辛丑，广东道试御史宋贤上言：‘从来寇盗窃发，要在治之得人、处之有方，斯不难化绿林为赤子，消祸乱于萌芽；断非泛泛然一抚即可结局者。臣请得而分言之。诸盗中惟郑芝龙为可抚。盖当日纵横海上虽势甚猖獗，然闻以劫富济贫为口实，从不攻一城、戮一民，其意颇善。此所谓草泽英雄，可收以为用者。故一抚即自帖服，且能出其死力歼其党类以报效朝廷；故闽、广咸嘉赖之。若山、陕，则悍卒顽民相煽为乱，其勾连套插陨我官兵、戮我苍赤、破陷我城池，逆恶滔天，不容于死；而当事者犹执抚之一局以养乱纵奸，臣不解也。盖抚之之法，必我之声灵克振，足以制其死命；使彼惮而不敢逞，其抚局始坚。苟不察其顺逆向背，一味退缩、百计央求，是养饥鹰、止儿啼耳；何其懵也！即今神一魁抚矣，未见其讨贼自效如郑芝龙，徒区区假级冒功；臣恐归情之真伪，尚未可知也。况近闻三秦时势，兵以抚而益懈，寇以抚而益骄；倘一旦勾连反侧，祸将更烈。今抚臣业奉”亲历行间“之旨，不于此大展兵威、亟奏荡平，复何待也；至曹、濮之寇盗，抑又有异焉者。以其间皆莲妖余孽，出入不时、聚散不常：官军未至，则跃马鸣镝；官兵一至，则抛戈荷锄，乡邻不敢举、官府莫能辩。故遍地是贼，而终难执真贼是何人；是处皆巢，而终莫定巢穴于何所。良楛共器，玉石难分：此又非抚剿所能除者。臣谓宜速谕山东、河南、北直抚按查〔曹〕、濮周围三百里州县，尽选调廉能甲科，同心分治：务令省刑罚、薄税敛以爱养之，使不忍为盗；严保甲、练乡兵以镇压之，〔使〕不能为盗。仍密访勤捕，取真正渠魁而歼之；则先事消弭之计得，纵有窃发，不难折箠驱之矣’。
〔冬十二月壬申〕，吏科给事中曹履泰上言：‘海寇之乱，自郑芝龙就抚、李魁奇钟斌相继擒灭之后，比来海波不扬，濒海百万生灵得以安居乐业，似可无虞；然正未足恃者。盖之海之有寇，譬如秋林坠叶，旋扫旋有；不可偷一日之安，忘百年之计者。而欲为先事之防，其道有四：一在择将、一在精兵、一在除民害、一在定应援。四事兼备，然后严保甲、清巨窝、禁接济、除向导：种种防御，庶或恃以无恐。苟不此之务，而专以海上事任芝龙办之，此臣不能不为之鳃鳃过计者也。若夫爵赏刑威，乃惩劝大柄。以纳贿酿祸之俞咨皋，不即弃市，尚使之苟延视息；何以严失律之警！熊文灿四年劳苦、一旦廓清，论功自应超擢；而曾无一级之迁，恐无以风励豪杰！臣因为封疆计而并及之’。帝谓‘所陈有裨善后机宜，令议饬行。文灿向曾被参，今特恩委任，足示风励；宜悉心料理，以俟课绩论叙’。
·〔崇祯五年春正月壬戍〕，兵科给事中林正亨以闽寇初安无事，愈当为有事之防；惩前毖后，不可不豫图救弊长计：疏陈裁冗员、定汛地、实营伍、修战舰四事。章下所司酌议。
〔二月辛卯〕，广东巡按梁天奇以流贼钟凌秀突出龙南，而守备刘钟秀官兵损折；又窥入南、韶，而乐昌知县林开馥被掳：开馥虽经放还，种秀匿不以报。乃特参失事将领李廷基、邓懋官及南韶降级道臣瞿士达、韶州知府吴士熙、捕盗通判翁日扬等。
南赣巡抚陆问礼疏奏：‘流贼陈万、钟凌秀、全斌等东奔西突，四出标劫，滋蔓不已。臣曾具”三贼流突靡常“一疏，请三省大举会剿；枢部以军糈不继，其议遂寝，但令臣等设法解御。臣凛遵庙谟，先后擒杀、解散虽已数千，而余孽未尽，迄今尚鸷伏于保昌、崇义之间——山路多歧，处处可犯；分防则兵力愈寡，会剿则东追西窜、南走北奔。臣名一镇，实止南、赣二府；兵仅二万，止足扞御一隅。况当屡次搜括之后，饷匮不继，万不能独支此贼！两广总督王业浩挈提两省之纲，固足调狼、土主客等兵，但亦库藏如洗，难责其徒手剿贼。乞念东南重地，贼势至此，非一劳不能永逸；特敕督臣从长酌议，量留何项钱粮以资兵饷，督发大兵移驻要地，相机协剿。再敕湖广、福建抚臣各发锐兵良将与臣四面夹攻，以早收荡平之效’。帝以其奏与梁天奇矛盾，敕部查核。
