不能脱。知事急，皆相率投海。
初，将军福康安遣侍卫乌作哈达领水师兵由海上抵琅峤。至是齐至，遇贼投水者，放枪炮击之，贼尸浮海面者无算。贼目庄大田知不可脱，率众贼弃械窜伏山谷。官兵分途搜缉，生擒贼目庄大田、大田之弟大韭、许光来、许尚、简天德、并大田之母黄氏。其义民、番众擒献者，林汉、陈才等又数百人。将军福康安遣总兵袁国璜槛送庄大田等至府城，遣乌什哈达沿海搜查逸匪。乙巳（十二日），大兵凯旋，至东港。丁未（十四日），至山猪毛。
初，山猪毛义民团结乡众拒贼，上嘉其义勇，御赐褒忠扁额，乡民建亭奉之。将军福康安亲至亭下招义民首慰劳之。
庚戌（十七日），至府城。府城绅民皆至三十里外设香案迎大兵，夹道欢呼。人人自庆。
将军福康安既至府城，戮贼目张邦光等四百余人于市。令普尔普械送庄大田之弟大韭、大麦、伪副元帅许光来、伪参军简天德、伪靖海侯许尚、伪先锋陈牙、伪左将军林汉至京伏法。惟庄大田伤重垂毙，僇于市，以首送京师。又擒林勇于大武陇，擒蔡福并庄大田之子天义、天勇、孙阿莫、婿杨由、并其妻女于灰窑。贼目刘升、陈秀英、郑记、陈天送、严烟等皆先后就擒解京伏法。叶省妻黄玉娘亦就擒，戳于台湾市。大田幼子天畏逃至嘉义，至六月内，效用知府钱受椿访获之，械送内地。林爽文、庄大田党羽尽矣。其投诚贼目陶乌等几百人，奉旨贳其死，分各省安插。惟董喜随林爽文逃至番界，或云已为生番所戳云。
南路捷闻，上大喜，赏擒庄大田之功，六十七、德成、额岱德、王宣、王德俊皆赏号巴图鲁，加赏银百两。
三月乙丑（初三日），奉旨逮问陆路提督兼台湾镇总兵柴大纪于京师。柴大纪自守嘉义以来，上念其守城之功，眷顾优隆。既闻其在总兵任内，婪脏负职，多劣迹，不称任，而工部侍郎德成亦上言柴大纪营私玩寇。维时革职提督任承恩在刑部狱，上诏问之，其对如德成言。上知大纪所犯皆实，乃诏总督李侍尧、将军福康安查明指参，以高廉总兵梁朝桂为陆路提督，转汀州总兵普吉保为台湾总兵。旨下，将军福康安方统兵在凤山，遣郎中长龄至嘉义逮大纪至郡。至凯旋郡城，同成都将军鄂辉等以所犯面鞫之。大纪不能隐。又问大纪之弟大经，并经其家人林道清、巡捕官郑名邦等皆言大纪纵兵市易，废弛营伍。又挑补兵弁，皆以利进，及林爽文将作乱，畏贼回郡城各情，皆有征。狱具，上闻。于是籍没其家，逮大纪于京师，伏法。福州将军常青坐不能纠举，革职回京听旨。
将军福康安以台湾大定，撤回防守南北两路各征兵，凯旋内渡。参赞超勇公海兰察率巴图鲁侍卫先由鹿仔港内渡。又分派诸军，以次渡海。由鹿耳门配渡者，广州驻防兵为第一起，都统博清额领之；次杭乍驻防兵，将军永庆领之；次贵州兵，总兵许世亨领之；次广西兵，副将巴尔布领之；次广东兵，总兵陆廷柱领之。由鹿仔港配渡者，四川屯番兵为第一起，总兵穆克登阿领之；次湖南兵，总兵尹德禧领之；次福州驻防兵，协领海兴阿领之；次浙江兵，副将詹殿擢领之。其在北路凯旋广东官兵，则总兵李化龙领之。而福建水陆各官兵，除挑留戍兵外，分四起内渡。惟留广东兵千人，命总兵张朝龙领之，镇抚地方。至五月，内渡官兵以次凯旋。
