〔九月己亥〕，先是，六月二十七日，海贼啸聚福宁州流江等澳，拒伤官军。七月二十八日，仍流劫黄崎等澳；署印副使张谦率兵击败之。至是，都御史朱纨以闻，因追论兵备佥事翁学渊、把总指挥孙敖失事。得旨：‘学渊调用，敖逮问；谦赉以银、币’。
辛丑，赏巡视海道都御史朱纨银、币。初，海贼久据双屿岛，招引番寇剽掠。二月中，纨密檄福建都司都指挥卢镗等以轻舟直趋温州海门卫伺；贼至，与浙兵夹击，败之，贼遁入岛。捷闻，兵部谓：‘纨功宜先录；其余功罪，令御史再勘以闻’。从之。
〔十二月戊辰〕，福建海贼林成等流劫至南直隶界，苏松兵备副使魏良贵檄太仓州署印同知唐凤岐等集兵捕之，擒斩三十余人。事闻，诏赉良贵银、币；凤岐等，操江抚臣犒赏。
·〔嘉靖二十八年三月壬申〕，巡视浙、福右副都御史朱纨奏：‘二十七年三月，日本使臣周良等至宁波宾馆，有为匿名书投馆中，称天子命都御史起兵诛使臣，可先发夜杀都御史。署府事推官张德熹知之，不以告臣。臣尝斩贼张珠——珠，德熹叔也；凡执福贼死者，德熹皆与殓之。御史周亮奏革臣巡抚浙、福之命者，又德熹乡人；疑德熹构其事。且臣整顿海防，稍有次第；而周亮乃欲侵削臣权，谓一御史按之有余，以致属吏遂不用命。愿陛下察臣先后奏词，非有私挟追究。德熹等窝贼倡乱、背公党私，废坏纪纲；诈传说旨，扇惑夷情，谋杀抚臣事，请明正其罪’。奏入，诏下巡按御史合同三司验实奏闻。
〔四月戊申〕，巡按福建御史杨九泽以诏安擒获海贼奏捷。上以巡抚朱纨见司巡视，巡按不宜违例奏捷，下都察院参奏；已乃降九泽二级，调外任。
〔庚戊〕，巡视浙、福都御史朱纨疏报诏安之捷，因言‘闽贼蟠结已深，成擒之后，奸宄切齿，变且不测。臣讯得所俘伪千总李光头等九十六人交通内应，即以便宜檄都指挥卢镗、海道副使柯乔斩之’。部臣请下巡按勘核——已御史陈九泽劾纨不俟奏覆，擅专刑戮；请治其罪，并坐镗及乔等。诏兵部会三法司杂议；言‘纨原奉敕许以便宜行事，顾贼擒于二月、奏发于三月，似非临阵者比，宜俟得旨行刑；镗、乔皆不得为无过。然事难遥度，请遣风力宪臣往验其事’。得旨：‘令给事中一员会同巡按御史覆实具报。沿海居民，亟令所司安辑，毋致殃及无辜。纨罢职待勘，镗、乔等下所遣官讯之’。已乃遣兵科给事中杜汝祯往勘。
辛亥，先是，朱纨疏陈六事。一、明国是。言‘国初，海禁甚严，地方宁谧。迩年豪民藉势通夷，当事者莫敢诘难，动为掣肘。惟庙堂烛其奸欺，不为动摇，然后法禁可立’。一、明宪体。言‘都御史，职在总宪。比御史周亮奏言：“池城、仓库、钱谷、甲兵、刑名、狱讼及官吏臧否、利病兴革皆不得与”；则所谓“宪职”者安在！请申明之’。一、定法守。言‘浙、福守巡诸臣既有专官，继又设粮储、屯田、巡海等道；职守参差，互相推诿。今宜檄分巡各道按地分驻，兼综诸务。专事者，惟理其绪而稽成焉；苟一道不治专事者，乃躬督之’。一、定要害。言‘闽之要害，若月港，首宜创邑。安海原属晋江、同安二县，离县太远。南安迫近府郊，地偏民寡，宜移治安海；割其地近晋江、同安者附之二县，而以安海割入南安，似为两利。桐山、梅岭，闽之尽境，行部罕至。宜增置漳州通判一员，专驻梅岭；置福宁州同知一员，专驻桐山’。一、除恶本。言‘通盗势家，往往窃发文移，预泄事机；及有捕获，又巧眩真赝：此恶本之难除也。请自今地方失事，即重创守土所司，俾知惩戒’。一、重决断。言‘规画多方，奉行者鲜甚，或持异论以阻挠之。宜令各守臣持议坚确，凡事果行，或论两可’。疏下兵部——覆议：‘纨所陈，多忠愤激切。其言“定法守”，欲以专事者受成，似非分职之意。至于海滨立县、增官，亦嫌更扰。然其议守巡分驻要害、禁诘海滨，实有益也；宜下按臣计之’。因言纨今罢去，其巡视员缺，更请上裁。诏巡按御史熟计“巡视废置”以闻。
