初，将军福康安分遣社丁往谕屋鳌十八社生番，令其堵截贼众入山道路，有言杜敷最谙番情者。杜敷未为贼时，与义民首知府职衔杨振文往来。即令杨振文往谕杜敷。杜敷素为林爽文信任。林爽文自大里杙破后，挈其父母妻子逃走内山。官兵追之急，乃以家属托杜敷。杜敷藏之水里社。至是杨振文遣人谕令立功赎罪。杜敷遣其弟杜朗随诣军营。愿献林爽文家属赎罪。将军福康安慰遣之。丙午（十三日），杜敷擒林爽文之父林劝、母林曾氏、弟林垒、妻林王氏送军营。将军福康安赏杜敷千总职衔，其义民首知府职衔杨振文亦赏戴花翎，奖其招谕杜敷之功也。
辛亥（十八日），官兵攻小半天，克之。小半天在万山之中，最险僻。自官兵分守隘口，贼众无能窜逸，皆赴小半天潜聚。将军福康安闻之，分遣官兵剿捕。普尔普率领屯番先登，克之，斩杀无算，生擒贼目林追、林天等。自是大里杙左右贼众，无容身之地矣。
林爽文之弃大里杙而逃也，其众犹五、六千人，一败于集集埔，再败于小半天，斩杀大半，乃由鹤骨社、狮子社沿山逃走，又为生番剿杀，死伤略尽。而官兵南至阿南山，北至桃仔园，星罗碁布，四路围截。其三貂、蛤仔栏先为贼目吴沙所据，亦招出之，令其擒献首逆自效。林爽文知不可脱，乃谋之贼目何有志。何有志劝林爽文投淡水厅役高振。高振者，先与林爽文往来，时为义民首，随官兵为眼目捕逆首。乾隆五十三年正月丁卯（初四日），林爽文逃至老衢崎，适与高振遇。高振即密报官兵擒之，槛送大营，并擒何有志。
初，林爽文谋逆，僣号顺天；或言顺天、三百六十天也，林爽文恶之，思改号，然已行，不可卒改。自僣号至破大里杙，适符其数。至是被擒，殆天意也。大兵回驻东埔纳。官兵、义民擒献贼目数百人。将军福康安分别情罪轻者，即于军营斩之，其解京者：曰首逆林爽文、曰伪都督何有志、曰伪保驾大将军赖达、曰伪总管林绕、曰伪大都督林领、曰伪副元帅林水返、曰伪军师陈梅、曰伪元师林琴、曰伪宗人林水、曰伪元帅林玉、曰伪保驾将军赖子玉、曰伪游击将军赖敖、曰伪护国将军黄富、曰副将军李七，又有号称将军者曰萧悟天、刘天锡、林良、石南、林祖、林侯、林棍、林得珑等，并父母妻子共三十三人，派领队大臣舒亮、参领札拉芬、参将李芳园、马龙、都司张尔魁等分起解送京师伏法。奉旨赏擒林爽文之功，三等侍卫阿哈保、副前锋章京德楞泰、骁骑校伯多果尔、游击张维、都司张占魁、守备李自昌、屯番守备札克塔尔、阿结皆赏巴图鲁，加赏银一百两。
己巳（初六日），福建巡抚徐嗣曾至军营。先是将军福康安既克斗六门，以台湾百姓甫经乱离，家屋焚毁，应发帑抚恤，咨会总督李侍尧于福建文员内自同知以下委令十二人赴军前差遣。又以荡平之后，凡抚恤百姓、筑立城垣，宜大臣督其事。于是奏请巡抚徐嗣曾渡台湾。徐嗣曾至军营，而首逆适就擒。将军福康安因以北路民事委之经理焉。
