戊子，永历二年春丁酉朔，上在桂林。四川巡按御史钱邦芑疏报：四川全省恢定九州一百三十余县。上视朝，受贺。封王祥等为侯、伯，升邦芑右佥都御史。癸亥，江西提督金声桓、王得仁以南昌内附。二月，广东总兵李成栋以广东内附。郝永忠溃于兴安。丁亥，入桂林大掠，上夜走南宁。何腾蛟在永宁闻警驰回，与式耜同调诸镇兵入城守御。三月丁巳，大清兵至桂北门，腾蛟等拒战却之。清师闻江西反，遂旋师。声桓使人间道赍佛经，置密疏其中，赴南京输款。以翰林学士朱天麟为东阁大学士。闰三月丙寅朔，皇子慈烜生，大赦，王皇后出也。夏四月乙未朔，遣吏部侍郎吴贞毓、商丘伯侯性敕劳李成栋于广州，封惠国公；并封佟养甲襄平伯。五月，何腾蛟复全州；壬午，复宝庆府。六月甲午朔，驾幸浔州。封陈邦傅庆国公。秋七月甲子朔，次梧州，谒兴陵。成栋请上移驻广东，使其将罗成耀将甲士五千迎驾；瞿式耜请回桂林。众议肇庆监国之地，居两省中，遂移居焉。八月癸巳朔，驾幸肇庆。拜成栋翌明大将军，以其子李元胤为锦衣卫指挥，使掌丝纶房事。袁彭年为左都御吏；彭年以广东布政使与成栋密谋内附者也。朱容藩僣称监国于夔州，督师吕大器命川将李占春诛之。九月，召旧辅何吾驺、黄士俊入阁。冬十月，何腾蛟攻永州、衡州，克之。李成栋命其子元胤以兵三千宿卫，遂为禁旅。是时，江西、广东俱复，惟赣州为高进库所守，金声桓使王得仁攻之不能克；命成栋率师助之。比成栋至，而大清兵已抵南昌；得仁还救，成栋战不利，退屯南康。十一月，杀佟养甲。李赤心破清将线国安于湘潭，遂复益阳、湘潭、湘乡、衡山等县；堵胤锡围长沙。十二月辛卯朔，封李元胤南阳伯、马吉翔文安侯。大清兵至长沙，诸将溃，腾蛟退保湘潭。
己丑，永历三年春正月庚寅朔，上在肇庆。壬申，朱天麟罢。戊寅，南昌破，金声桓、王得仁皆死。二月庚寅朔，湘潭破，马进忠败走，何腾蛟被执不屈死之。李成栋亦败于信丰，渡河堕水死。事闻，赠腾蛟湘中王、成栋宁夏王、声桓南昌王，设坛祭之。以杜永和为两广总督，驻广州；罗成耀守南雄。忠贞营之众，亦溃于茶陵，由道州入粤西。堵胤锡以胡一青、赵印选兵守衡州。三月，大清兵至，胤锡走道州；衡、永二府俱不守。四月，孙可望疏请封王，廷议不可。孙可望自丁亥春入滇，据全省，称国主，以干支纪年。其党李定国等抗不相下，云南监军杨畏知诱之来归，请封，久不决。武康伯胡执恭驻思恩，便宜矫册印入滇封可望为秦王；而肇庆不知也。六月己丑朔，堵胤锡至肇庆，加文渊阁大学士，封光化伯，使召李赤心等出楚。七月，封可望为平辽王，赐名朝宗。刘文秀、李定国、艾能奇等皆为公。可望却不受。冬十月癸丑，马进忠、王进才克武冈。乙卯，克宝庆、靖州。何吾驺、王化澄罢。封黔镇皮熊为黔国公、播镇王祥为忠国公，防滇也。十一月辛巳，督师大学士堵胤锡卒于浔州，赠镇国公。十二月戊申，以史馆乏员，上亲试士，取刘〈艹洍〉、钱秉镫、杨在、李来、吴龙桢、姚子庄、涂弘猷、杨致和八人，俱授庶吉士。大清兵入粤，罗成耀自南雄遁回。