〔六月甲寅〕，日本国王源义晴差正使周良等来朝贡方物，赐宴赉有差，以白金、锦币报赐其王及妃。初，日本入贡，率以十年为期，载在“会典”。嘉靖二年，宋素卿、宗设争贡相仇杀，因闭不与通。十八年，复来求贡，纳之；因与约：以后入贡舟无过三艘、夷使无过百人，送五十人〔入〕京师。至是，良等不及贡期，以六百人来，凡驾四艘。部议：非正额者皆罢遣之；而浙江巡抚朱纨力陈不便状。礼部欲赏其百人如例，非正额者皆罢勿赏。良因自陈：‘贡舟高大，势须五百人。中国商舶入夷中，往往岁匿海岛为寇；故增一艘者，护贡舟也，非敢故违明制’。礼部不得已，请百人之外，各量加赏犒；百人之制，彼国势难遵行，请相其贡舟斟酌之。又，日本故有弘治、正德入贡勘合，几二百道；夷使前入贡时奏乞嘉靖勘合，朝廷令以故勘合纳还，始予新者。至是，良等持弘治勘合十五道，言其余七十五道为宋素卿子宋一所盗，捕之不得；正德勘合留五十道为信以待新者，而以四十道来还。礼部覆：‘其簿籍脱落，故勘合多未缴，请勿予新者。令异时入贡，持所留正德勘合四十道——但存十道为信，始以新者予之；而宋一所盗，责令捕索以献’。报可。
〔七月壬申〕，初，巡视浙、福右副都御史朱纨既报浯屿擒获夷王之捷，随奏‘夷患，率中国并海居民为之。前后勾引，则有若长屿喇哒林恭等；往来接济，则有若大担屿奸民姚光瑞等：无虑百十余人。今欲遏止将来之患，必须引绳批根，永绝祸本。乞下法司议所以正典宪、威奸慝者’。纨寻去任，都察院议：‘下巡按福建御史转行巡视海道都司等官缉捕前项奸徒并土豪为渊薮者，悉正以法。至于见获佛朗机国王三人，亦宜审其情犯，大彰国法。仍移檄各处，有能告捕魁恶者，重赏；首改自新者，听免本罪。且浙、福海患相沿，出此入彼；宜令两省诸臣一体会议施行’。报可。按海上之事，初起于内地奸商。王直、徐海等常阑出中国财物与番客市易，皆主于余姚谢氏。久之，谢氏颇抑勒其值；诸奸索之急，谢氏度负多不能偿，则以言恐之曰：‘吾将首汝于官’！诸奸既恨且惧，乃纠合徒党、番客夜劫谢氏，火其居，杀男女数人，大掠而去。县官仓惶，申闻上司，云“倭贼入寇”！巡抚纨下令捕赃甚急，又令并海居民有素与番人通者皆得自首及相告言。于是人心汹汹，转相告引，或诬良善。而诸奸畏官兵搜捕，亦遂勾引岛夷及海中巨盗，所在劫掠；乘汛登岸，动以“倭寇”为名，其实真倭无几。是时海上承平日久，人不知兵；一闻贼至，即各为鸟兽窜，室掳为空。官兵御之，望风奔溃，蔓延及于闽海、浙、直之间；调兵增饷，海内骚动，朝廷为之旰食。如此者六、七年，至于竭东南之力，仅乃胜之；盖患之所从起者微矣。
·〔嘉靖二十九年七月壬子〕，诏逮巡视浙、福都御史朱纨至京讯鞫，下福建都司都指挥佥事卢镗、海道副使柯乔狱论死。先是，纨奏海夷佛朗机国人行劫至漳州界，官军迎击之于走马溪，生擒得贼首李光头等九十六人，已遵便宜斩首讫。章下，兵部请俟核实论功。会御史陈九德疏论纨专杀，滥及无辜；法司覆请遣官会勘，上从之。遂革纨职，命兵科都给事中杜汝祯往。至是，汝祯及御史陈宗夔勘上：‘前贼乃满剌伽国番人，每岁私招沿海无赖之徒往来海中，贩鬻番货；未尝有僭号流劫之事。二十七年，复至漳州月港、浯屿等处。各地方官当其入港，既不能羁留人货，疏闻庙堂；反受其私赂，纵容停泊，使内地奸徒交通无忌。及事机彰露，乃始狼狈追逐，以致各番拒捕杀人，有伤国体。其后诸贼已擒，又不分番民、首从，擅自行诛，使无辜并为鱼肉；诚有如九德所言者。纨既身负大罪，反腾疏告捷；而镗、乔复相与佐成之：法当首论。其冒功坐视诸臣，通判翁灿、指挥李希贤等次之，指挥佥事汪有临、知府卢璧、参将汪大受又次之。拒捕番人方叔摆等四名，当处死；余佛南波二者等五十一名，当安置。见存通番奸徒，当如律发配、发遣’。于是，兵部、三法司再覆如汝祯等言；纨、镗、乔遂得罪，翁灿等下巡按御史提问，汪有临等夺俸有差。纨为人清廉，勇于任事；开府闽、浙，首严通番之禁，海中为之肃清。走马溪之役，虽张皇太过；然勘官务入其罪，功过未明。纨竟坐忧恐，未就讯，仰药而死。公论惜之！