·〔万历二十六年十一月癸巳〕，福建巡抚金学曾奏报：’关酋平秀吉死，内难将作；且与小西、行长平素不睦，必自相图。倘水陆交攻，歼此鲸鲵，或其时也。乞敕朝鲜经、督诸臣再加侦实，相机进剿以彰天讨，毋为清正狡谋所疑‘。章下兵部。
·〔万历二十七年二月戊辰〕，设市舶于福建，遣内监高采带管矿务。
·〔万历二十八年六月戊戌，兵部〕（又）题：’浙江巡抚刘元霖报称哨获乌尾异船一只官役华夷一千人，审得千总毛国科蒙游击茅国器差往倭营用间，今有执政家康令倭酋觅船送归及先年被虏人口，并将贼首季州等十一人绑送与科带回正罪。合行福建巡抚查审归结；其被虏民兵，各取原籍亲邻里甲保结收管‘。从之。
〔九月庚戌〕，兵部覆经抚朝鲜邢玠、万世德“倭奴解送华人疏”言：’用间之法，兵家不废；下海之禁，令甲甚严。毛国科自称宣谕，初无文凭；既解至闽，应听审明真伪，酌议功罪。仍如经臣言，备讯海水情形，明白具奏。奸商高光国等航海牟利，宜从重究，以惩生事‘。从之。
〔十二月甲戌〕，兵部题：’会审闽抚所解毛国科吐称：初入倭营，奉经理之檄文；今归本土，斋倭将之书器。或者进兵时经理抚臣奉扬天讨，先礼后兵，振军声以褫倭魄不可知。然所持檄文止一抄白，既无印信可凭，又无年月足据；其言曷敢轻信。惟是倭书之中诱以和平、要以通商，为谋甚狡；除书器进纳外，国科宜仍送经、抚两臣备查真伪，具奏定夺。其沿海省直，移文督、抚严禁奸商阑出，以防窥伺勾引。并咨朝鲜国王堤备釜山一带，母令狡奴复觇，隳天朝恢复之功、贻彼国沦覆之患‘。允之。
·〔万历二十九年七月庚戌〕，以勘明闽海擒倭功次，命巡抚金学曾及时起用、张鼎思等赏银有差。
〔十一月己酉〕，命兵科给事中洪瞻祖、行人王士桢册封琉球国王。先是，琉球国王尚永薨，世子尚宁奏请袭爵；乃援据“会典”，请以文臣册封，上既许之矣。浙江巡抚刘元霖报获夷船，称系琉球差探封贡声信者，其中杂真倭数人，衣笠、刀仗皆系倭物；会同馆译问长史蔡奎，奎不能辨也。礼部言：’海上声息，未知有无。册使之遣，关国体甚重；行止迟速，一惟圣裁‘！上以既遣二臣、又以盘获夷船声息未定，待该国质审回奏、海上宁息，方命渡海行礼。
十二月甲子朔，朝鲜国王李昖奏：对马岛倭求款。先是，朝鲜人俞进得等自日本脱归，言倭酋平秀吉将死，令其将家康领东北三十三州、辉元领西南三十三州，协辅其幼子秀赖。倭将景胜据关东以叛，家康悉兵往击景胜；辉元与行长等诸将入大坂城，合力拒家康。家康攻破辉元，尽诛行长等诸将。倭国内乱，对马岛主平义智及其将平调信悉遣降人还朝鲜，遗书乞和，且阳言家康将运粮十八万石为军兴费以胁朝鲜。朝鲜与对马岛一水相望，对马岛地并山冈不产五谷，资食米于朝鲜；兵兴后绝开市，百计胁款。秀吉死，我师尽撤；朝鲜畏倭滋甚，其与倭通款久矣；又惧以通倭开罪为我也，使陪臣来请命。兵部言：’倭与朝鲜款事，未可悬断。总督万世德熟知倭情、职在经略，宜令酌议以闻‘。从之。
