初，厦岛居民，闻台变仓猝，疑贼且长驱澎厦，而泉漳山僻无赖，嚣嚣偶语，四处有揭竿啸聚之谋。居郡邑者携眷属遯深山，居乡村者入郡邑，岌岌乎动矣。又闻各路征兵，恐所至骚扰，米价腾贵，市里惊惶。及总督至厦，从容镇静，民乃晏然。召募丁壮，籍游手，皆隶军中，伏莽萌芽，潜消净尽。所征各镇协标营兵，多从海舟赴厦。陆行至者，亦处之舟中，人给银米蔬菜有加。严令肃伍，船止许一人登岸，买办所需，悉依民价。故虽大师云集，而街巷寂然，不见兵革。未几，所檄移诸路运载米石数万俱至，米价顿平，民益欢庆忘乱，屈指台郡可复也。
台中群贼互争雄长。当内地总督过涂岭之日，正朱一贵、杜君英海外吞并之时。先是君英入府时，欲立其子杜会三为王，众不服，立朱一贵。君英故恚甚，每事骄蹇，掠妇女七人闭营中。而一贵出令禁淫掠。戴穆强娶民间妇女，一贵杀之。以洪阵私鬻伪札，并杀洪阵。君英所掠女，有系吴外戚属者，外请释之，不听，怒欲相攻。一贵遣杨来、林琏往问，君英收缚来、琏。一贵怒，密谋李勇、郭国正等整兵围攻杜君英，败之。君英与林沙堂等率粤贼数万人北走虎尾溪，至猫儿于屯札，剽掠村社。半线上下，多被蹂躏。所未至者，惟南崁以北尔。
淡水营守备陈策闻台郡陷没，恐贼人将至，督弁兵坚守，招集乡壮，分怖要害。有奸民范星文潜踪入境，欲煽惑番民为叛，策擒而斩之。遣队目郑明、蔡武赴厦请救，则总督满保已先于涂次移咨巡抚吕犹龙，就省拨兵赁船，从闽安直向淡水。及至厦，复以十艘配兵五百名，令金门守备朱燕、北路营守备刘锡带领救淡。郑明、蔡武所坐船遭风飘入澎湖，施世骠复遣澎湖协右营游击张駥领兵前往。及郑明等至厦，则吕犹龙自省调发援淡之兵船亦至厦。满保遣千总李郡赍令箭带领，并会诸路官兵星赴淡水应援。统计前后发往救淡之兵共一千七百余名。
二十有七日丁亥，南澳总兵官蓝廷珍单骑到厦，所部舟师继至。总督满保大喜，与定平台方略，委令总统征台水陆大军，带领将弁八十余员，目兵丁壮八千余名，营哨、商艘、杉板、头膨仔等船四百余号，舵工水手四千余名，会提督施世骠于澎湖，克期进剿。祭江誓师，满保躬造海滨送之，廷珍意气慨慷，从容谓满保曰：‘草寇不足烦区处，某一登彼岸，大人可即奏报荡平也’。
六月朔日辛卯，楼船出厦门港。翼日至青水沟，飓风骤起，浪高桅末，几覆溺者数次。三军相顾动色。蓝廷珍亲操舟御风飘至铜山。戊戌，风定，发铜山。庚子，到澎湖。会提督施世骠分定调遣。计先后赴澎湖从征将弁督标左营参将王万化、陆路提标中营参将林政、后营游击范国斗、将军标右营游击魏天锡、抚标左营游击边士伟、水师提标右营游击王良骏、前营游击林秀、后营游击许华、金门镇标右营游击薄有成、铜山营游击郑耀祖、海坛镇标左营游击谢希贤、闽安协标左营游击朱文、福宁镇标右营游击郭祺、汀州镇标游击王绍绪、漳州镇标左营游击齐元辅、云霄营游击金作砺、兴化镇协标右营游击胡璟、原任海坛镇左营游击李祖、原任黄岩镇中营游击陈允升、澎湖协右营守备林亮、海坛镇右营守备魏大猷、南澳镇左营守备吕瑞麟、闽安协右营守备洪平、陆路提标右营守备康陵、水师提标左营守备高得志、泉州城守营守备郑文祥、兴化协左营守备刘永贵、同安营守备叶应龙、烽火营守备蔡勇、漳浦营守备苏明良、安平协千总董方、及各标营千总胡广等、把总苏荣等、俸满千总林君卿等，共参、游、都、守、千、把一百二十余员，目兵丁壮一万二千余名，大小船六百余号。舵工水手六千余名。军火、器械、米、盐、蔬菜一切军需，皆总督满保自厦整备，靡有欠缺。所用商船，俱发价雇募；向义不受值者，量给外委、守备、千把总衔扎以鼓励之。