庚寅，永历四年春正月乙卯朔，上在肇庆。己未，闻庾关不守，问备御之策，无对者。辛酉，上登舟。戊辰，韶州复破。辛未，上西幸。命戎政尚书刘远生、给事中金堡宣谕广州诸将，令杜永和出师。留马吉翔、李元胤居守。庚辰，上至梧州，驻舟江干。内阁黄士俊以疾归，召朱天麟入直。二月，大兵至广州，围之；调陈邦傅、高必正等东援。丁亥，户部尚书吴贞毓等合疏论袁彭年、金堡、丁时魁、蒙正发、刘湘客朋党误国十大罪；上以彭年反正有功，置不问，余下锦衣狱，遣戍。戊戌，大清兵破武冈，马进忠退守靖州。五月，必正与邦傅有隙，率所部西回；惟邦傅东出，屯肇庆。马宝等袭清远，败归。李元胤、马吉翔进驻三水，观望不敢进。而潮州郝尚久、惠州黄应杰俱已降。广州被围日久，不能救；惟进封杜永和等为侯，以虚名慰劳而已。六月，文安之入朝，命入阁办事。八月，孙可望复遣使至梧，自称秦王，且以不愿改号为请，付从官集议。九月，可望由云南东袭贵州，执皮熊，又使贺九仪袭遵义；王祥师败，自刎死。于是，张先璧、马进忠等皆归于可望，势益强，地与粤西相接矣。冬十月辛巳朔，日有食之，既。十一月辛亥，广州破，杜永和奔琼。甲寅，桂林破，留守大学士瞿式耜、总督兵部侍郎张同敞皆死之。初，衡、永俱破，胡一青、赵印选走南粤，式耜命与焦琏，杨国栋等扼榕江。既而全州复破，榕江兵尽溃。报至梧州，乙卯，上乘炮船夜发；比晓，从官踉跄追走。陈邦傅在清远，闻广州失，劫从官于藤江。内阁王化澄、吏部尚书晏清等俱走北流不得达，马吉翔、李元胤追及于南宁。从官稍集，饥冻无人色，乃括行櫜并吉翔所献得四千金散给之。胡一青、赵印选率滇兵驻滨州。袁彭年自佛山复降于清。十二月，命文安之出督师，经略川、秦、楚、豫，封王光典等为侯伯；所谓十三家之兵也。
辛卯，永历五年春正月己卯朔，上在南宁。二月，柳州破，上移驻田州。三月，使编修刘〈艹洍〉封孙可望为冀王，至平越不得入。夏四月戊午，皇太后王氏崩于田州。五月，葬于南宁杨美山。上尊谥曰“孝敬、庄翼、康圣皇后”。可望以不允秦封，使贺九仪、张胜、张明志等将兵入卫，贼杀大学士严起恒、兵部尚书杨鼐和及给事中刘尧珍、吴霖、张载述等，皆主不予秦封者也。于是，始真封可望为秦王。八月，赠瞿式耜吴国公、张同敞江陵伯。九月，陈邦傅诱杀宣国公焦琏，叛降于定南王。上闻浔州破，驾发南宁。十月辛卯，驾次新宁。上生母马太妃徽号曰“昭圣、仁寿皇太后”，册慈煊为太子。十二月甲辰朔，大清兵破滨州。庚午，南宁破。赵印选、胡一青以败卒同马吉翔抵桂滩，请上弃舟从陆，尽焚龙舟重器而行。由土司安平、壮雷、归顺、归朝，一路进发，诸蛮各供粮饷并从官夫役。孙可望既受秦封，乃遣其将狄三品、陈国能、高文贵等以兵三千来迎，并书致从官曰：南宁不守，当驻安隆。从之。是时，可望已据有川东西矣。
壬辰，永历六年春正月癸酉朔，上在归朝司留九日，发。戊子，至广南府。孙可望遣总兵王爱秀表请居安隆。二月戊申，上至安隆，改名安龙府。可望岁以银八千两、米六百石上供，从官取给焉。大清兵入四川，可望守将白文选走回云南。定南王自广西以七百骑出河池州向黔，大军驻柳州。可望乃使李定国与冯双礼等图桂林，步骑八万人；刘文秀等图成都，步骑五万人。疏闻安隆，封定国西宁王、文秀南康王，余各加公、侯，从可望请也。三月壬申朔，建行太庙。五月，定国等进攻靖、沅、武冈皆下，疾趋广西。七月癸酉，遂克桂林；定南王自焚死，获陈邦傅并其子鲁禹，送贵州伏诛。杜永和以琼州北降；南阳侯李元胤及其弟安肃伯李建捷见执，不屈被杀。刘文秀等陷叙州、重庆，大清兵出击，大破之，全军俱没。九月，李定国北取衡州；孙可望亦自至沅州，攻辰州府，陷之。十一月辛未，大清兵遇定国于衡州城下，大战竟日，定国不能支，遂败走。会主帅遇伏殒，定国得收兵，退屯武冈。是年，凡宗藩在贵州者，可望渐杀之。
