〔四月辛巳〕，新倭大至，犯浙江台、温等府乐清、临海、象山等县及福建福州、兴化、泉州、福清等沿海郡邑，同时登岸焚劫。
〔辛卯〕，总督浙、直、福建都御史胡宗宪以击败岑港寇闻；诏降敕奖励，仍令克期荡平。
丙申，倭攻福清县破之，执知县叶宗文，劫库、狱，杀虏男妇千余人，纵火焚官民廨舍；举人陈见率家僮击贼不克，与儒学训导邬中涵同披执，骂贼而死。
癸卯，倭千余攻福建惠安县，知县林咸率壮丁乘城御之。倭攻五昼夜不克，丁壮死者数百；倭亦颇有损失，乃引去。
〔五月戊申朔〕，倭入福建南安县，纵火焚谯楼及官民廨舍。
〔甲寅〕，福建惠安知县林咸率兵攻倭于县境之鸭山，乘胜追奔，陷贼伏中，死之。
甲戌，福建倭结艐自海口出港，参将尹凤督武举杨承业等引舟师击之，冲沈贼舟七，斩首六十八级，生擒七十。余舟败遯，凤等追至东洛外洋及七礁火、大棕衣大洋等处，斩首百有余级，生擒十有六人，铳伤及溺水死者甚众。福、兴倭患，由是少熄。
〔六月乙酉〕，提督福建军务右副都御史阮鹗被逮至京，法司谳上其狱；诏黜为民。……
丙申，倭寇分犯福建兴、漳、泉诸府，攻福清、南安二县，破之。巡按御史樊献科以闻，上命趣巡抚王询赴任，集兵剿平。革参将黎鹏举等职，充为事官；夺守巡官参政万依、副使邵楩等俸，俱戴罪杀贼；下福清知县黄宗文、南安知县涂光裕于御史问。
〔七月丙辰〕，以浙江岑港海寇未平，诏夺总兵俞大猷、参将戚继光、把总刘英职级，期一月内荡平；如过限无功，各逮系至京问。并夺兵备副使陈元珂、曹金俸，令侍郎胡宗宪督之剿贼；若失事者连坐。初，宗宪遣还毛海峰，诱降王直；及直至下狱，海峰遂绝，与倭目善妙等列栅舟山，阻岑港而守。官军四面围之，虽颇有斩获，然海中数苦毒务，贼凭高死斗，我兵莫利登先，多陷没者。是时新倭大至，朝议虑其先后合艐，为害将大；屡下严旨，趣宗宪督诸将及时平贼。宗宪惧得罪，乃上疏侈言水陆战功，谓贼虽未殄灭，兵决可期月而待。于是科、部臣极言其欺诞，并劾失事诸臣；乃有是命。
戊午，以福建福、兴、泉、漳四府及长乐、古田等县被倭，免明年正官入觐。
〔闰七月丁酉〕，巡抚福建佥都御史王询言：’福建自被兵以来，设参将二人，一哨于海、一防于陆。然水陆之任分而利害异，南北之势悬而首尾分；各无信地，互相观望。臣按闽中之势：福宁，北路之要害也；寇自台、温来者必犯之。诏安，南路之要害也；寇自广潮来者必犯之。诚得专将分守，兼辖水陆；贼虽狡悍，岂能越境！请以福、兴为一路，领以参将黎鹏举，驻福宁，水防自流江、烽火门、俞山、小埕以至南日山；漳、泉为一路，领参将王麟，驻诏安，水防自南日山至浯屿、铜山、玄钟、走马溪、安边馆：凡水陆兵及诸街所官军、有司团练民兵，皆听节制。又，福建省城介在南北之中，而去海不五十里；宜有重兵。请更设参将一人，以署都指挥佥事曾清充之；部领哨船，选募精锐五百人，往来闽安、镇东、福清并海之间，与主客兵互相应援。其本省原调广西向武州士兵日久思归，宜从其便；而于湖广桑植、麻察二土司各调兵二千代之‘。兵部覆奏，报可。
