·〔万历四十一年二月丁未〕，巡抚福建右佥都御史丁继嗣疏陈防海七事：’一、择用水将。副、参、游击等官员缺，必查其曾历海上或长海滨，方与填补。有人地相宜者，不妨就近迁转，久任责成。一、督造战舰。冬汛毕日，各预先团造，以备春汛之用；春汛后，均再修造，以备轮流兑换之用。道臣不时至厂，一一验视；果系坚固，委官即与荐举纪录，以酬其劳。一、调守要区。松山系自浙入福之门户，防御尤宜加严。嘉、隆间，倭奴入犯，曾拨船兵一哨于山；久而舟师罕至，虑有海寇乘间而起。宜挑选精兵汛守此山，贼不能飞渡。一、移防险塞。三江口系闽中要地，而刘澳去三江不远；一厄此澳，则三江之扞卫益严、兴化之门庭益固。一、改设客兵。海澄界在漳、泉往来通番之地，往往有岛夷巨寇窃发于此。旧设团练机兵皆系土着，而豪右因有挂名糜饷者。宜改土易浙——而浙饷故厚，宜以浙之饷例给之，宁减勿增饷；分水陆三哨，水又分为四舟，募惯海者充之：饷不议加而兵有实用。一、团造药器。器械与火药虽岁岁造作，然器械多以白铁抵铜、火药多以沙土搭入；临时取用，百不当一。宜专委都司一员日坐局中，逐项简察，道、府官仍不时亲诣勘验；必求精致，以图实用。一、建复土堡。泉州安溪等处居民，自筑土堡营垒坚固；无事可以储蓄，有警可以藏避。宜檄行各县晓谕军民，多置土堡。倘有外侮，彼此相援：真闽海久长之计也‘。下部——议可，悉允行之。
〔六月庚戌〕，总督两广兵部左侍郎张鸣冈言：’粤与闽、浙同一防倭也，而浙未尝与夷市、闽市有往无来，彼了海上双凫乱飞，皆湾弧向之，无敢闯入；乃粤则与诸夷互市，而“谢绝”之难。市则夹带，倭、夷杂处；而“辨别”之难。澳夷盘据内地，近且匿养倭奴以为牙爪；则“驱逐”之难。闽、广奸人窜入澳中，搬唆教诱；则“堤防”之难。至近日白艚盛行：在闽者以贩米为名，拒之则病邻，而不拒则交通百出；在粤者以贸易为名，禁之则阻绝生理，而不禁则通澳、通倭——弊不胜究、法不胜设。然为地方弭隐忧，则必严禁曲防，毋姑息养乱之为得也‘。章下所司——覆议，从之。
〔十月乙酉朔〕，浙江嘉兴县民陈仰川、杭州萧府、杨志学等百余人潜通日本贸易财利，为刘河总练杨国江所获；巡按直隶御史薛贞核状以闻，因请申饬越贩之禁：’一、巨海风浪，惟双桅沙船可恃无恐。自嘉靖年被倭后，严禁寸板不许下海；后因盐课失额，稍容滨灶小船樵捕补课。今直隶、浙江势豪之家私造双桅沙船伺风越贩，宜尽数查出，不许违禁出海；则通倭无具，私贩者无所施其计矣。一、江南与浙之定海、楚门、石塘、石浦、马墓等处、江北之通州、如皋、泰州、海门等处互相往来，是在一体禁戢，使浙江之船不得越定海而抵直隶、江北之船不得越江北而走浙江，则通倭无路而邻国不至为壑矣‘。下部议可，从之。
·〔万历四十二年五月辛酉〕，先是，朝鲜国王李珲报称：’马岛倭，年来仍乞通市，屡要添舡。倚挟日本，藉称关白遣臣要到王京亲纳礼物，受赏开市；间以琉球被灭、萨摩兵强夸诩，显示陵逼之意‘。兵部覆奏；上谕：’该国君臣，着加意振刷，预备战守。沿海地方，便申饬督、抚等官倍加防御，严禁交通；毋得因循贻患‘！
壬戌，福建税监高采播恶无忌，私造通倭双柁海舡，置办贸倭货物数十万金，一切价值分毫不与；小民赔累，怨愤激变。采怒，麾兵持刀乱砍，杀伤多命；举放火箭，烧毁民房；突入巡抚衙门，露刃胁制；复劫道、府、都司等官，质于署中：凶悖猖狂。抚按袁一骥、徐鉴疏闻，大学士叶向高、方从哲及给事中姚永济、郭尚宾先后参论，不报。
〔十一月辛酉〕，时朝鲜（又）奏解胡敬等四十二名航海遭风，漂流属国。兵部覆议：’下海之罪，已无所逃；作奸之情，未见的据。应解发该省军门严加根究，以儆诈伪‘。诏如议行。
