戊申，南赣巡抚陆问礼请敕闽、广协剿，以尽铜鼓余贼。先是，铜鼓障贼钟凌秀既降复叛，为福建游击郑芝龙擒解两广总督王业浩军前即时正法，妻子与二、三死党皆就拘絷；余贼三千溃入长汀，转入瑞金。三省官兵屡截其前，贼散而复聚，进入太和县冠朝、东沔等处。四月十八日，芝龙同广东游击周一阳、南赣坐营邵勋、羊角堡把总金国柱更番杀贼七百余级，贼越山而遁；已又进兴国县绮冈地方，三省官兵夜半猝击，贼始迸散。五月初三日，突出永丰县；官兵堵之，遁入庐陵县富田地方。问礼遣坐营邵勋、把总朱国柱、营总朱家珍、广东西山参将徐云龙、原任参将张一杰、游击周一阳各统部兵从兴国追至庐陵境上，又遣都司佥书管长宁营事董大胜领兵五百名、原任守备曾士英领兵五百名由水路顺流至吉安府随贼剿捕，檄委分巡岭北道参议祁逢吉、赣州府同知邓曰崇随军纪功。闻礼以闻，且谓‘贼败残余孽，惟于无兵之处逃遁掠食，冀缓须臾之死。但近日芝龙以海警回闽，广东将士又因兵食不继，亦欲回广；臣多方措饷，督令相继进发。乞圣明严饬两广新督臣熊文灿、镇臣邓茂官益简精锐、多备糗粮，飞驰协剿。芝龙兵将一心勇于赴斗，贼所深惮；并乞敕福建新抚臣邹维琏多发劲兵，责成芝龙合力剿除，以信”会剿“之旨：庶贼烬无再燃之虞，而三省有宁谧之日矣’。帝谓‘会剿已申谕再三，问礼控制上游，纵贼蹂躏；且奏报稽久，复多隐饰之词：巡按御史何无一言？俱俟查明奏夺’。
乙丑，福建巡抚熊文灿疏报陈秀、郑芝龙、胡美等诸将击败海寇钟凌秀余党于海澄、太和、兴国诸处，获其战舰、器械、马匹等物。章下所司。
〔八月甲戌〕，福建巡按刘调羹以去年会剿钟凌秀，九月二十日有新渡之捷，二十八日有丙村之捷；十月十五直抵贼巢，有黄溪沙等处之捷：特疏为福建巡抚熊文灿、巡按罗汝元、兵巡道顾元镜、参将郑芝龙等叙功。
〔丙戌〕，江西巡抚解学龙疏奏：‘永丰、吉水、庐陵诸贼本系九莲山余孽，今南赣抚臣虽檄岭北道率所部赴援，福建新抚臣亦檄守备高元极、孙继盛分两路协剿，臣更同按臣檄饶、南等各府兵统以袁州知府田有年、佐以饶州通判巢之梁相率而往，然寇从粤起，粤兵剿之不尽，致有今日；乃往往檄之不来，来而即去。除芝龙等委贼擅回，已经赣抚题劾，而近日黄牛冈之捷若肯乘胜而往，不啻秋风之卷败箨；乃贼溃于宁都、永丰之界，各兵去贼仅百余里，推诿延捱，绝无乱流径进之勇。乞敕粤、闽诸臣遵”会剿“之旨，四面合攻，尽力促之；一了百当，方许叙功可也’。帝谓‘”会剿“已屡有旨，如将士玩法不前，即行参处’。
〔九月丁酉〕，福建海寇刘香老贼数千人、船一百七十艘乘风驾潮直犯闽安镇，焚劫抢杀，比舍一空；镇民逃散，省会震动。巡抚邹维琏与福建兵备道沈萃祯、巡海道潘融春同心戮力，竭蹶撑持；当遣游击王嘉勋带领标兵驰御，又遣陈廷对领营兵守梅花所，丘应坤、刘俊防御长乐、连江两县；檄乡绅董鸣玮散家财、募死士、集渔船以防五虎门。适游击郑芝龙以调剿江西流寇未发，遂留之以破门廷之寇。更悬千金，以购贼香之首；严禁奸民运米下海，以断贼饷。于是贼见有备，始撤营遁去。维琏上疏分别功罪，且引咎自责。帝谓‘寇氛时逞，饬备宜严。维琏受事方新，当悉心整饬，以副简任；不必引请。其失事情形、各官功罪，着巡按御史详查确奏’。
〔乙卯〕，工科右给事中王家彦上言：‘闽海猾贼周三、李魁奇、钟斌虽相继殄灭，而刘香老犹肆陆梁；剿扑之谋，不可不预为规度。考国初之制，卫所之军即兵、指挥千百户之官即将；以臣乡言之，如烽火、小埕、南口、浯峙、铜山五水寨之舟师，无非军也。至嘉靖四十二年，抚臣谭纶、总兵戚继光题复旧制，每寨设福、哨、乌、桨等号船四十余只，于五寨中分二哨屯大洋贼船必经之处；其余寨附近紧要港湾，则分哨以防内侵。又于道里适均海洋，定为两寨会哨之地；北抵浙之金盘、南抵广之柘林，联络呼吸，戈船相望。