十有一月已丑，台湾镇总兵官陈策卒。署提督蓝廷珍移咨总督满保，檄金门镇总兵官黄英之台署事。
庚寅，南路余孽复叛。为首瓜成、苏清、杨美、林阿尾等，集众竖旗于石壁寮。随发南路兵追剿。癸已黎明，千把总何勉、杜雄等率兵捣贼穴，擒苏清、高三二名。成等奔溃。杨美、王教逃匿下淡水，知县刘先泗擒获之。
蓝廷珍以罗汉门诸山素为匪类逋逃薮，不大举搜捕，扫清岩谷，无以净尽根株。分遣游击王良骏、薄有成、守备吕瑞麟率兵从角宿、冈山、刈兰坡岭一路搜入罗汉门，守备闫威由仁武庄、土地公崎、阿猴林一路，守备李燕、蔡勇由卓猴、木冈社一路。已亥午刻，咸会罗汉内门之中埔庄。别遣把总林三、陈云奇、郑荣才、游宽往大武垄，分路堵截，无令贼窜。庚子，分兵深入搜捕。罗汉内门诸将备，分搜银锭山、佳白寮、东方木、南马仙等处。大武垄诸弁目搜礁巴哖、郎包米、大龟佛、大湖等处。穷山密箐，无不遍历，焚毁贼巢数十所。凡二十七日，乃收军回营。据搜山将备及差员外委苏思维、陈祥、李得胜、林福、石瑀、蓝敦等先后报获瓜成、林阿尾、林丁、庄谋、林读、林齐、郑教、陈璞等。而石壁寮再叛诸孽，尽行廓清矣。又据报获郑文苑、林沙掌、凶死郡、戆昆、仔吴、洪迎、胡君用等，及台厦道陶范获解萧斌、麻恩、金丝猴等。而朱一贵案内附和倡乱诸贼，悉数俘囚，惟王忠、邱宝宣未获，遁逃傀儡内山、台湾山后。蓝廷珍分遣外委弁目，诸路访缉。复令外委郑国佐、林天成召致山番通事章旺，同入傀儡内山，遍查各社，谕番众嗣后不许窝留。复令郑国佐往郎娇，绕行山后，至卑南觅，传檄奖谕大土官文结，以官带补服赏劳之，令起崇爻七十余社壮番，从山后大加搜捕，将所有汉人逸贼尽缚以来。于是王忠等不敢复入番界，只身窜伏，束手待毙矣。
前此台变逃回道府厅县各文员，朝旨令督臣、提臣会审，发往台湾正法，并已故知府王珍尸棺剖枭示众。武赋周应龙等，亦令督臣会同提臣严审定拟。署提督尚未班师，十有二月，总督满保在厦亲审诸文员，将原任台厦道梁文煊、同知王礼、知县吴观域、朱夔、知府王珍尸柩、委海澄营游击安奎，赍令箭押送之台，十月八日甲戌决于市。而台湾县丞冯迪、典史王定国、诸罗县典史张青远，俱羁台湾县狱候部文秋后处决。
广东提督姚堂奉旨调任福建水师提督，署提督蓝廷珍遣游击王良骏赍印赴厦，克期班师。总督满保以地方初定，檄廷珍以南澳镇仍统征兵，暂留在台弹压。
时廷议台镇总兵官移设澎湖，台湾府治设陆地副将，裁去水陆两中营，将备弁兵撤归内地另补。民间忧惶，不安寝食，宵小之徒，讹言复肆。康熙六十有一年春正月，差员陈祥、王仁和续获韩渊、林良等。蓝廷珍念讹言摇惑，会商陶范、高铎、孙鲁，以逆贼苏清等多人在狱，久留未决，恐不足震慑奸顽。二月二十有九日甲申，将苏清、林阿尾、王教、林读、林丁、庄谋、林昆、韩渊、林良诸贼枭斩示众。李吴杖死。杨美先一日病死。陈成、郑文苑等剧贼十数人，及续获之邱宝宣、江邦俊，悉解内地，与黄殿等俱禁省狱。候审拟归案正法。
朝廷以台疆僻处天外，民间疾苦，无由上达，特命满汉御史各一员，岁奉差到台巡视。以南澳镇总兵官蓝廷珍调镇澎湖。总督满保疏荐督标中军副将徐左柱调补台湾陆路副将。
