尔诸臣尚监于前车，精白乃心，匡复王室。若水火不化、戈矛转兴，天下事不堪再坏，且视朕为何如主！祖宗成宪，勿尚姑息。各宜钦承，朕言不再”。改正阁衔以尚书兼大学士。八月丙辰朔，日有食之。癸亥，敕左良玉兼提督官，开藩武昌。甲子，张献忠陷成都府，蜀王遇害。乙丑，上曰：“川陕道远，职官多缺，吏部选择贤才，堪任监司府州县者，与巡按御史朱寿图前去，随才署用。以后，凡残破险远地方准此”。戊辰，皇太后自仪凤门入宫，遣灵璧侯汤国祚告于南郊。命惠王驻广信府。癸酉，命修西宫之西园第一所为皇太后宫。乙亥，命吏部察废籍及举贡监生才品堪用、愿效力危疆者，考选二、三十名，咨发辅军前，以补地方缺官。丁丑，皇太后弟千户邹存义为大兴伯，赠吴三桂父故总兵吴勷辽国公、母祖氏辽国夫人。庚辰，命选淑女。辛巳，赐北京死节诸臣大学士范景文等二十二人赠谥祭葬有差；建鸡鸣寺山，赐额旌忠。壬午，以太子太傅礼部尚书兼文渊阁大学士王应熊起用，改兵部尚书总督川湖云贵等处，专办蜀寇；赐尚方剑，便宜行事，仍给银三万两。癸未，封郑芝龙为南安伯。命停文武官荐举。禁非言官而上疏者。乙酉，中旨以阮大铖为兵部右侍郎，巡阅江防。是月，清将杨万兴下济宁。九月辛卯，裁各布政司右布政使。癸巳，曰广致仕。甲午，宗周致仕。己亥，三法司奏定从逆六等条例，大逆凌迟处死凡五条：凡从逆攻陷京师及为贼毁宗社、易门榜者；凡倡率劝进及为贼草伪诏者；凡部院詹事、翰林三品以上大臣从贼受伪官、为之亲信用事者；凡文武封疆大吏、如督抚总兵降贼者；凡京官翰林科道部等官，为贼画策规取地方者。以上如本犯不归、归而又逃者，收系其妻子，籍没其资产。斩决不待时，凡三条：凡四品京官及翰林科道受贼伪命、居要地比原职加崇者；凡方面分巡分守知府等官降贼者；凡文武封疆大吏闻变先逃者。绞凡六条：凡献银、献女、献婢以媚贼求免者；凡内外衙门官、但受伪命者；凡职在巡方遇变而逃及布按三司、分巡、分守、知府等官遇变先逃者；凡被贼夹打不能自回、仍受伪官者；凡受伪官为贼疏远者；凡各衙门奉差，如管屯、管河、榷关、司饷等官虽无封疆之责而逃者。
流凡三条：凡内阁重臣及部院等三品以上、詹事翰林五品以上即不从贼偷生潜逃者；凡既受伪职，后自疏远、先贼未败脱身南还者。以上斩、绞、流及远戍共十一则，如各犯认罪自授，拟减本罪一等；如遁归匿形、蓄谋叵测，议本罪加一等，仍收系其亲属。徙凡二条：凡候考、候选，即无官守，即未受伪官，仍浮沉贼中，贼奔乃还者；凡遇贼变，为贼胁留未受伪官者。杖凡一条：凡初为贼所拘，未受伪官，乘间先归者。上曰：“北都沦丧，帝后遐升，巷战死绥者，遂无一人；且反面事仇、甘心降贼，为之指斥先帝，规并海宇。人心已丧，法纪何存！所奏既已会议允当，并先夺职。其绞罪以上，法司行抚按官逮至京讯之；流罪以下，抚按官依律即讯具奏。其有身虽陷贼，而能改图归正，擒杀贼首及以兵马城池来归，或为我内应，克立大功，或为我内间，效忠本朝者，仍从优升赏，不用此例”。士英请令童生输银免府、县考二试。乙巳，给河南巡抚越其杰银十五万两，令募兵屯田。追赐国初诸臣陶安等、先朝谏死诸臣蒋钦等谥。命乡官与监生齐民较田多寡，一体当差，不许擅立官户。