宪宗即位，议上两宫尊号。中官夏时希周贵妃旨，言钱后久病，不当称太后。而贵妃，帝所生母，宜独上尊号。贤曰：“遗诏已定，何事多言。”时曰：“李公言是也。朝廷所以服天下，在正纲常。若不尔，损圣德非小。”顷之，中官复传贵妃旨：“子为皇帝，母当为太后，岂有无子而称太后者？宣德间有故事。”贤色变，目时。时曰：“今日事与宣德间不同。胡后表让位，退居别宫，故在正统初不加尊。今名分固在，安得为比？”中官曰：“如是何不草让表？”时曰：“先帝存日未尝行，今谁敢草？若人臣阿意顺从，是万世罪人也。”中官厉声怵以危语。时拱手向天曰：“太祖、太宗神灵在上，孰敢有二心！钱皇后无子，何所规利而为之争？臣义不忍默者，欲全主上圣德耳。若推大孝之心，则两宫并尊为宜。”贤亦极言之，议遂定。及将上宝册，时曰：“两宫同称则无别，钱太后宜加两字，以便称谓。”乃尊为慈懿皇太后，贵妃为皇太后。越数日，中官覃包至内阁曰：“上意固如是。但迫于太后，不敢自主，非二公力急，几误大事。”时阁臣陈文默无语，闻包言，甚愧。礼成，进吏部右侍郎，兼学士，同知经筵。
成化改元，进兵部尚书，兼官如故。明年秋，乞归省。三年二月诏趣还朝，《英宗实录》成，加太子少保。兼文渊阁大学士。
四年，慈懿太后崩，诏议山陵。时及商辂、刘定之言：“太后作配先帝，正位中宫，陛下尊为太后，诏示天下。先帝全夫妇之伦，陛下尽母子之爱，于义俱得。今梓宫当合葬裕陵，主当祔庙，此不易之礼。比闻欲别卜葬地，臣等实怀疑惧。窃谓皇上所以迟疑者，必以今皇太后万寿后，当与先帝同尊，自嫌二后并配，非祖宗制。考之于古，汉文帝尊所生母薄太后，而吕后仍祔长陵。宋仁宗追尊生母李宸妃，而刘后仍祔太庙。今若陵庙之制稍有未合，则有乖前美，贻讥来叶。”于是诸大臣相继言之。帝犹重违太后意，时偕朝臣伏文华门泣请。帝与太后皆感动，始从时议。
彗见三台，时等言：“外廷大政固所当先，宫中根本尤为至急。谚云‘子出多母’。今嫔嫱众多，维熊无兆。必陛下爱有所专，而专宠者已过生育之期故也。望均恩爱，为宗社大计。”时帝专宠万贵妃，妃年已近四十，时故云然。又言：“大臣黜陟，宜断自宸衷，或集群臣佥议。不可悉委臣下，使大权旁落。”帝虽不能从，而心嘉其忠。
都御史项忠讨满四不利。朝议命抚宁侯朱永将京军往赴。永故难其行，多所邀请。时恶其张大，且度军可无行，第令整装待。会忠驰奏，已围贼石城。帝遣中官怀恩、黄赐偕兵部尚书白圭、程信等至阁议。时曰：“贼四出攻剽，锋诚不可当。今入石城自保，我军围甚固，此困兽易擒耳。”信曰：“安知忠不退师？”时曰：“彼部分已定，何故自退？且今出师，度何时到？”信曰：“来春。”时曰：“如此，益缓不及事。事成败，冬月决矣。”信忿，出危言曰：“忠若败，必斩一二人，然后出师。”众危之，问时何见。曰：“观忠疏曲折，知其能。若闻别遣禁军，将退避不敢任，贼不可知矣。”时惟商辂然其言。至冬，贼果平，人乃大服。改吏部尚书。
五年得疾在告。逾三月，帝趣赴阁视事，免朝参。是冬，无雪。疏言：“光禄寺采办，各城门抽分，掊克不堪。而献珍珠宝石者，倍估增直，渔竭帑藏。乞革其弊，以惠小民。”帝优诏褒纳。畿辅、山东、河南旱，请免夏税盐钞，及太仆寺赔课马。京师米贵，请发仓储五十万石平粜。并从之。时以旧臣见倚重，遇事争执无所避。而是时帝怠于政，大臣希得见。万安同在阁，结中贵戚畹，上下壅隔，时颇怀忧。