癸巳，永历七年春正月戊辰朔，上在安隆府。李定国自桂林胜后，不复受可望约束；可望恶之，使人召赴沅议事，将杀之。定国辞不行，径回广西，可望自追之。大清兵进宝庆，与可望战于花子街，杀伤相当；可望急退，诸营遂溃。大清兵亦不进，各引还，以武庆之间为界。上在安隆，日益穷促，闻定国得广西，且与可望有隙，乃与内阁吴贞毓等十八人谋召定国入卫；定国感泣，许之以身报。
甲午，永历八年春正月壬辰朔，上在安隆府。二月，开科取士四十名，以四川熊渭为第一，授庶吉士；余授知县、教职有差。可望闻密敕召定国等，三月使部将郑国、王受彦至安隆，杀与谋十八人；憾定国益甚。定国亦防可望袭之，出师掠廉、雷；夏五月，陷高州，进围新会。十二月，大清兵至，与尚、耿两王合击之，败北。
乙未，永历九年春正月丙戌朔，上在安隆府。孙可望遣兵攻常德，复败归。上在安龙，涂苇箔以处，日食脱粟。守将承可望意，更相凌逼，挟弹射马，直入其门；文吏乘舆呵殿过之不复下，改称府为安笼。岁造开销银米册报可望，称皇帝一员月支若干、皇后一口月支若干，隐忍延喘而已。李定国既解新会之围，由高州退守南宁。十二月，孙可望闻其势不振，遣兵袭之。
丙申，永历十年春正月丙戌朔，上在安龙。李定国败可望兵于田州，率兵疾趋安隆，迎帝入滇。可望侦知之，先使白文选至安隆，促上移黔。太后闻之哭，从官亦哭，白文选见之心动，因以情告曰：姑迟行，俟西府至。遂以舆从不集报可望，阴留俟定国数日。定国至，遂奉之西走云南。可望复使兵邀之，定国已抵曲靖。时，刘文秀守滇，亦素怨可望；闻定国至，即纳之。沐天波迎上于马龙驿。三月，上入云南，居可望府中，赐李定国晋王册宝，封刘文秀为蜀王、白文选巩国公，余俱为侯、伯。又以定国记室金维新为吏部侍郎兼都御史、龚铭为兵部侍郎，加沐天波柱国少师。马吉翔复谄附定国，仍以文安侯入阁办事。遣文选入黔慰可望，可望恨甚；然以妻子在滇，未敢公为逆也。
丁酉，永历十一年春正月甲辰朔，上在云南。二月甲申，东宫出阁讲学。四月癸酉朔，上圣安皇帝庙号曰“安宗简皇帝”，后曰“简皇后”。下诏大赦。五月，使张虎送可望妻子赴黔。可望既无内顾，七月，举兵反，诏削其王爵。时，可望所部至众，定国兵不过数千、文秀将留镇兵亦少，然人心不直可望。兵至交水，其大将白文选、马进忠、马惟兴、马宝皆致之，遂大败走，挈妻子赴长沙降清。论功，封冯双礼庆阳王、马进忠汉阳王、马惟兴叙国公、贺九仪广国公，余将封侯、伯者十五人。其党附可望者，程源、郑逢元等皆降级。十月，遣使间道赴海封成功为延平王。十一月，追赠吴贞毓以下十八人谥荫有差，遣官谕祭，立庙安隆。
戊戌，永历十二年春正月戊戌朔，上在云南。二月，大清兵从蜀、楚、粤三路入黔，李定国使其将刘正国、杨武等守三坡、红关诸险防蜀，使马进忠等驻贵州。四月庚寅，刘文秀卒。可望旧将王自奇、关有才反，定国讨诛之；内乱平，而贵州已不守矣。是时，蜀兵至三坡，刘正国由水西奔回。晦日，大清兵克遵义，楚兵自镇远抵黔，马进忠等亦走。五月，蜀兵击败杨武于开元之流水。七月丙申朔，命李定国为招讨大元帅，赐黄钺。粤兵抵蜀山州。十月，三路兵俱集，信郡王自北至，会于杨老堡，戒期入滇。李定国与冯双礼等扼鸡公背，图复贵州；别遣白文选将四万兵守七里关，抵生界次师，示攻遵义，以牵制蜀师。十二月，蜀兵出遵义，由水西以烈趋天生桥，入乌散。白文选惧，弃七里关，走回沾益。泗城洲土官岑继禄导粤兵入安隆。定国使安仁侯吴子圣御之，败绩。定国由盘江还师拒战，连败于安龙之罗炎、凉水井、撤岩，遂遁回。丁丑报至，上发云南。