万历二十四年，抚臣金学曾委分守张鼎忠、都司邓钟相阅信地，复请添设仑山、海坛、湄州、浯峒、玄钟、礵山、台山、彭湖诸游哨，于一寨之中以一游哨翼之，错综迭出；虽支洋旁澳，无不搜焉。自升平久而额军、额船渐失旧制，指挥千百户等官足不逾城，会哨之法遂杳然矣。至因而而选民兵、募客兵、编乡兵又联渔兵，业与军而伍矣。昔之为军者一而可以杀贼，今之为兵者五而籍愈虚、贼愈炽；谈海事者所以太息也。按旧额而复之，依分哨、会哨法而核之，籍民兵、客兵而简练之，鼓乡兵而勿以官务扰之，复征沿海四十二澳兵之机警者厚其犒饷令侦贼所在而预制之，皆今日不俟再计而决者也’。章下所司确议。
〔冬十月丁亥〕，广东巡按梁天奇疏报广、惠、韶三府所属龙门、从化、增城、长宁、翁源、英德各县界中有白梅等峒，素称贼薮；春夏间，惠、潮九莲山余贼窜入其中，聚党为害。岭南守巡道布政使林贽、副使洪云蒸督令参将李相、蔡时春讨平之：因列其功级以闻。章下所司。
〔十一月〕己亥，浙江巡按萧奕辅疏报‘剧贼刘香老纠众近万、联〈舟宗〉二百余入犯宁、台、温一带，近海地方同时告警；温区内港被贼蹂躏，赖道臣杜乔林亲冒矢石、竭力堵御，地方得以稍安。参将——今升江南副总兵袁大宁任贼长驱，已勒令赴功赎罪。近复将抚臣罗汝元出镇台州，居中调度；庶指授有人，而荡平可冀也’。帝谓‘海贼连艘入犯，汝元何无先事绸缪？着戴罪速督道将殚力歼除’。
戊申，苏松巡按林栋隆上言：‘闽寇刘香老百艘万众乘风突犯宁波，沿海一带残毁甚惨；且直入内地攻犯昌国、石浦二城，总哨被戕，战舰荡为灰炉，海滨无复居民。所幸北风大作，卤掠以去。而温州复受辛螫，得祸尤甚于宁；瓯城岌岌，弁将束手：惨毒有不忍言者。夫宁波固两浙之门户，而苏、松与浙又信宿可通。臣今奉命按吴，唇齿之邦，隐忧均切；为今之计，协剿宜先。臣闻闽之郑芝龙拥水军北向，贼即扬帆直走金盘；奈何浙兵素强而甘出芝龙下哉！是在两省诸臣悉力鼓锐，集船会剿耳。况浙之金盘、松海、昌国、石浦、舟山等处贼船可入者，无虑数十所。宜于要害之地高筑铳台以备冲击，则贼自不敢狂突；或即以贴驾之军优以从征之饷，使之防守，可无登岸攻掠之忧矣。至通番之禁未严，或多漏网；定海关税苛刻，使商民交病，生计日蹙：则禁奸恤民，又不可不加之意也。若普陀丛林，每为贼窟；嘉靖间，尝火其庐，徙像于招宝。今日久禁弛，大盗仍往来其中；召寇兵而齎盗粮，莫此为甚！即势或不能尽毁，当如嘉靖故事，复加禁约，不许径达普陀，庶奸宄无所藏匿；岂非防患至计哉！又有沙船往来于苏松、两浙之间，有货则装载、无货则剽劫，名曰”沙贼“；浙之临山、观海，每受其害。臣谓巡盐之兼辖两浙者，控制最易；当移檄两地守巡将领严为防探、并力擒捕，使南北之寇声息不通。是防越亦以防吴，尤当亟为严饬也’。章下所司。
〔甲寅〕，浙江巡抚罗汝元疏奏：‘浙省宁、台、温三府皆海寇出没之区，而近日刘香老突犯台之健跳，复攻温之黄华、盘石，直逼府城；臣酌量形势，南可顾温、北可顾宁者，莫如台州为便，遂以九月十五亲督标兵一千五百、精勇三百驰镇台州。然窥贼狡谋，若将以温为安乐国，徘徊不去；是非合三区兵一大创之，宁静无日。臣即调集各处战舰、分布诸将，于十月初三日誓师开帆，以图一鼓歼除。而沙埕一带，非闽帅协堵，难保兔脱；乞敕兵部严谕福建抚臣督令郑芝龙协力并剿，勿以邻国为壑！至师行粮从，而鼓舞兵士尤需犒赏。臣调发标兵三千五百、精勇三百、卫兵五百，例用行粮，在额饷之外；藩司那借凑处，点金无术。请将每年扣解京饷一万两暂准留用，俟事平仍解可耳’。帝谓‘海寇未靖，已屡旨命剿；汝元当速行歼灭。其福建巡抚邹维琏，亦令发兵会剿。所请留饷，一并酌覆’。
〔十二月辛未〕，福建巡按刘调羹以贼首钟凌秀余党奔突汀州，百户赖其勋力战而死，贼亦即退；其勋之功不小，请加优恤。章下所司看议。