七年，疾复作，乞致仕。帝慰留之，不得去。冬，彗复见，时言政本七事：一，毋惑佛事，糜金钱；二，传旨专委司礼监，毋令他人，以防诈伪；三，延见大臣议政事；四，近幸赐予太多，工匠冒官无纪，而重囚死徙者，法不蔽罪。宜戒淫刑僭赏；五，虚怀受谏，勿恶切直；六，戒廷臣毋依违，凡政令失当，直言论奏；七，清理牧马草地，减退势要庄田。皆切中时弊。
宁晋伯刘聚为从父太监永诚请封谥，且乞祠额，礼部执故事却之。帝特赐额曰“褒功”，命内阁拟封谥。时等言：“即予永诚，将来守边内臣皆援此陈乞，是变祖宗法自今日始。”或言宋童贯封王，时曰：“贯封王在徽宗末年，岂盛世事耶？”乃寝。
时每因灾变上言，或留中，或下所司，多阻隔，悒悒不得志。五年以后，凡七在告，帝辄命医就视，数遣内臣赐赉。十一年正月，以秩满进少保。逾月卒，年六十。赠太师，谥文宪。
时立朝三十年，孜孜奉国，持正存大体，公退未尝以政语子弟。有所论荐，不使其人知。燕居无惰容，服御俭约，无声乐之奉，非其义不取，有古大臣风。
商辂，字弘载，淳安人。举乡试第一。正统十年，会试、殿试皆第一。终明之世，三试第一者，辂一人而已。除修撰，寻与刘俨等十人进学东阁。辂丰姿瑰伟，帝亲简为展书官。郕王监国，以陈循、高谷荐入内阁，参机务。徐珵倡南迁议，辂力沮之。其冬，进侍读。景泰元年遣迎上皇于居庸，进学士。
三年，锦衣指挥卢忠令校尉上变，告上皇与少监阮浪、内使王瑶图复位。帝震怒，捕二人下诏狱，穷治之。忠筮于术者同寅，寅以大义折之，且曰：“此大凶兆，死不足赎。”忠惧，佯狂以冀免。辂及中官王诚言于帝曰：“忠病风，无足信，不宜听妄言，伤大伦。”帝意少解。乃并下忠狱，坐以他罪，降为事官立功。杀瑶，锢浪于狱，事得不竟。
太子既易，进兵部左侍郎，兼左春坊大学士如故，赐第南薰里。塞上腴田率为势豪侵据，辂请核还之军。开封、凤阳诸府饥民流济宁、临清间，为有司驱逐。辂忧其为变，请招垦畿内八府闲田，给粮种，民皆有所归。钟同、章纶下狱，辂力救得无死。《寰宇通志》成，加兼太常卿。
景帝不豫，群臣请建东宫，不许。将继奏，辂援笔曰：“陛下宣宗章皇帝之子，当立章皇帝子孙。”闻者感动。以日暮，奏未入，而是夜石亨辈已迎复上皇。明日，王文、于谦等被收，召辂与高谷入便殿，温旨谕之，命草复位诏。亨密语辂，赦文毋别具条款。辂曰：“旧制也，不敢易。”亨辈不悦，讽言官劾辂朋奸，下之狱。辂上书自诉《复储疏》在礼部，可覆验，不省。中官兴安稍解之，帝愈怒。安曰：“向者此辈创议南迁，不审置陛下何地。”帝意渐释，乃斥为民。然帝每独念“辂，朕所取士，尝与姚夔侍东宫”，不忍弃之。以忌者，竟不复用。
成化三年二月召至京，命以故官入阁。辂疏辞，帝曰：“先帝已知卿枉，其勿辞。”首陈勤学、纳谏、储将、防边、省冗官、设社仓、崇先圣号、广造士法凡八事。帝嘉纳之。其言纳谏也，请召复元年以后建言被斥者。于是罗伦、孔公恂等悉复官。
明年，彗星见，给事中董旻、御史胡深等劾不职大臣，并及辂。御史林诚诋辂曾与易储，不宜用，帝不听。辂因求罢。帝怒，命廷鞫诸言者，欲加重谴。辂曰：“臣尝请优容言者，今论臣反责之，如公论何？”帝悦，旻等各予杖复职。寻进兵部尚书。久之，进户部。《宋元通鉴纲目》成，改兼文渊阁大学士。皇太子立，加太子少保，进吏部尚书。十三年进谨身殿大学士。
辂为人，平粹简重，宽厚有容，至临大事，决大议，毅然莫能夺。