〔十一月庚午〕，刑科给事中刘斯琜言：‘八闽寇乱，肇自俞咨皋；而借抚修剿，旧抚朱钦相实多苦心，何以有薏苡之疑！朱一冯受事于库藏如洗之日，指臂不灵，姑以病请；何以坐”规避“之条！以身危奉上之抚臣，反代逐贼脱逃之秽弁分过；又宁有为国家任事者乎’？帝责其代辩，不听。
〔丙子〕，浙江巡抚张延登疏海上大陈山之捷。海寇周三老久据大陈山，延登于七月中会师往剿；及是荡平，三老遁入海洋，擒获渠魁林七老等二十四人，以有功将士疏闻。下巡按御史核奏。俞咨皋拟决；免，革世职。
·〔崇祯二年春二月〕癸丑，提问福建巡抚朱一冯疏辩海贼郑芝龙猖獗在先，受事在后；且为逆珰所忌，举劾不行，以致不能立功。章下所司。
〔夏闰四月丙辰朔〕，礼部尚书何如宠等疏言：‘琉球国已故中山王尚宁世子尚丰承袭父爵，已奉册封。但琉球介在海岛，唐、宋以来不通中国；惟我高皇帝威灵遐鬯，始来朝阙下。自后凡新王嗣立，皆请命敕封，遣给事中一员为正使、行人一员副之。从福建造海船，二、三年乃成；所需材料、匠作，糜费物力不赀。供亿装设，一有不备，不可以行：闽甚苦之。在万历中年，廷臣即已建议，谓区区绝岛，不宜轻易遣使臣泛海万里之外；请自以后颁诏于海上，令彼使臣北向稽首拜诏而还。虽未奉旨，而彼时翕然称便。此在物力完足之时犹然，而况今之八闽议兵、议饷，公私交困；乃重以骚动之，似多不便。且今之海上又非太平无事之比，万一不戒于鲸鲵，则伤体辱命，关系实大。乞皇上俯恤民艰，酌行大典；遣官颁诏海上，谕令该国领封：永着为令。万世之便，端在于是’。得旨：‘建封海邦，用示无外。这袭封琉球国王，还遵照累朝典制，遣官册封。一应礼仪事宜，参酌旧例行’。
〔六月甲寅朔〕，遣户科给事中杜三策、行人司副杨抡册封琉球。
〔丁卯〕，户科给事中杜三策疏言：‘臣向遭珰祸，里居四年；鼎镬余生，重见日月。今册封琉球，万里之行将有日矣。在朝诸臣有怜臣摧折已久者、有怜臣子尚幼者，臣义不受人怜也。然有一、二应除事宜，不得不为我皇上陈之。欲航海，必先造船。此船规制长十七丈，阔三丈有奇。曰〈稳，舟代禾〉、曰舵、曰桅，采自闽中；非数百年之木不用，非数万人之力不能运。闻往时船完或二年、或三年，木植、工价与臣等种种供应，费皆不赀。臣等以为欲集事，必须重事权。臣虽远在海澨，犹是皇上耳目臣也。如不应命，许臣不时参奏；庶事权专而工课速，使命不至久稽矣。欲船坚绖，莫如用人。此一船者，臣等之命系焉。应委同知一员、指挥二员专董此事，船完例同过海；彼知身与利害，则所造之船自然坚绖如法。事完之后，一体优擢。至于流寇充斥，所在见告；海上红夷，出没无常。倘海寇突发，该省抚、按发兵护卫；勿以事不相关，视如秦、越’。得旨：‘所奏即与覆行。所司知之’。
·〔崇祯三年春正月丙午〕，福建海贼李魁奇，初与郑芝龙并降；已与芝龙有隙，复去焚掠。既而复从巡抚熊文灿乞降，文灿以闻，帝命相机剿抚；文灿遂一意主抚，以魁奇与芝龙疑衅未解，遣分巡兴泉道蔡善继宣谕魁奇：既一心投诚，务尽偿焚毁船器，以明无他；且令与芝龙推心置腹同为王臣，永释雠怨。芝龙、魁奇遂立军令状，歃血订盟，共扞疆土；以海道之南专责魁奇，海道之北专责芝龙。文灿以闻，帝命慎加操纵，毋得疏玩！