丁未，上皇考陵名曰“熙陵”。庚戌，命法司逮问吕大器、前巡按御史左光先，俱不至。开纳助工事例。辛亥，停宗室换授。壬子，命刑部逮问黄澍，亦不至。户科给事中陆郎、御史黄耳鼎例授外职，特旨留之。二人疏攻徐石麒。甲寅，石麒致仕。是月，高杰率兵赴镇。冬十月丁巳，太常寺少卿李沾为左都御史。庚申，高弘图致仕。甲子，遣司礼监太监孙元德察催直隶、浙江、福建、金华岁改缎价九库一应钱粮，仍督两浙漕粮盐课洋税，并一切修练储备事宜。赐北京死节太监王承恩等九人赠谥、祭葬、荫有差。
丙寅，命于杭州选淑女。壬申，中旨以吏部右侍郎张捷为吏部尚书。癸酉，追复代宗生母贤妃吴氏，上谥曰“孝翼、温惠、淑慎、慈仁、匡天、赐圣皇太后”；惠宗长子文煃曰“恭愍皇太子”，弟允熥为吴悼王，允熞为衡愍王，允熙为徐哀王。追封惠宗子文奎为原怀王，并附祀孝康陵。复江都、宜都、南平等四郡主为公主。耿睿、于礼为附马都尉。丙子，命以来年正月上辛合祀天地于南郊。士英请令户部给直省印单，凡赎锾自杖以上俱注单内解部充饷，其不入单内以赃论；从之。丁丑，以兵部左侍郎解学龙为刑部尚书。戊寅，加左良玉太子太傅。壬午，命停今年决囚。癸未，铸弘光通宝钱。
是月，漳州贼破云霄城；据之，官兵讨之，贼走大浦。十一月戊子，西宫成，赐名“慈禧殿”。续封邓文尧为定远侯。庚寅，命开屯海中玉环等山。辛卯，令生员纳银充贡。总兵官邱磊有罪，下狱死。癸巳，命辽王驻台州宁海县。乙未夜，端门外火。大清兵入宿迁，破海州。庚戌，以某军都督府左都督许定国充总兵官，挂镇北将军印，镇守开封。辛亥，监下江军。兵部职方司郎中杨文骢请于金山、图山筑城，从之。复逃官御史苏京官，驻庙湾，联络海上。自五月不雨，至于是月。十二月乙卯朔，命荆王驻九江府。丁巳，进爵刘泽清为东平侯。禁巡按御史，不许拿访。庚申，赐建文死节诸臣赠谥。辛酉，以湖广巡抚何腾蛟总督川广云贵等处军务，兼督粮饷，专理恢剿。丙寅，改上孝宗后张氏谥“孝靖、肃庄、慈哲、懿扶、天赞、圣敬皇后”。大阅京军，命士英代。己巳，陈洪范北使还，左懋第不屈被执。通政司杨维垣请重刻三朝要典，命礼部访求一部，送入史馆。又奏：逆案多枉；命吏部察明，分别复职起用。有狂僧大悲，至京自称王，下镇抚司词讯。癸酉，复逃官前左春坊左谕德韩四维官；工科右给事中戴英劾之，改别衙门用。甲戌，遣士英视牲。乙亥，复逃官兵科给事中时敏官。开屯海中大瞿等山。丁丑，谕吏部：自天启以前诸臣有劳绩者察明赠官，不得与荫。三法司奏解学龙等从贼诸臣狱，上以诸臣拟罪太轻，命再议。开纳文武职官诰命事例。大清兵自孟县渡河，总兵李际遇迎降，命高杰屯归德以备之。徐弘基卒。戊寅，杰自徐州进兵。辛巳，罢南郊，改于明年冬至。壬午，以应天府丞瞿式耜为右佥都御史，巡抚广西。士英请榷酤，从之。
