己酉，朱一贵复遣李勇、吴外、张阿山、翁飞虎、陈印、杨来、郭国正等率贼众数万人，驾牛车，列盾为阵，复犯安平。乃以齐元辅、金作砺、吕瑞麟、苏明良、范崇勋率弁兵为左拒，王万化、林政、边士伟、李祖、康陵率弁兵为右拒，郑耀祖、王绍绪为后应。贼目翁飞虎率所部乌龙旗为前锋，驱车拥盾冒炮火冲突，群贼大队并至。左右两军边士伟、吕瑞麟等大战于二鲲身。蓝廷珍亲督大炮，连环齐发，倒贼乌龙旗，破牛车阵。林秀、王良骏、朱文、谢希贤、胡璟、林亮、魏大猷、蔡勇、刘永贵各乘小舟，驾大炮，附岸夹攻。贼众大败，入水死者千余人，斩获杀伤不计。自是贼人退保府治，不敢再至鲲身，惟沿岸列炮，昼夜固守。我军分驾小舟，迫岸攻击，与贼相持。
有西港仔士民，具羊酒到安平镇，叩迎王师，载家属为质，愿引大兵从西港仔登岸杀贼。提督施世骠然之。庚戌夜，密遣林亮、魏大猷、洪平、董方以兵一千二百名往西港仔。
次日，蓝廷珍知其事，急言于世骠曰：‘谋算必出万全，不可怙胜轻举。闻贼多在萧垄、麻豆间，西港仔乃其肘下；且距府不远，呼召立应；又多竹林可埋伏，彼若以数千人分布要害，四面掩击，亮等一军危矣’！世骠瞿然曰：‘如何’？廷珍曰：‘当用全力，以大军继之’。世骠曰：‘谁当行者’？延珍曰：‘此非他人所能任，某不敢辞。公当分遣将备，于濑口、涂墼埕等处尽力攻击。贼闻我师北来，必弃营遁，府治恢复，在此一二日间耳’。
辛亥初昏，蓝廷珍留所部官兵三分之一会攻府治，率舟师五千五百余人夜向西港仔进发。翼日黎明，在竿寮乡登岸，令诸舟悉回安平。诸将曰：‘登岸弃舟，何也’？曰：‘示军士必死无还心！今日战胜，明当直抵府治耳’。言未已，谍者报贼在苏厝甲，与林亮、魏大猷决战，势甚张。廷珍分兵八队：以魏天锡、金作砺、叶应龙、武举倪鸿范等率兵千人，副林亮、魏大猷、洪平、董方为前锋；林政、李祖兵千人为左翼；王万化、边士伟兵千人为右翼；复以胡璟、刘永贵、范国斗、范崇勋分兵千人为左、右奇兵；苏明良兵四百为后应；吕瑞麟兵七百为游兵；廷珍亲率陈允升、陈章、林君卿、周宣、蓝弘沛、何期有等领亲丁精锐五百人为中军；并进。贼目林曹、江国论、黄殿、林骞、林琏等率众来迎。前锋军奋力冲杀，左右两翼奇兵绕贼阵后，首尾夹击。游兵突出竹林，横冲贼阵。中军虓阚杀进，枪炮震天。贼大败，溃乱奔窜，追斩俘获，纵横遍地。薄暮至犁头标。廷珍料贼必夜劫营，漏初下，传令撤帐房，卷旗帜，露刃伏芒蔗间。贼果至，不见大营，大惊。须臾，我军突出冲杀，贼大败奔散。自是胆落，不复有战心矣。
癸丑，廷珍督大兵南下，复败贼于木栅仔，追杀至茑松溪，直捣台郡。朱一贵率群贼数万遁去。廷珍收复府治，出示安民，驻札万寿亭。水师提督施世骠于先一日传令水陆官兵并进。游击林秀、王良骏、薄有成、齐元辅、郭祺、王绍绪、郑耀祖、守备郑文祥、千总游全兴与张彦贤等十四员，从七鲲身陆路至濑口，攻府治之南；游击朱文、谢希贤、守备高得志、蔡勇等分坐小船，于盐埕、涂墼埕、大井头攻府治西南。贼尽驱精锐拒战。我军贾勇争先，遂夺涂墼埕，毁贼营。至晚屯南较场。癸丑，与总镇蓝廷珍俱会府治。万姓欢呼，复见天日，家家户外设香案，拜迎王师。廷珍一一慰抚之。遣外委守备陈章飞航至厦，赴总督觉罗满保军前报捷。乙卯，提督施世骠登岸，率大兵屯较场，蓝廷珍仍驻万寿亭。
据弁兵先后报获杀害欧阳总兵之达家勇、杀害许副将之黄龙、杀害罗参将之陈碧、各付其子欧阳敏、许方度、罗世正等，自行处死，以报父仇，凌迟、剖肝、碎尸、扬骨，听从其便。台人快之。