〔二月辛亥朔〕，福建巡抚张三谟以闽人刑部主事黄导爵疏奉有”赵庭贪懦，抚、按何得尽隐“之旨，具本奏辩谓：‘李魁奇既抚复叛，原因与郑芝龙相妒而起。厥后赵庭开谕解散，魁奇渐听约束；虽无灭此朝食之勇，亦足以息目前焚掠之忧。臣前疏已明，固未尝谓赵庭为”勇“。若欲加之以”贪“，无论羽檄交驰，非镇臣攫利之时；而放粮修船册籍炳着，亦无所容其扣克也。至筹海之策，固不出剿、抚、守三事。而臣以为剿必闽、粤、浙三省合力联为首尾率然之势，厚集兵力，刻期夹攻；就当有游兵若干，以为往来救击之用。贼至之日，不得守近而望远，亦不得顾此而弃彼；要在即守行剿，得以逸待劳、以主制客之势，乃为胜算。抚则不过偶用以为缓贼、间贼、解散党与及时修备之计耳。若夫安身立命、置于不败，三者之中当以守陆为上；此非上下文武合为一心、新旧官兵尽归大将节制，骄者降其心、怯者鼓其气、异者商于同，当事者亦何所措手以为地方安堵计哉’！帝报曰：‘赵庭情事，已闻之矣。闽海御寇既以守陆为上，其即严敕将吏协心剿抚，以安地方’。
〔戊辰〕，福建巡抚熊文灿报援兵二千、火炮一百二十具，令掌印都司蔡时春于正月十五日督领入卫。帝以文灿选兵解炮，嘉其急公；且谓福省正在御寇，命加意绸缪，勿致单虚滋患。
〔丙子〕，两广总督王尊德疏报：‘闽贼李魁奇阳言就抚，而聚兵造船，肆毒无已；由闽及粤，其祸蔓延。福建抚夷守备郑芝龙亲督标兵并新抚船只在中左港合攻，魁奇就擒，其党斩溺无算：海氛肃清’。
〔三月癸卯〕，兵科都给事中张顺云驳正万历四十五年五月中倭船漂泊福建东沙，生擒真倭六十七名、斩首二级功次：‘查系飓风漂来，与入寇者有间；失船被获，又与对阵者不同。忆万历三十六年先臣万邦孚总兵福建，有倭船失风被获，抚、按欲戮之报功，邦孚以风汛所飘，且船无兵械，非寇盗之比，坚执不从；尽释所获三十五人，资给遣还，以怀异域：闽人至今颂其仁。福省前事不远，兵部疏覆东沙之绩，乃为旧抚请赠、请荫。赠或典例所宜，荫则未可轻与。其道府将领量行赏赉，以劝海防，应如部覆’。帝以倭功久未勘奏，今经科臣查核既非入寇、对阵，何必论叙；所请概不允行。
〔夏六月壬戌〕，刑部浙江司主事黄道爵以福抚熊文灿”为赵庭辨明“一疏有云：”赵庭督率官兵收服降众“，若以为有功而无罪者；兵部奉旨确核。道爵因备列其贪懦各款以闻。帝以赵庭贪懦情状俱有证据，是否公确？兵部其从公勘明回奏。
〔秋九月己亥〕，浙江巡抚陆完学疏报闽寇五百余艘自福建屏风外洋突犯温区，调发援兵大小战舰合剿；贼见官兵势盛，不敢深入，遂于七月二十五日远遁。帝命陆完学严督道将防剿，不得以暂驱出洋了事。
〔冬十一月癸卯〕，兵科给事中黄绍杰疏奏：‘秦、晋之寇，饥民与饥兵相半。当悯其不得已之情，招而怀之；更量免催科，以收人心。而关门近日捷报，不过斩获数级以为塞责之计。闽抚熊文灿因郑芝龙之计，密戮李魁奇，贪为己功；徒使家丁骚扰，暮夜攫金，致地方有”城门昼闭、私门夜开“之谣：甚非皇上久任责人之意也’。帝谓‘流贼协图剿抚，关、宁勿狃小捷；已有成命。熊文灿事，所司其确核以闻’。
〔甲辰〕，福建巡按罗元宾疏奏：‘钟斌就抚之后，以郑芝龙势不相下，惧其见袭，复行狂逞；谨联络各澳并寨游兵分为数师，前后左右掎角声援，多方以误之。又以陆兵、乡夫紧守要害，设疑布伏以防冲突。且绝其汲道，不十日而饮食穷、火器尽，庶几困兽釜鱼可就而缚也’。帝谓‘剿抚原宜互用，宁可水陆均受其害？熊文灿其速计辑宁，毋专恃抚贻患’！