丙子（十三日），将军嘉勇公福康安统领大兵南下。先是普尔普领兵由嘉义至郡城，道经湾里溪、铁线桥，贼众闻风敛迹，皆走匿大武陇山内。至林爽文被擒，大武陇贼目许大花等闻之，挈党投出。而林爽文之弟林勇，先在大武陇与庄大田协力窥郡城，既闻大兵已定北路，党羽皆涣散，乃罄其所掠财物，纠集余党据大武陇隘口。北路贼目蔡福及叶省妻黄玉娘等亦逃走南路，与之合力，思阻险自固。丁丑（十四日），将军福康安分兵三路南下：普尔普由大排竹进山趋大武陇北面，鄂辉、许世亨由哆啰啯、洗布埤迤西沿山搜捕，将军福康安、参赞海兰察统领大兵由湾里溪、铁线桥进兵。防守盐水港总兵梁朝桂亦随大兵南下。己卯（十六日），师次牛庄，贼目苏魁、陈献瑞率众阻官兵。官兵射苏魁杀之，生擒陈献瑞等，戮于军。
壬午（十九日），将军福康安、参赞海兰察直抵南潭。福州将军常青、江宁将军永庆、广州副都统博清额、南澳总兵陆廷柱，皆领兵自关帝厅来会。而湖南总兵尹德禧、副将伊常阿、参将张宜淑、游击王希章、都司王朝佐、守备尹尚荣、陈纶、田武、千总以下二十六人，兵千名，亦由鹿港登岸陆续至军。
初，常青闻将军福康安东渡，自陈无功，请去将军名号，以一事权。上以常青驻南路久，而福康安方经营北路，不欲遽加贬削。至是北路大定，福州将军恒瑞坐逗留盐水港革职，乃责授常青福州将军，摘去双眼花翎。
将军福康安之定北路也，南路贼目皆气沮。有民人数十至关帝厅请常青用兵。时关帝厅军营兵不过三千，常青犹豫不能决。会总督李侍尧遣连江游击梁上抡、兴化都司谭纶邦带兵千人至营，常青致书将军福康安，请带兵二千人靖南路。将军福康安以南路兵日久力疲，恐不得当，损威望，乃覆书令其审度形势，毋轻进。会上亦严谕常青防海口，不责以兵事，常青南下之议遂止。
将军福康安既至南潭，与常青晤，仍以府城委之防守。檄令江宁将军永庆、广州副都统博清额、总兵陆廷柱分守打鼓港、竹枝港。
有义民首郑其仁者，先随丁朝雄收复东港，擒贼目吴豹送郡城伏法，奉旨赏守备职衔。至是遣人至军前，报收复枋寮捷音。将军福康安遣台湾府知府杨廷理驰往枋寮抚慰新附，并遣张芝元、许廷进带广东兵五百人随往。
癸未（二十日），大兵发南潭，参赞鄂辉以兵来会。初，鄂辉与普尔普分路搜剿大武陇贼巢。鄂辉攻本县庄，克头社，转战皆捷，至大武陇河。普尔普亦克大武陇隘口。贼目庄大田、蔡福等由内山南走水底寮。普尔普复自大武陇北面深入内山搜剿余匪。将军福康安即令留守大武陇。鄂辉亦自大武陇南面入山，沿山搜捕，至大林庄出山，与大兵会。戊子（二十五日），大兵次下埤头。
先是知府杨廷理奉令招抚枋寮，既至，乡民皆出庄迎谒，意甚恭。杨廷理遍加慰劳，并令侦庄大田踪迹，立功自效。于是杨廷理留宿庄中。夜半，枋寮贼陈昆、叶娥等复劫庄众谋拒官兵。杨廷理闻变，单骑驰出庄，得免。有把总严廷选者，带兵百人随往，遇变皆死之。义民首郑其仁亦死于乱。
参赞海兰察既至下埤头，闻之大怒，即率侍卫巴图鲁直抵枋寮，与贼遇，横冲贼阵，贼不能当，射贼目陈建平杀之，贼皆溃走。官兵乘胜追之，斩首数千级，挤于海死者不可胜计，生擒贼目蓝九荣等，戮于军。贼目庄大田在水底寮，闻之，窜走琅峤。琅峤在凤山极南，边海，内通傀儡番社，山峻林密，道路险恶。