闰六月朔日庚申，陈章报捷至厦门。总督满保檄蓝廷珍署理台湾镇总兵官事。会巡抚吕犹龙缮疏以捷闻，则施世骠在台湾军中，已先自题奏上达矣。
初，台湾警报于六月至京师，皇帝恻然不忍加诛，乃为谕曰：‘谕台湾众民：据督臣满保等所奏，并伊等进摺家人所言，台湾百姓似有变动。又奏称满保于五月十日领兵起程等语。朕思汝等俱系内地之民，非贼寇之比，或因饥寒所迫，或因不肖官员刻剥所致。一二匪类唱诱，众人杀害官兵，情知罪不能免，乃妄行强拒，其实与众何涉。今若遽行征剿，朕心大有不忍。故谕总督满保，令其暂停进兵。汝等若即就抚，自谅原尔罪；若执迷不悟，则遣大兵围剿，俱成灰烬矣。台湾止一海岛，本地所产，不敷所用，祗赖闽省钱粮养生。前海贼占踞六十余年，犹且剿服，不遗余孽；今匪类数人，又何能为？谕旨到时，即将困迫情由诉明，改恶归正，仍皆朕之赤子。朕知此事非汝等本愿，必有不得已苦情，意谓坐以待毙，不如苟且偷生，因而肆行掳掠。原其致此之罪，俱皆不肖官兵。汝等俱系朕历年豢养良民，朕不忍剿除，故暂停进兵。若总督、提督、总兵官统领大兵前往围剿，汝等安能支持？此旨一到，谅必就抚，不得执迷不悟，妄自取死！特谕’。又敕浙江将军塔拜，以甲二千赴闽协防。巡抚吕犹龙按察使董永芠迎劳于浦城，办理夫船。永芠素有才名，方严不阿，一路问民疾苦，捐俸钱恤灾伤，多方抚慰，故兵行而民不扰。浙兵至闽，欲借宿民居，吕犹龙不可。召两司计议。永芠曰：‘靖乱以安民为本，若宿民居，民不堪也’！命署福州府冯璼分拨诸佛寺居之。于是浙兵驻闽者数月，得相安一无所苦。
上谕至闽，则六月二十有五日也。总督满保檄委兴泉道陶范亲赍谕旨，往台湾安抚百姓，并署理台厦道事。调汀州知府高铎知台湾府，分委建宁通判孙鲁往署台湾府同知并台湾知县事，海澄知县刘光泗往凤山，漳浦知县汪绅文往署诸罗，俱随大兵安辑流亡，慰抚各庄社民番。
伊时台郡既平，提督施世骠、总兵官蓝廷珍分遣大兵扩清南北二路。以至王万化、林政、边士伟、魏天锡带领官兵剿抚南路逸贼，收复南路营凤山县，擒斩贼目颜子京、郑定瑞等，安抚下淡水、大昆麓各处人民社番，而南路五百里地方俱皆平复矣。以林秀、薄有成、范国斗、齐元辅、郭祺、胡璟、李祖、郑文祥、刘永贵、董方、林君卿及游全兴带同张彦贤等十四员往北路剿抚逸贼。原任游击刘得紫先于壬子乘间投大师，施世骠、蓝廷珍嘉其抗贼不屈，优待之。得紫募丁壮百五十人，请杀贼报仇雪耻，是行与焉。戊午，败贼于大穆降，斩获甚多，贼党降者散者十之九。朱一贵率数千人走湾里溪。大军追至茅港尾、铁线桥，收复盐水港。朱一贵走下加冬。
俸满千总林君卿率外委千总张佛等二十人先大军二十里前行，追杀贼众，夺牛车、马匹、炮械。与陈尚珍、杨秀计议，潜通张岳，欲擒朱一贵，先谋去伪军师王君彩。一贵收君彩杀之。而漳浦人王仁和素往来沟尾庄，与庄民杨石友善，知其族杨旭、杨雄等为一方巨擘，可与谋。以言餂之，石许焉。仁和密告于蓝廷珍。廷珍给仁和外委守备，并杨旭、杨石、杨雄等守备、千总各衔札，令谋擒朱一贵。复有苏山、黄遵为李祖赍书与杨旭，亦令计擒一贵。于是杨旭与王仁和、杨石、杨雄、陈尚珍、杨秀等密纠沟尾前庄、后庄、小槺榔、新埤、佳走、后潭等庄乡壮以待。
闰六月五日甲子，一贵率千人至沟尾庄索饭食，杨旭等椎牛饷之，许号召六庄乡壮相助。一贵往月眉潭，乏食。乙丑夜，其党散去六百余人。丙寅，杨雄绐一贵复回沟尾庄。薄暮霖雨，旭备馆舍，将一贵等分宿民家，传集六庄乡壮，佯为守护。潜以水灌贼炮。夜五鼓，大哗，称官兵至，金鼓火炮齐鸣。诸贼仓皇惊起，不知所措。杨雄、杨旭、杨石、王仁和等遂擒朱一贵、王玉全、翁飞虎、张阿山等四人，散其余众。