·〔万历三十年三月癸酉〕，倭奴之两遣橘智正胁款于朝鲜也，总督万世德有“不过对马一岛寻盟请成，非关日本复仇雪耻”之议。兵科给事中孙善继驳之，言’此实畴昔之故智，固不可以区区一岛之倭而易视者。设中国以此缓朝鲜，朝鲜复以此自缓，恐互相推诿、坐失事机，其究必至于两误。宜责成该国自谋自强，勿得藉口请裁，往返渎奏！至今沿海地方——天津以至闽、广绵亘万有余里，彼何处不可犯，我何一之可恃？所应先事戒备以外警门庭、内护堂奥‘。兵部覆议：’在朝鲜，惟当计讲款之可、不可，而不当计中国之许、不许；在中国，惟当问防海之备、不备，而不当问朝鲜之款、不款。请移文沿海各省直抚、镇、司、道等官时时训练兵船、修缮险隘、整顿器械、兴复屯饷及邻近防汛地，无事则会哨分防、有事则合〈舟宗〉协剿，仍仿各边甄别之法，每遇两汛完日听抚、按分别举刺，以凭黜陟；及行经略衙门转行朝鲜国王鼓舞将吏誓守封疆，毋得自诿积衰，徒长戎心‘。诏嘉纳之。
〔四月癸卯〕，倭国王清正将被虏人王寅兴等八十七名，授以船只、资以米豆并倭书二封与通事王天佑送还中国。天佑，原莆田人；少而被虏，久住倭国，取妻生子女二人，原无归国之意。来书复类华字迹，果否出自清正，皆不可晓。福建巡抚以其事闻，下兵部——覆议：’闽海首当日本之冲，而奸宄时构内讧之衅；自朝鲜发难挫衄而归，图逞之志未尝一日忘。今迹近恭顺，而其情实难凭信；与其过而信之，宁过而防之。除通事王天佑行该省抚按径自处分、王寅兴等听发原籍安插及将倭书送内阁兵科备照外，请移文福建巡抚衙门亟整搠舟师，保固内地；仍严督将士侦探，不容疏懈‘。上然之。
〔六月戊申〕，倭送回被虏卢朝宗等五十二名并缚南贼王仁等四名，福建抚、按以闻。下兵部——覆议：’岛夷送回被虏至再，今且解南贼四名，迹似恭顺矣。但夷性最狡，往往以与为取；则今日之通款，安知非曩日之狡谋！委当加意堤备，以防叵测。除卢朝宗等发回原籍安插外，请将王仁等即行处决，仍申饬将吏训练兵船，严防内地；密差的当员役，远为侦探。诸凡海防、兵食等项，悉心计处，期保万全，毋致误事‘。报可。
〔七月〕丙戌，左都御史温纯言：’年来部臣、言官以及抚、按力陈榷采之患。……鲁登科、余元俊有“悬空张网进五十万”之奏，阎应隆、张嶷有“航海贸易进金十万、银三十万”之奏。此其言真如戏剧博笑，以皇上之天聪天明，亦信以为庶几可望。……至于阎应隆、张嶷之奏，尤为悖谬不道。臣等闻海澄市舶抽税，高采巳每岁得银三万，决不遗余力而让利。窃料机易山虽在海外，决无金银成斛遍地，任人淘取之理！又料税珰恶弁参随诸奸之威能行于中国，决不能行于外夷。安所得金十万、银三十万以报皇上，其意不过假借明旨大弛通番之厉禁。硝磺、生铁、军器、船只犯禁愈重、取利愈饶者，满载扬帆，任其所往；从此漏泄军机、勾引诸国，其患宁止吓诈公私、骚扰海澄一邑巳哉！昔年倭变，正缘奸民下海私通、大姓设计勒价，以致倭奴怨偾，称兵焚劫；今以皇上之命行之，祸当更速。及至兵连祸结，彼张嶷诸奸不过曾一本、林道干、徐明山、汪直之续耳；负岛列寨，称王犯顺，近可以规重利，后不失为尉佗：于诸亡命之计得矣，如国势何！伏望皇上留神深思，将……阎应隆、张嶷敕锦衣卫拏送臣等法司正罪，宗社幸甚‘！不报。是时武弁及市井奸人莫不纷纷言利，……阎应隆奏：“福建海澄县机易山上产金银，备船往淘，每岁可献金十万两、银三十万两”……科臣姚文蔚等、道臣金忠士、史学迁、汤兆京、温如璋、朱吾弼等各随事交章极言其酿祸害民；疏虽留中，然上未赏不容其切直也。