三月望日庚子，南路下淡水奸民林亨等复谋作乱，以“合心王”三字为勘合，颁于其党。方贸帛制旗，欲夜举事，有密报者，守备陈一得率官兵捕之，擒林亨，搜得勘合及伪札，供称同谋为首颜烟、李咸、陈法、王帅、王禄等，分遣弁兵围搜大昆麓罟寮及北路铁线桥诸处，并获之。复有余孽百余人遁入诸罗后山小石门、得宝寮等处，夜出行劫。蓝廷珍密檄北路参将朱文、协防游击林秀发兵搜捕。遣署守备李郡、把总郑高、林时叶分三路并进，复遣把总庄子俊、苏思惟率兵往大武垄堵截，绝其窜路。夏四月戊午，诸军齐集会剿，贼已先一夜遁至三林港，焚汛，杀伤兵丁，夺商贩小船二，入海逃生。蓝廷珍飞遣水师将弁出洋追捕。闻报，在内地青水墘劫坐商船，至铜山洋面又夺坐小渔船；料为潮贼，将散伙登岸，必于樟林、东陇、鸿沟、澄海等处。在三林多有带伤，又从朱一贵作乱时皆割截发辫，易于稽察。星夜飞请总督满保、巡抚吕犹龙移檄粤东，令潮州镇、道、府、县密行查缉。仍差千总一员赴潮催提。尽获刘国华、邱阿路、张阿舜、赖日辉、林阿元、胡阿发、黄阿赤、黄阿五、巫阿盛、陈阿日等贼党五十七人，皆解闽审讯监候正法。
癸亥夜，又有奸匪百余人在八掌溪、小溪洲拜旗作孽，行至竹仔脚塘，杀塘兵陈楠、王亘、苏天贵等三名，比晓皆散，回家为民。廷珍飞调将弁，上下堵截搜捕，寂无踪迹。差员四路密访，并令营县广差侦探。知县汪绅文缉获叶枕、廖猛、赖兴、赖勤等，供指同谋聚众群贼。因遣兵搜捕北埔寮诸山。千总李郡生擒渠魁李庆，夺贼旗械，及所劫赃物，焚毁巢庐。又据参将朱文、知县汪绅文、守备刘锡、千总何勉、陈章、把总陈云奇及外委弁目人等，先后缉获黄潜、苏齐、张成、李延卿、张乌畅、潮边、王妙、何岁、张镇、朱昆生等剧贼四十余人，俱解内地，收禁福州府狱，候审拟分别正法。
五月，署台湾府同知兼摄台湾知县事孙鲁调补诸罗县知县。钦差巡台御史吴达礼、黄叔璥至自京师。六月，新授台厦道陈大辇、台湾府同知杨毓健、员外郎知台湾县事周钟瑄及副将徐左柱等，俱先后抵台视事。
有奸民郑仕者，绰号急烧疏，复讹言惑众，招集亡命，谋于六月乙卯夜竖旗，不果。蓝廷珍捕治之，得其党萧兴祖、李柯等数人。甲戊，并擒会汛，搜获郑仕家档栅，开列伪爵人数，一时旁观，多有骇愕状。知县周钟瑄密白镇道当堂烧毁，将郑仕等处死，人心大定。
蓝廷珍以副将既至，欲遵旨赴澎湖驻札，百姓嚣嚣罢市，环钦差御史、道、府、厅、县各衙门吁呈请留。而新旨已下，允提臣姚堂所奏，副将仍设澎湖，总兵官仍驻台湾，水陆两中营悉还旧制，道标守备弁兵裁归台湾镇管辖，安设南北二路适中要害之处。百姓欣欣，以手加额，欢声载道。
新调凤山知县靳树畹抵任，署县刘光泗仍归海澄。漳浦知县汪绅文安抚缉捕事竣，仍归漳浦。靳树畹染疫病，未几卒，以同知杨毓健摄凤山县事。
雍正元年春正月十有九日已亥，逸盗杨合复谋作乱。合骤闻圣祖仁皇帝升遐，未知新天子即位，乘间思逞，散札招邀匪类，谋犯郡邑。蓝廷珍、高铎遣外委千总陈椰等擒获之，穷治其党，悉解散。
二月，登极恩诏到台湾，万姓舞蹈欢呼，共庆太平。士农商旅，安心乐业，无窝匪接济之人，一二余孽，栖身靡所，饥饿待毙。