〔四月戊寅〕，广东琼州贼李茂、陈德乐等与林凤各据海岛肆行劫掠，林凤不知所往，茂等阳就招抚，尚拥众据住海南铺前，其党屡盗珠池；有司计散之，留者买田归农。茂自投督府，宥罪；久之，为盗如故。所司收其船、器，拆毁庐舍，移居府城，终弗悛也；因捕治之。参将陈居仁、杨友桂各利其资，纵去；贼党扬帆入海，袭破清澜城，又犯万州、陵水，毁民居及兵船、商舶。总督刘继文先后以闻，兵科都给事中张希皋□友桂可罪者四、贼势可虑者四；俱下兵部。
丙申，福建巡抚周采言：‘漳州沿海居民往贩各番，大者勾引倭夷窥伺沿海，小者导引各番劫掠商船。今列为二款：一、定限船之法。查海禁原议给引五十张为率，每国限船二、三只。今照原禁，势所不能；宜为定限。如东洋吕宋一国水路稍近，今酌量以十六只；其余大率准此。以后商贩告票造船应往某国者，海防官查明数外，不准打造。一、薄税银之征。商饷规则，每货值一两者税银二分，又西洋船阔一尺税银六两、东洋船阔一尺税银四两二钱；既税其货，又税其船，无乃苛乎！除船税照旧，其货物以见在时价裒益剂量’。兵部覆：东、西二洋各限船四十四只。
·〔万历十九年闰三月丁卯〕，福建所属建安、瓯宁、政和、浦城诸铁鑪，旧已禁开。其宝丰、遂应二银坑邻近有支提寺，奸宄易藏；僧大迁等称奉赐藏经，将铜物、旗仗等件贮住。又海上有番僧欲效香山故事，乞内地建寺。抚臣赵参鲁请将支提寺僧移入省城寺中，并申矿禁。其海上勾番者分别首从，照私通日本禁例重治；贩广商船，许至高州。部覆，从之。
〔七月〕癸未，大学士许国等题：‘昨得浙江、福建抚臣共报，日本倭奴招诱琉球入犯。盖缘顷年达虏猖獗于北、番戎蠢动于西、缅夷侵扰于南，未经大创；以致岛寇生心，乘间窃发。中外小臣争务攻击，始焉以卑凌尊，继焉以外制内；大臣纷纷求去，谁敢为国家任事者。伏乞大奋干刚，申谕诸臣各修职业，毋恣胸臆’。上谕六部、都察院曰：‘祖宗设官分职，使之上下相统、内外相维，体式俱存，纪纲攸系；是以官守、言责各有司存，岂容紊乱！近年以来，人各有心，众思为政；或以卑凌尊、或以新间旧，或以僚属而〈哭，言代犬〉官长、或以外吏而排阁臣：以致国是纷纷，朝纲陵替。大臣解体，争欲乞身；国无其人，谁与共理！内治不举，外患渐生；四夷交侵，职此之故。但有干名犯分、抵冒诬蔑肆无忌惮者，宪典昭然，定不轻贷。仍行与南直隶、浙江、福建、滇、广镇守督抚等衙门预讲调度兵食之计，申严备御海汛之方。钦哉！故谕’。
〔八月甲午〕，福建巡抚赵参鲁奏称：‘琉球贡使预报倭警，法当御之于水，勿使登岸；奸徒勾引，法当防之于内，勿使乘间。岁解济边银两，乞为存留；推补水寨将领，宜为慎选。至于增战舰、募水军、齐式廓、添陆营，皆为制胜之机，足为先事之备’。部覆，从之。
〔乙已〕，福建沿海船只水陆主客官兵，向以承平减设。至于倭报洊至，抚臣赵参鲁请于五寨共添福、乌船四十只，海坛游增福船一只、鸟船四只，浯铜游增福船二只、乌船四只：共用船价银五千九百余两；应增器械、火药，约用三千余两。北、中二路共增浙兵三营共一千九百名有零，岁增饷二万四千七百余两。其银宜留解边钱粮支用‘。部覆，从之。
〔九月癸亥朔〕，给事中胡汝宁题称：’倭夷与浙直、闽广相对，乘风扬帆，数日即至。宜选求名将、多增战船、广募水兵及梭枪、榔筅、火器等项制造演习‘。部覆，从之。
〔十一月丙寅〕，朝鲜国国王李昖具报：’本年五月内，有倭人僧俗相杂称：关白平秀吉并吞六十余州，琉球、南蛮皆服。明年三月间，要来侵犯；必许和方解‘。有旨：’着兵部申饬沿海堤防。该国侦报，具见忠顺；加赏以示激劝‘。
·〔万历二十一年六月庚子〕，以蓟辽、保定、山东等处防海御倭副总兵署部督佥事陈璘协守潮、漳等处。