弘光元年春正月乙未朔，大雪，免百官朝贺。以士英掌文渊阁印，充首辅办事。癸巳，命得功、良佐率师进屯颖、亳；二人受命不行。兴平伯高杰率军至睢宁。乙未，许定国伏兵享杰于城中，杀之；叛降于清。戊戌，禁宗室入京朝见。壬寅，命在京诸臣自陈。癸卯，中旨以吏部左侍郎蔡奕琛兼东阁大学士，入阁办事。命裁监纪及将官。乙巳，夺解学龙职。丙午，召左都御史唐世济复官，管右都御史。加高杰监军兵科给事中卫胤文兵部右侍郎，总督兴平标下镇将兵马，兼理本镇汛地，经略开、归防剿军务。是月，大清兵入西安府，李自成走襄阳。二月甲寅朔，命于嘉兴、绍兴二府选淑女。己未，阮大铖为兵部尚书，兼右副都御史，仍管巡阅江防事务。以工部右侍郎高倬为刑部尚书。人有上书言：开化、德兴、玉山之间，有云雾山，为先朝封禁，开之可以助国；命太监李国辅会同抚按往勘视。辛酉，命五府察明勋臣世系，方许保选，戚臣不许滥请世袭。癸亥，续封顾其谦为镇远侯。甲子，谥皇太子曰“献愍”，定王曰“哀”，永王曰“悼”。乙丑，命于苏州织造大婚冠服。丁卯，顾锡畴罢。荫方孝儒裔孙为翰林院五经博士。遣太监高启潜安抚兴平营将士。甲戌，进蔡奕琛礼部尚书文渊阁大学士。乙亥，追封皇弟由矩为颖王，谥曰“冲”。礼部请朝日，命待南郊礼成行之。丙子，更上先帝庙号曰“毅宗”；赵之龙奏：“思”非美谥，乃改。
封慈爚为崇王，命驻福州府。己卯，改铸南京各衙门印，去“南京”二字。癸未，大悲弃市。鸿胪寺卿高梦箕奏：先帝皇太子自北来；遣内臣踪迹至杭州，得之。三月甲申朔，至京，驻兴善寺，遣太监李承芳、卢九德等审视还报；夜五鼓，移至掌锦衣卫都督同知冯可京邸舍。乙酉，上御武英殿，命府部九卿科道及前东宫讲官中允刘正宗、李景濂、少詹事方拱干等审视太子，问答多不符；大学士王铎叱为假。久之，自称为王之明，故驸马都尉王昺侄孙；奏上。丙戌，下中城兵马司狱。以戍籍钱谦益为礼部尚书。丁亥，复故少师兼中极殿大学士温体仁谥。戊子，命太监乔尚总理两淮盐课，严察兵马粮饷。壬辰，命百官会审王之明于午门外。上故妃童氏在河南，巡按御史陈潜夫具仪从送至京；上以为假，下锦衣卫狱，并逮讯潜夫。癸巳，遥祭诸陵。戊戌，三法司以王之明狱上；命再严究往来踪迹及主使之人。先是，太子之至也，都人皆喜，以为上未有子，且以为嗣；至是人情益惧。民间流言：指马士英、王铎共谋戕害太子。黄得功上疏乞保留，上乃命养之狱中，勿遂加刑。刘良佐上疏，并言太子、童氏二事，谓上为群臣所欺；因命法司先将二案审明情节，传示中外，以释群疑。然而流言日甚。己亥，上懿安皇后谥曰“孝哀、慈靖、恭惠、温贞、偕天、协圣、哲皇后”，更上皇考谥曰“孝皇帝”。壬寅，先帝忌辰，上于宫中举哀，百官于太平门外设坛遥祭。乙巳，大清兵从河南下，总兵官王之纲走宿州；是日入归德府，巡按御史凌駉死之。丙午，罢安庆巡抚。己酉，赠高杰太子太保，荫一子锦衣卫百户。壬子，加高杰部将李本身左都督（？）兴平伯标下兵马。夏四月丙辰，左良玉反，陷九江府。良玉寻死，其子梦庚自称留后。丁巳，追恤三案诸臣刘廷元等二十人，并复原官，仍各赠荫有差。乙未，左兵陷东流，京师戒严，以公侯分守长安等门及都城十三门。征靖南、广昌、东平三镇兵入卫；命可法至江北调度，阮大铖率兵巡防江上。是日，戮光时亨、周钟、武愫于市，周镳、雷演祚赐自尽，其余从贼诸臣拟死罪者戍边、流罪以下为民。是日，左兵陷安庆府。大清兵自归德分道，一趋亳州、一趋砀上，徐州总兵李成栋奔扬州。壬戌，封常澄为襄王，命驻汀州府。是日，都督黄斌卿等与左兵战于铜陵之灰河，败之；明日复战，沉其船三十艘。