癸已，升熊文灿为兵部右侍郎兼右佥都御史，总督两广军务、兼理粮饷、带管盐务，巡抚广东地方。
〔三月甲辰〕，升邹维琏为右佥都御史，巡抚福建。
〔夏四月〕辛未，再叙福建歼除海贼功，熊文灿再加服、俸一级，赉银二十两、纻丝二表里；罗元宾准复原职，吴旸、蔡善继各赠太仆寺卿，徐日久、陆卿任、王猷各赠官一级，申绍芳、朱大典、施邦曜各加俸一级，陈睿谟、桂绍龙、何万化、陆之祺、潘曾纮并赵维鼎等九员各赉银十两，陶崇政等七员准与纪录，董鸣玮优升一级，郑芝龙准实授游击，郑芝虎加实授守备，朱国勋、张永产各纪录，林察等四员各实授把总，黑大方恤银八两。
壬戌，给事中张承诏、傅朝佑、黄绍杰、御史蔡国用、祝徽、黄金贵、李右谠等以贼首钟凌秀虽降，其余烬复叛，于三月乙丑窜入瑞、连诸处，风闻瑞金已破、会昌被围；因合词上言：‘自庾岭而下，一江直达会城；倘不早为备御，则自吉、临以至南、瑞荡然莫为制限，豫省之事有不可知者。乞敕南赣抚臣督率将士，或分旅进剿、或凭险堵截，速图剪除，毋令滋蔓！又因此寇剽悍异常，一隅未能独办；更乞严敕两广、闽、楚督抚仍遵”会剿“明旨协力夹攻，荡巢散党，以必尽为期，勿因离境遽止：斯根株既拔，一劳乃可永逸矣’。
〔五月〕己亥，两广总督王业浩疏奏：‘自二月九连渠贼陈万授首、铜鼓渠贼钟凌秀降服之后，积年渠魁虽除，而余孽未尽。监军副使洪云蒸同总兵邓茂官等尽搜其巢，复斩三千余人，毁其窟穴；游击郑芝龙以福省海寇告急，抚、按掣回，而钟凌秀愿率精锐报效自赎。但九连等处初平，正须防护。福建守备郑芝虎屡立战功，骁勇无敌；今芝龙既回闽海，应留芝虎暂驻平远一路防镇，俟平定班师：则两省交得所赖矣’。章下所司查议。
〔秋七月丙午〕，兵部尚书熊明遇等上言：‘粤寇蹂躏江省，于今一年。昨六月初旬，贼由吉安屠富田镇、入抚州，攻剽乐安，破刘田村、掠崇仁，占据华山，聚党几五千人。近且逼丰城境，望屋而食！所过焚烧，火起如虹蜺，距省仅两日程耳。会城震动，全无一兵，仅得乡兵三千为城守计，无分文之饷可以置械、犒军。旧抚候代，九江按臣东巡未返；仅司道数人捐俸数百金以助军兴，直同杯水之救。而乡市避难者争舟，指几可掬：则江以西之乱，岂下于山之东乎！合省糟粮，俱从抚、赣二江入省城水次会兑；今贼扼其中，不早扑灭，万一梗朝廷一年惟正之供，为患尤非浅小也。此贼尚在九莲，虽出没无时，然环九莲而居者犹习贼不畏，贼所掳获亦不奢；今纵之流突四出，江西大家富室多居乡镇，转掠千里，贼之资用益富，啸聚益蕃。是必操江兵乘风迅以遏其北逸，而闽抚邹维琏调郑芝龙兵一千五百由邵武入建昌、楚抚唐晖调镇筸兵二千由长沙入袁州、赣州兵从水路直下出于贼前，逼其归巢；而后广东之兵殚穴以洗荡之：庶几一劳永逸，而”会剿“之明纶不虚。若贼至一处乃拨兵守一处，及兵至而贼又流掠他处；弹丸之城、千家之村任其渔食，非计之得也。至所需粮饷，昨臣驰讯计臣，欲留新饷四万以纾目下，而计臣仅许三万；合无于臣部四年分应解驿递银再留一万，以足前数：庶三省会剿之兵到，犒劳有资；且可鼓励乡勇，不至以空拳当劲贼耳’。帝谓‘流贼飘忽，往来会剿岂宜复缓！奏内留饷征兵诸事，俱依拟行。督、抚其务刻期驱剿，收荡平之绩。若再稽延宽纵，立罪不宥’！