〔七月乙亥〕，巡按福建陈子贞题：’闽省土窄人稠，五谷稀少。故边海之民，皆以船为家、以海为田，以贩番为命。向来未通番而地方多事，迩来既通番而内外乂：明效彰彰耳目。一旦禁之，则利源阻塞，生计萧条；情困计穷，势必啸聚。况压冬者不得回，日切故乡之想；佣贩者不得去，徒兴望洋之悲！万一乘风揭竿，扬帆海外，无从追捕；死党一成，勾连入寇，孔子所谓“谋动干戈，不在颛臾”也。今据布按二司、右布政使管大勋等及总兵官朱先等勘议前来，相应于东、西二洋照旧通市，而日本仍禁如初，严其限引、验其货物；一有夹带哨黄等项，必加显戮。彼商民固有父母、妻子、坟墓之思者，方以生理为快；又何敢接济勾引，自蹈不赦哉！且洋船往来、习闻动静，可为吾侦探之助；舳舻柁梢、风涛惯熟，可供吾调遣之役。额饷二万，计岁取盈，又可充吾军实之需：是其利不独在民，而且在官也‘。下所司议。
·〔万历二十二年五月癸未〕，先是，尚书石星遣指挥史世用等往日本侦探倭情，世用与同安海商许豫偕往。逾年，豫始归报福建巡抚许孚远；豫之伙商张一学、张一治亦随续报，互有异同。孚远备述以闻，因请敕谕日本诸酋长擒斩秀吉，朝廷不封凶逆而封能除凶逆者。又云“莫妙于用间、莫急于备御、莫重于征剿”。疏下兵部。
〔十月丁未〕，福建巡抚许孚远奏：吕宋酋长之子讼我奸民之隶其部而袭杀其父、夺其宝逃者。兵部覆议：’将获犯正法，厚遣酋使，以坚内向之心，且藉侦日本夷情‘。诏可。
·〔万历二十三年四月〕丁卯，福建巡抚许孚远奏：’福州海坛山开垦成熟田地八万三千八百有奇，量则起税，民已输服。兹山密迩镇东，为闽省藩篱；既成屯聚，必资城守。其造城、建营、建署等费逐一确估，不过六千七百两有奇；即以本山税银三年充之，可不劳而办。城郭、营房既完，海坛游兵便可常聚，则屹然一雄镇。又有南日山，仅比海坛三分之一；俟查明另议。至彭湖遥峙海中，为诸夷必经之地；若于此处筑城置营、且耕且守，断诸夷之往来，据海洋之要害，尤为胜算。但此地去内地稍远，未易轻议‘。因言“浙中沿海诸山若陈钱、金塘、玉环、南麂等处，俱可经理”。疏入，户部覆请听其便宜施行；且请移文浙江抚、按查陈钱等处照海坛设法开垦。诏曰：’可‘。
〔六月丁卯〕，初，福建所遣侦探日本刘可贤受关白财物，又私带夷僧入境。按臣周维翰以可贤既邀重货，必有轻纳；日本既捐大利，必有厚望。恐因而启衅，因请申饬沿海一带练兵厉械以防未然。兵都覆奏，诏今后沿海地方只宜修整防御，毋得擅遣侦探以生事端。
·〔万历二十五年七月〕乙巳，福建巡按金学曾条上防海四事。一、守要害；谓’倭自浙犯闽，必自陈钱，南麂分〈舟宗〉。台、礵二山乃门户重地，已令北路参将统舟师守之。惟彭湖去泉州程仅一日，绵亘延袤，恐为倭据；议以南路游击汛期往守‘。一、议节制；谓’福建总兵原驻镇东，但倭奴之来皆乘东北风，福宁、福州乃其先犯，镇东反居下游；欲将总兵于有警时移札定海，以便水陆堵截‘。一、设应援；’造大小战舡四十只、募兵三千名，遇急分投应援‘。一、明赏罚。部覆，允行。
〔十一月〕庚戌，福建漳、泉滨海，人藉贩洋为生。前抚涂泽民议开番舡，许其告给文引于东、西诸番贸易，惟日本不许私赴。其商贩规则，勘报保结，则由里邻；置引印簿，则由道、府；督察私通，则责之海防；抽税盘验，则属之委官。至是，法久渐敝；抚、按金学曾等条议：一、定舡式。一、禁私越。一、议委官：岁委府佐一员驻札海澄专管榷税，海防同知不必兼摄。一、议引数：东西洋引及鸡笼、淡水、占城、高址州等处共引一百十七张，请再增二十张发该道收贮；引内国道东西听各商填注，毋容猾骨高下其手。一、禁需求。部覆，允行。