于是将军福康安筹计善后事宜，谓致乱之源，不可不究也。乃劾福建按察使李永祺、台湾道永福先治杨光勋之狱不能尽根株，罪宜除名；而永福又受属官金，与柴大纪同官不举其罪，罪加重焉。台湾县知县王露、权嘉义县知县陈良翼亦以馈永福金坐革职。又以海口文武官以守口为利薮，其弊不可不除也，乃断自乾隆四十二年以后，凡任台湾有守口之责者追脏问拟各有差。于是添置汛兵千二百人，又添设都司以下各官领之。以斗六门巡检移治大武陇，而设县丞一员治斗六门。又移凤山县知县治下埤头，以下淡水巡检移治凤山。又自知县以上皆以五年受代，使久于其职，无苟且心。凡所以为台湾善后计者，既详且备。乃以抚恤百姓、搜缉逸匪、添建城垣委之巡抚徐嗣曾，于五月庚午（初九日）自鹿耳门登舟内渡。台湾平。
上嘉平台湾之功，命为将军福康安、参赞海兰察、领队大臣普尔普、舒亮、总督李侍尧、巡抚徐嗣曾建生祠于台湾嘉义，以旌其功。又图画平定台湾内外功臣于紫光阁，上亲为制赞词曰：
近着剿灭台湾逆贼、生擒林爽文纪事语，以为伊犁、回部、金川三大事各有专文，王伦苏、四十二、田五次三事不足芗其功。若兹林爽文之剿灭，介于六者间，虽弗亲大事，而亦不为小矣。故其次三事讫未纪勋图像。而兹福康安、海兰察等渡海搜山，竟成伟迹，靖海疆，吁亦劳矣！不可湮其功而弗识。故于紫光阁纪勋图像，一如向三大事之为。然究以一区海滨，数月底绩，故减其百者为五十，而朕亲制赞五十者为二十，余命文臣拟撰，一如上次之式。
夫用兵岂易事哉？昔汉光武有云：“每一发兵，头须为白”。况予古稀望八之年，须鬓早半白，而拓土开疆过光武远甚，更有何异而为佳兵之举？诚以海疆民命，不得不发师安靖，所为乃应兵、非佳兵也。然亦因应兵、非佳兵，幸邀天助顺而成功速。此予所以感谢鸿贶，不可以语言形容，而又不能已于言者也。
昔人有言：“满洲兵至万，横行天下无敌”。今朕所发巴图鲁、侍卫、章京等才百人，巳足以当数千人之勇。绿营兵虽多，怯而无用，兹精选屯练及贵州、广东、湖南兵得近万人，统而用之，遂以扫巢穴、缚逆首。是绿营果无用哉？亦在率而行之者、为之理根倡首、有以鼓励之耳。若福康安未渡海以前，台湾绿营已共有四万余兵，何以不能成功，则无以率而行之者，岂不然哉！
且台湾一岁三收，蔗薯更富。朕若微有量田加赋之意，以致民变，天必罪之，不能如是成功速也。后世子孙当知此意，毋信浮论富国之言，爱民薄敛，明慎用兵，庶其恒承天眷耳。
近日以宫商三百，逐章餍饫其义，竟如幼年书室学诗之时。然彼时但知读其章句，而今则究其义味。因思辨薇、出车诸章，乃上之劳下，其义正，斯为正雅；祈父、北山诸什，乃下之怨上，其义变，斯为变雅。夫上劳下、可也，下怨上、不可也。何则？下之怨上，固在下者不知忠义，然亦必在上者有以致之，斯则大不可也。我满州旧风，以不得捐驱国事死于牖下为耻。其抱忠义，较祈父、北山之怨上为何如？是则绿营之多恇怯思家，伊古有之，无足多怪矣。然为上者不可不存辨薇、出车之意，更不可不知祈父、北山之苦。如其一概不知，而但欲开疆扩土，是诚佳兵黩武之为。望其有成，岂非北辕而适越乎？故因为功臣图赞，而申其说如此，以戒奕叶子孙，并戒万世之用兵者。