〔丙寅〕，兵部题覆：’麦园头之失事也，贼不过海外失风、偶尔飘至，非必蓄意犯顺者——而兵怯将懦，初至昌国，而刘炳文匿不报矣；继越台海近温区，而参将王元周、游击王明翼、陈梦斗若罔闻知矣；继抵麦园头，而张惟智且率兵陈耀、林云、董期等乘舟而遯，陈师武又坐不救矣。问谁统张惟智？则刘铠也；谁守虾饭湾？则陈希道也；谁当御之于水而不令纵之于陆？则安光世也。先该浙江抚、按高举等题参，本部覆奉钦依，行令按臣勘问。今据勘问明白，除刘炳文已经参题降用外，合将陈耀、林云俱以临阵先逃应斩，刘铠、安光世、陈希道应戍，王元周等以下永锢、杖赎有差；仍着为令，以重侦探之法‘。依拟。
〔十二月〕乙未，总督两广军务巡抚广东地方兵部右侍郎兼右佥都御史张鸣冈疏言：’粤东之有澳夷，犹疽之在背也；澳之有倭奴，犹虎之傅翼也。万历三十三年私筑墙垣，官兵诘问，辄被倭抗杀，竟莫谁何！今此倭不下百余名，兼之畜养年深，业有妻子、庐舍；一旦搜逐，倘有反戈相向，岂无他虞！乃今不亡一矢，逐名取船押送出境；数十年澳中之患不崇朝而袪除，皆我国家灵长之福、皇上赫濯之威坐而致之耳。惟倭奴去矣，而澳夷尚留。议者有谓必尽驱逐，须大兵临之，以弭外忧；有谓濠境内地不容盘据，照旧移出浪白外洋就船贸易，以消内患。据称濠境地在香山，官兵环海而守；彼日食所需，咸仰给于我。一怀异志，我即断其咽喉；无事血刃，自可制其死命。若临以大兵，衅不□开。即使移出浪白，而瀚海茫茫渺无涯涘，船无定处；番船往来何从盘诘、奸徒接济何从堵截？勾倭酿衅，莫能问矣！何如加意申饬，明禁内不许一奸阑出、外不许一倭阑入；毋生事、毋弛防，亦可保无他虞。若以为非我族类，终为祸阶；不贵夷人不挺而去之，无使滋蔓：此在庙廊之上断而行之‘。……旨：’俱下部议‘。
·〔万历四十三年三月〕乙卯，福建巡抚袁一骥奏：’琉球违四十年题准“十年一贡”之限，既以四十一年修贡，复于去冬十一月遣贡使蔡坚等来。其所进硫磺、马匹，已经多官验详无弊；且云航海波涛，情甚可悯！但臣敬遵成命，勒令归国；又行司道量为周恤，以仰体朝廷柔远之仁‘。
〔丙辰〕，时有漂海人丁韩江等九十四名自朝鲜解还者，迨入关而逃亡六十五名。兵部议：’脱逃虽由解役陈一本之懈玩，然以九十余犯而都司李国楹止以二役押解，疏可知矣。请将韩江等二十九名解发浙江巡抚衙门严行审问，是否贩货遭风、有无通倭情弊？作何问拟。脱逃林溪等，行原籍衙门严限缉获正法。其都司李国楹与解役陈一本等，行辽东巡按御史严行查勘究罪‘。
〔十一月〕己亥，刑科给事中姜性自闽差还，疏陈闽事有言：’闽自巡抚金学曾奋三捷以应东师，倭不敢窥；闽独无禁，通倭者实繁。今倭又收琉球矣——琉球归命中国，无岁不来；兹钦限“十年一贡”——贡以十年，则衣物无资，是驱之倭也。说者谓“十年一贡”以守明旨，其他岁宜令市易海上，以示羁縻；贡则许入内地，市则定于小埕地方：此倭患之当议者。闽之有盐转运司久矣；但查闽课二万二千有奇，非若淮、浙、长芦之有五、六十万也。既设一运司矣，又一运同、一运副、一运判，又佐以经历、知事，摩肩接踵，止为此区区课额。昔人谓“省事不如省官”，曷不仿四川及广东事例，改设提举：此转运之当议也‘。
·〔万历四十四年六月〕乙卯，琉球国中山王尚宁遣通事蔡廛来言：迩闻倭寇各岛造战船五百余只，欲协取鸡笼山；恐其流突中国、为害闽海，故特移咨奏报。巡抚福建右副都御史黄承玄以闻，谓’鸡笼逼我东部，距汛地仅数更水程；苦得此，益旁收东番诸山以固其巢穴，然后蹈瑕伺间，惟所欲为：指台、礵以犯福宁，则闽之上游危；越东涌以趋五虎，则闽之门户危；薄彭湖以瞰漳、泉，则闽之内地危。非惟八闽患之，恐两浙未得安枕也。若夫琉球之告，有谓借以相恐喝者，有谓假以温贡道者；又有谓中山不能自专，直狡倭遣以探我虚实者。臣不能逆睹，但乞早为之备耳‘。疏下兵部。
〔八月〕癸亥，福建巡抚黄承玄上海防事宜八款：一、饬寨游以定经制；二、设标游以备策应；三、重要防以杜窥伺；四、修战舰以裕折冲；五、恤水兵以起凋敝；六、严巡督以鼓偷惰；七、广军储以备不虞；八、议征军以收实用。因言’势有当变，不敢慕安静之名以听因循；费有当增，不敢慕节省之名以听苟简。然改设者第裒益于原额多寡之中，不烦另处；即添设者亦通融于本年撙节之内，无事他求：此实事之可行者‘。不报。