敦自为丞相，武昌郡公，邑万户，朝事大小皆关谘之。敦收戴渊及叡尚书左仆射周顗，并斩于石头，皆叡朝之望也。于是改易百官及诸州镇，其余转徙黜免者过百数，或朝行暮改，或百日半年。敦所宠沈充、钱凤等所言必用，所谮必死。敦将还武昌，其长史谢鲲曰：「公不朝，惧天下私议。」敦曰：「君能保无变乎？」对曰：「鲲近入觐，主上侧席待公，迟得相见，宫省穆然，必然不虞之虑。公若入朝，鲲请侍从。」敦曰：「正复杀君等数百，何损朝廷！」遂不朝而去。敦召安南将军甘卓，转谯王承为军司，并不从。敦遣从母弟南蛮校尉魏乂率江夏太守李恒攻承于临湘，旬日城陷，执承送于武昌。敦从弟王廙使贼迎之，害于车中。先是，王敦表疏，言旨不逊，叡以示承曰：「敦言如此，岂有厌哉？」对曰：「陛下不早裁之，难将作矣。」敦恶之。襄阳太守周虑袭杀甘卓。
叡畏迫于敦，居常忧戚，发病而死。子绍僭立，改年日太宁。
王敦将纂，讽绍征己。乃为书曰：「孤子绍顿首。天下事大，绍以眇身，弗克负荷，哀忧孔疚，如临于谷，实赖冢宰，以济艰难。公迈德树勋，遐迩归怀，任社稷之托，居总己之统，然道里长远，江川阻深，动有介石之机，而回旋之间，固以有所丧矣。谓公宜入辅朝政，得旦夕詶谘，朝士亦佥以为然。以公高亮忠肃，至心忧国，苟其宜然，便当以至公处之，期于静国宁民，要之括囊无咎。伏想暗同此志，愿便速克近期，以副尧企之怀。」绍恭惮于敦若此。复使兼太常应詹拜敦承相、武昌郡公，奏事不名，入朝不趋，剑履上殿。敦于是屯于芜湖。敦乃转王导为司徒，自领扬州刺史，以兄含子应为武卫将军，以自副贰。敦无子，养应为后。敦疾逾年，故召含还，欲属以后事。是时敦令绍宿卫之兵三番休二。绍密欲袭敦，微行察敦营垒。及敦疾，绍屡遣大臣讯问起居，迁含骠骑大将军、仪同三司。
敦疾甚，绍召其司徒王导、中书监庚亮、丹阳尹温峤、尚书卞壶密谋讨之。导、峤及右将军卞敦共据石头，光禄勋应詹都督朱雀桁南诸军事，尚书令郗鉴都督从驾诸军事，绍出次于中堂。敦闻兵起，怒，欲自将，困不能坐。召其党钱凤、邓岳、周抚等率众三万指造建业。含谓敦曰：「北事吾便当行。」于是以含为元帅。凤等问敦曰：「事克之日，天子云何？」敦曰：「尚未南郊，何为天子！便尽卿兵势，唯保护东海王及裴妃而已。」初，绍谓敦已死，故敢发兵。及下诏数日，敦犹能与王导书，后自手笔曰：「太真别来几日，作如此事！」太真，温峤字也，绍朝见之，咸共骇惧。含等兵至，温峤辄烧朱雀桁以挫其锋。绍使中军司马曹浑、左卫参军陈嵩、段匹磾弟秃率壮士千人逆含等，战于江宁，斩其前锋将何康，杀数百人。敦闻康死，军不获济，怒曰：「我兄老婢耳！门户衰微，群从中才兼文武者皆早死，今年事去矣。」语参军吕宝曰：「我当力行。」因作势而起，困乏，乃复卧。使术士郭璞筮之，卦成，对曰：「不能佳。」敦既疑璞劝亮、峤等举事，又闻卦恶，于是杀璞。
敦疾转困，语其舅羊鉴及子应曰：「我亡后，应便即位，先立朝廷百官，然后营葬。」初敦败叡之后，梦白犬自天而下，噬之。及疾甚，见刁协、甘卓为崇，遂死。王应秘不发丧，裹尸以席，埋于斋中，与其将诸葛瑶等纵酒淫逸。沈充将万余人来会含等。充临行，顾谓其妻曰：「男儿不建豹尾，不能归也。」绍平西将军祖约率众至于淮南，逐敦所置淮南太守任台。绍将刘遐、苏峻济自满洲，含相率渡兵，应詹逆击，大破之。周抚斩钱凤，沈充将吴儒斩充。绍遣御史刘彝发敦瘗，斩尸，枭首朱雀桁。
绍死，子衍僭立，号年曰咸和。
衍历阳太守苏峻不顺于衍，衍护军庾亮曰：「苏峻豺狼，终为祸乱，晁错所谓削之亦反，不削亦反，削之反速而祸小，不削反迟而祸大。」乃以大司农征之，令峻弟逸领峻部曲。征书至，峻怒曰：「庚亮专擅，欲诱杀我也。」阜陵令匡术、乐安人任让并为峻谋主，劝峻诛亮。乃使使推崇祖约，共讨亮，约大喜。于是约命兄逖子沛国内使涣、女婿淮南太守许柳将兵会峻。峻使其党韩光，光名犯恭宗庙讳，入姑熟，杀于湖令陶馥，残掠而还。衍假庾亮节为征讨都督，使其右卫将军赵胤、右将军司马流率众次于慈湖。韩光晨袭流，杀之。衍以其骁骑将军钟雅为前锋监军，假节，率舟军拒峻。宣城内史桓彝统吏士次于芜湖，韩光败之，大掠宣城诸县而还。江州刺史温峤使督护王愆期、西阳太守邓岱、鄱阳太守纪睦等以舟军赴于建业。衍期，岱次直渎，峻督众二万济自横江，登牛渚山。愆期等邀击不制。峻至于蒋山，衍假领军卞壶节，率诸将陈兵。衍之将怯兵弱，为峻所败，卞壶及其二子、丹阳尹羊曼、黄门侍郎周导、庐江太守陶瞻、散骑侍郎任台等皆死，死者三千余人。庾亮兵败，与三弟奔于柴桑。峻遂焚衍宫，君贼突掠，百僚奔散，唯有米数石而已，无以自供。峻逼衍大赦，庾亮兄弟不在赦限。峻以祖约为太尉、尚书令，加侍中，自为骠骑将军、领军将军、录尚书事。于是建业荒毁，奔投吴会者十八九。