复虑大兵进剿，澎岛单虚，檄召金门镇总兵官黄英、统领海坛镇标右营游击李殿臣、罗源营游击王良翰、福州城守营都司李经世、将军标左营守备黄元溥、水师提标后营守备何重申、桐山守备闫威、长福营守备王晏、协同副将罗光干、左营游击陈国星、守备邱延祚等，督官兵防守澎湖。其余继至者，皆令赴施世骠、蓝廷珍军前从征。
先是周应龙逃回泉州，为陆路提督穆廷栻获送总督军前。而施世骠至澎湖，亦将台变逃回将弁张彦贤等十余员押解之厦。总督满保将按军法，数人者皆请死于敌，冒矢石立功赎罪，许之。令千总游全兴管押征台。至是亦到澎听调遣。则周应龙、张彦贤、王鼎、王国祥、万奏平、凌进、杨进、朱明、刘清、郑耀、陈福、尹成、李硕、陈奇通等，合之牛龙、许自重，为台变逃回十六员是也。
而澎协右营把总吴良在台湾修理战舰，台陷从贼，为贼谋取澎湖，领伪札百张，白金五百两，偕其党十二人至澎。施世骠故纳之。夜使人醉其同行者酒，逆谋颇露。搜得伪札，穷治之，遂尽吐贼中情形。知贼党相攻，百姓不附。蓝廷珍言于世骠曰：‘群盗皆穿窬乌合，畏死胁从，乖离涣散，一攻即靡。但其众至三十万，不可胜诛。且多杀生灵无益。以某愚见，止歼巨魁数人，余反侧概令自新，勿有所问，则人人有生之乐，无死之心，可不血刃平也’。世骠曰：‘善’。戒将弁登岸之日，无得妄杀，贼来降者悉纵还家，门户旗帜书“大清良民”者即为良民，惟拒敌者乃斩之。
癸卯，发澎湖，以林亮、董方为前锋。令外委洪就、洪选等善水者十二人驾小舟，同前锋先行，于鹿耳门清港插标，记明舟行路径。丙午黎明，舟师咸抵鹿耳门外。贼目苏天威率众据鹿耳门炮台，叠发大炮。又以小舟扼险迎敌。前锋林亮、董方以六船冒死直进，亦施大炮攻击。遥望炮台火药堆积累累，亮命炮专攻，火药桶中之火起，燔毙贼无算，贼溃，遂入鹿耳门。
维时海灵助顺，潮水涨高八尺，蓝廷珍率王万化、林政等四百余艘，连樯并进。林亮、董方乘胜掩杀，毁贼船。把总苏荣争先，亦同登岸，夺取鹿耳门炮台，焚其营垒。游击林秀、薄有成、守备魏大猷、叶应龙追杀逸贼。苏天威逃入安平镇城，与贼目郑定瑞列兵迎敌。林亮、董方奋勇先登，复陷贼阵。蓝廷珍率参将王万化、林政、游击魏天锡、边士伟、朱文、谢希贤、郑耀祖、胡璟、郭祺、王绍绪、齐元辅、金作砺、范国斗、李祖、陈允升、守备吕瑞麟、洪平、郑文祥、刘永贵、康陵、苏明良等各弁兵继之。贼败走。林亮、董方复登安平镇城，竖立大军旗帜，延珍出示安民，盖日犹未晡也。
安平既得，令郑耀祖、王绍绪专守安平城，许华守鹿耳门，王万化、林政、林秀、边士伟、李祖、康陵、苏明良驻札鲲身头，列守要害。安平百姓喜王师至止，老幼趋跄，争给军食，少壮者自充乡兵，愿导官军杀贼。是夕，施世骠船到鹿耳门。丁未，乘潮入安平。
朱一贵遣杨来、颜子京、张阿山、翁飞虎率贼众八千余人犯安平。林政、王万化、边士伟、林秀、王绍绪、郑耀祖、李祖等各率兵迎敌。千总游全兴以张彦贤等十四员同在四鲲身与战。蓝廷珍指挥攻击。我兵枪炮连环如雨。复遣朱文、魏天锡、谢希贤、胡璟、林亮、魏大猷、吕瑞麟、叶应龙、刘永贵等驾小船，沿岸夹击。贼大败。追至七鲲身濑口。戊申，魏天锡、谢希贤、魏大猷率把总牛龙、外委守备陈章等，以轻舟载枪炮硝磺烈焰，于涂墼埕、水仔尾等处烧贼巨舰凡四。