陈旉很反对施用人粪尿。善其根苗篇说：“切勿用大粪，因为它会使芽蘖腐烂，又损人手脚，生疮，难于治疗。只有火粪和燖猪毛以及窖烂粗谷壳最好。……如果不得已而用大粪，必须先和火粪堆积相当时期，才可以施用。往往看见有人用生小便浇灌，立刻损坏秧苗。”他主要是为着卫生和施用不当会造成损失，同时也可能因为他已用其他办法积肥，又有财力可以施用麻枯，不必依赖人粪尿。但是从他的话裹，也可以看出，那时实际上人粪尿在南方已被一般农家广泛施用。他所说人粪尿必须腐熟后施用，是正确而必要的，这在我国已是传统的经验，《泛胜之书》和《齐民要术》早已强调要用熟粪。
关于施用方法，有三点具有新的意义：（一）强调“用粪得理”（善其根苗篇）。并且说：“俚谚谓之粪药，以言用粪犹用药也”（粪田之宜篇）。其中包含肥料种类的选择，是否适合于土壤性质，以及施用分量、施用时期、布施方法等。在善其根苗篇所说秧田施肥法，最能具体地体现出这种精神。（二）多次施用追肥。《泛胜之书》注重基肥和种肥。《齐民要术》也很少提到追肥。《陈旉农书》除仍重视基肥、种肥外，突出地注重施用追肥，而且不是一次施用而是分次施用。例如种大麻“间旬一粪”，种小麦“宜屡耘而屡粪”（见六种之宜篇）；种苎麻一年施肥三四次，种桑一年施肥二次，“锄开根下粪之，谓之开根粪”（见种桑之法篇）。（三）对甲施肥而效及于乙的一举两得的施肥法。种桑之法篇指出，在桑园里种苎麻，对苎麻施肥，桑树也就获得肥效了。桑的根深，苎麻的根浅，两不相妨，而获利加倍。若能勤于粪治，可以一年收割苎麻三次。每年对苎麻施肥三四次，桑树因而也越长越茂盛。
五
南方水稻区域栽培技术的进步我国经济文化中心原先在黄河中下游。北方农业技术的进步远早于南方。南方的自然环境及其相应的农业技术，和北方不同。所以尽管春秋战国至秦汉长时期内，黄河流域的经济文化那样发达，南方还是地旷人稀，长期的远远落后于中原。经过楚、吴、越、汉和六朝千多年间，劳动人民在南方这一广大地区对自然作斗争，逐渐积累经验，不断从事农田基本建设，改变了自然面貌，到了唐代中期以后，终于使全国经济重心移转到南方。西汉《泛胜之书》和后魏《齐民要术》所说农业，都是属于北方旱作区域的。唐韩鄂《四时纂要》中的农业技术，主要引自《齐民要术》，也是基本上属于北方的。《陈旉农书》是我们所能看到的谈论南方水稻区域栽培技术的第一部农书。
耕耨之宜篇谈论整地技术，分别四种不同情况，采取不同措施：（一）早田收获后，抓紧时间，随手耕治施肥，种上二麦、蚕豆、豌豆或蔬菜，因而使土壤精熟肥沃，可以节省来年耕作的劳动力，而且还可以多得一季收获。（二）晚田收获后来不及种上二麦、豌豆之类冬作物的，等待来春残茬腐朽后，就容易耕，可以节省牛力。（三）山川环绕、排水不良而较冷的土地（水的比热高，土中含水较多的，到了春季转暖时，土温不易上升），秋后需要排水深耕，使土壤在冬春冻融而苏碎。（四）宽广平坦的土地，冬季翻耕浸水，残茬杂草在土中沤烂，使土壤变肥，杂草种子也烂掉。
薅耘之宜篇谈论中耕除草技术以及烤田和对水的控制，指出卽使没有草也要耘田，要把稻根旁的泥土耙松，耙成近似液体的泥浆。烤田措施最先见于《齐民要术》，到《陈旉农书》才指出烤田的好处，而且和自下向上的耘田法相结合。先在高处蓄水，把最低的一丘田放水先耘，耘毕一丘，卽在中间及四旁开深沟，使其速乾，乾到地面开裂，然后灌水。如此依次向上，逐丘放水耘田。这样每丘可以从容不迫地耘得精细，保证耘田质量。如果上下各丘同时放水，水已走失，田里乾得很快，太乾就不能耘了，因此就不免草率从事，耘得很粗糙。若再遇上多日没有雨，又无法灌溉，那就可能造成严重损失。陈氏在这裏反复说明，强调必须“次第从下放上耘之，……浸灌有渐，……思患预防。”
善其根苗篇专门谈论水稻的秧田育苗技术。虽则东汉崔实《四民月令》中已提到栽秧，但是陈旉是第一个谈论秧田育苗技术的，而且在《农书》中写成一个专篇，已具有颇高的水平。这一篇主要包含四部分：（一）申说培育壮秧的重要性和达到这一目的的总原则。总的原则是：“欲根苗壮好，在夫种之以时，择地得宜，用粪得理，三者皆得，又从而勤勤顾省修治，俾无旱乾、水潦、虫兽之害，则尽善矣。”（二）谈论秧田在播种前的耕作和施肥，充分体现精耕细作和用粪得理的精神。（三）谈论烂秧问题，指出由于播种太早，天气尚冷而烂秧；秧田经过精细整地施肥才播种，烂秧后另选白田作为秧田，就要造成双重损失，不但浪费种子和劳力，白田不能培育壮秧，还会严重地影响稻的生长和收获。（四）谈论怎样控制秧田里的水，所说颇为细致而合理。
六
农学体系和思想《齐民要术》具有农业全书的性质，但它主要只是分别叙述各项生产技术，而没有对其中所包含的问题与原理作系统的概括。这种系统性的讨论，在现存古农书中，开始出现于《陈旉农书》。
全书分上中下三卷。上卷可以说是土地经营与栽培总论的结合，这是全书的主体（不但性质上是主体，在篇幅上也约占全书的三分之二）。中卷的牛说，在经营性质上仍是上卷农耕的一部分，因为牛是当作耕种用的役畜饲养的。下卷的蚕桑，在当时农业经营中是农耕的重要配角。
再就上卷的编次说，以十二宜为篇名，十二宜互有联系，有一定的内容与顺序，组成一个完整的有机体。
陈旉在自序中说：“旉躬耕西山，心知其故，撰为《农书》三卷，区分篇目，条陈件别而论次之。”又在后序说：“故余纂述其源流，叙论其法式，诠次其先后，首尾贯穿，俾览者有条而易见，用者有序而易循，朝夕从事，有条不紊，积日累月，功有章程，不致因循苟简，倒置先后缓急之叙。虽甚慵惰疲怠者，且将晓然心喻志适，欲罢不能。”作者显然有意识地追求农学体系的完整和前后贯穿。
再看各篇内容，虽不是都很充实的，一个问题也可能散见于若干篇（例如肥料），但是如天时之宜篇谈论天时变化的规律及其掌握，善其根苗篇一开始就指出培育壮秧的总原则，牧养役用之宜篇概括地说明牛的饲养管理的原理，等等，都能或多或少地提出一些系统性的理论。
科学的特征之一是具有系统性的理论，要求从许多事实中抽象出其中所包含的原理，或者从复杂的现象中概括出变化的规律来，再把这些原理或规律安排在合理的体系里。《陈旉农书》开始表现出这种比较完整的系统性的讨论，标志着我国农学上一种重要的进步。