〔十月辛亥〕，浙江岑港倭徙巢柯梅，总督侍郎胡宗宪屡督兵讨之不能克；于是南京御史李瑚追劾宗宪私诱王直启衅，巡按浙江御史王本固、南京给事中刘尧诲亦劾其老师纵寇，滥叨功赏，请行追夺。尧诲又言：’前淮、扬之变，知府石茂华、刘崇文等婴城自保，顾得援军之力，却贼冒赏，御史马斯臧伪增功次，亦当并治‘。兵部覆请切责宗宪，而令查盘科、道罗嘉宾、庞尚鹏并勘斯臧等事。上曰：’宗宪司军务重寄，宜去与留，其令在廷集议，毋党护依违。斯臧等，本兵既据勘赏矣，如何又勘？其并议上‘。于是成国公朱希忠等、吏部尚书吴鹏等议言：’宗宪功多，当切责留用，如部议；斯臧等事已前决，当置勿问，如上旨‘。上手答曰：’妖逆贼直罪浮贼富，本宗宪用计诱获，人皆知者。小人嫉功，会彼奏上玄瑞，遂尔有言。朕览诸疏，付之丞弼议拟，用存公论耳。是议亦不分是非，不明功罪。宗宪其仍旧用心平贼，以副简眷‘。未几，宗宪上疏自辩曰：’王直为东南大患，节经兵部题奉钦依，先有购求之文，后有许降之意。臣仰承庙算，不惜身家而百计以图之。兹幸擒获，言者乃诬臣为私诱、诋臣为专擅；又以今岁继来之寇，谓由臣擒直启衅致之：是将嫁无穷之祸于任事者之身。推原其意，岂欲人人皆畏首畏尾、不敢一奋然担当国事，然后为可耶？昔岁臣任巡按时，徐海、陈东、麻叶之徒已盘据松江，结巢柘林，攻城破邑者四年矣；彼皆王直党也，果何人招致、何人启衅乎？矧直猾谲善战，久雄海上；昔年以孤舟住泊沥表，总兵俞大猷时为参将，以福船五十艘围攻数月，竟尔逸去。以此观之，此酋非可以力胜、非可以常视之也。方直跳浪海洋，中外惊诧；以为猛虎毒蛇，不啻丘富。臣苦心积虑，幸而获之；乃言者复以么么视之。夫直诚么么，与海上事无轻重也；不足为臣功已矣，而又安得为臣大罪耶！臣力竭智殚，怨多毁集；愿毕力以除舟山余孽，退伏斧钺。唯圣明裁察‘！上复报曰：’卿计获妖贼，人所皆晓；特以献瑞故，人不敢直指引军事以害卿耳。卿宜竭诚展布，以平余氛。不允辞‘。
〔十一月丙戌〕，浙江柯梅倭骂舟出海，总兵俞大猷等自沈家门引舟师横击之，沈其末艘，稍有斩获；各贼舟趁洋南去。由是，福、兴、潮、广间纷纷以倭警闻矣。
·〔嘉靖三十八年正月己丑〕，广东原屯黄冈倭流劫海阳、饶平、潮阳、惠来等县。
〔二月庚申〕，广东倭流突福建诏安，官兵御之；贼引众犯漳浦。
〔三月甲午〕，总督浙、直、福建都御史胡宗宪言：’舟山残孽移住柯梅，即其焚巢夜徙，力已穷促；小船浮海，势易成擒。而总兵俞大猷、参将黎鹏举防御不早、邀击不力，纵之南奔，播害闽、广；失机殃民，宜加重治‘。上命巡按御史逮系大猷、鹏举来京讯治。柯梅倭之出海，宗宪实阴纵之；故不督诸将要击。及倭既出舟山，即驾帆南泛，泊于浯屿，焚掠居民。由是福建人大噪，谓宗宪嫁祸。南京御史李瑚遂劾参宗宪，数其三大罪。瑚与大猷皆福建人，宗宪疑大猷漏言于瑚，故诿罪大猷以自掩饰如此。