〔十月丙寅〕（？），加授福建总兵胡守仁都督佥事；以督闽兵过广追剿海贼有功，故首叙之。
〔十二月乙亥〕，先是，逋寇林凤率党回潮，先犯潮州之海门港踏头埔，继犯惠之碣石东海〈氵窖〉。时闽帅胡守仁统师追剿，而广兵之在海丰诸处者亦有擒捕；贼见两省舟师盛集，潮州道参政金浙又推诚谕抚，遂分〈舟宗〉散泊，束身待招。凤知众心已散、己罪不赦，掣舡夜遯；抚散过马志善、李成等一千七百十二名，收回被虏男妇六百八十八名口，舡只、器械、火药称是：御史詹贞吉勘报以闻。兵部覆：‘一剿一抚，其功则一；闽功近巳升赏，广功委不宜迟。其言修我武备以听凤酋、尽我抚绥以化余党，尤为善后确论。侍郎凌云翼除盗安民，厥功懋矣；金浙抚散多贼，心力亦殚：虽经升任，仍应与总副道府等官张元勋、赵可怀、晏继芳、何子明、刘经纬、夏道南、侯继高、孙光祖、徐汝阳、萧遍、李畿嗣、杨寅秋等同论。其失事偏将蒋柏清，当重罚示惩’。上赐云翼银三十两、纻丝二表里，浙等以下各二十两，子明等以下各十五两，遍等以下各十两；蒋柏清夺俸半年。
·〔万历六年二月壬辰〕，巡按福建御史商为正奏称：‘本省滨海，密迩岛夷。顷倭寇窃发，尚募他省之人以充战守；况各军生长于斯，熟知地理、惯事舟楫，选之以当水寨之役，较召募实为便益’。部覆如议。
〔九月己未〕，兵科都给事中光懋题：‘海贼林道干驾船泊潮阳河渡门港，令贼徒具状告报——及被虏逃回之人称虏去于万历六年打暹罗国乌椎船不胜，贼众杀死甚多，被番赶逐，乏银乏人，议复回河渡门旧巢取原埋银物，议要打劫海门各所；候东风一转，即欲驾回外夷。夫此贼之计亦狡矣，假投降以缓我师，得以从容旧巢；欲招安而不肆劫掠，得以潜迹观衅。诚恐当事诸臣急于靖乱，甘受投降之计；而堕彼术中，贻祸匪细。乞敕兵部马上星驰转行总督等官殚纾筹算，克期会兵；务出万全之计，以收一鼓之功。待渠魁授首，然后徐从议抚，散其余党以靖地方’。部覆如议。
壬戌，定海洋擒斩倭功。不拘外洋、登岸，贼至五百名之外、船至十只以上为一等；所获真倭、从贼一名颗升署职一级，二名颗升实职一级，获汉人胁从贼三名颗升署职一级。贼至三百名之外、船至五只以上为二等；所获真倭、从贼及汉人胁从贼，各以名颗多寡，上下其赏。或败后散遯、零星擒斩者，各赏有差：着为定例遵行。
〔十一月〕辛亥，兵部题：‘国初，于闽、广、两浙设三市舶，不徒督理贡事，亦以牵制市权；意固深远。寻以浙江多故，旋设旋罢；惟闽、广二舶尚存。而广南番船直达省下，禁令易行。福建市舶专隶福州，惟琉球入贡一关白之；而航海商贩尽由漳、泉，止于道、府告给引文为据。此皆沿海居民富者出资、贫者出力，懋迁居利；积久弊滋，绿为奸盗者已非一日。今总督凌云翼议将下番船舶一一由海道挂号，验其丈尺，审其货物。当出海、回籍之候，俱欲照数盘验，不许夹带违禁货物。巡抚福建刘忠问一谓漳州澳船须令赴官告给船由丈引，并将货物登记。二谓泉、漳商船无可辨查，要行该有司将大小船只编列字号，每船十只立一甲长，给文为验。三谓沿海居民间有通贼接济，宜立保甲，互相稽察。如一家接济，则九家报官；敢有容隐，则九家连坐，其甲保长另行重处。四谓南日山寨新移吉了巡司之旁，道里不均，应接不及；须移置平海卫南哨澳地方，以便策应。臣窃谓近日剧贼林道干、林凤等逋逃岛外，尚漏天诛；更有黠猾豪富托名服贾，勾通引诱，假造引文、收买禁物，藉寇兵而齎盗粮、为乡导而听贼用，诚有如督、抚二臣所言者。伏乞敕下闽、广该地方官查照前议，斟酌施行’。得旨：‘海禁事宜，着该省抚、按官会议停当具奏’。
·〔万历七年九月丙寅〕，总督两广侍郎刘尧诲会同巡按御史龚懋贤条陈：一、禁遏通番，以徒私交之党；一、查编海船，以诘接济之奸；一、稽查保甲，以清接济之源；一、察验商船，以防混迹之患四事。巡抚福建都御史耿定向会同巡按御史敖鲲谷条议：一、清查船只，稽察货物；一、编刻船号，照对文引；一、稽核保甲，禁缉接济；一、商船分番出海，量留防守；一、漳、潮互相关会，稽察船只五事。部覆均为闽、广沿海要务，从之。
·〔万历八年闰四月壬子〕，海贼林道干者，窃据海岛中出没为患，将士不能穷追；而大泥、暹罗，为之窟穴。既而逼胁大泥、侵暴暹罗，有通事言彼国愿往擒自效；总督两广刘尧诲议重立赏格，期于必获。部覆为请，上从之。
〔五月己卯〕，闽、浙、广三省，多倭奴出没海上；虽时有斩获，而浙之南麂诸洋与广之抱虎诸处尚有屯泊者。因饬两广总督刘尧诲、浙江福建巡抚吴善言、耿定向各严督将领防剿之。
〔八月壬戌〕，柬埔寨酋郑青捕逆贼杨四并金书牙蜡来献——四，逋贼林道干党也。先是，福建巡抚耿定向谍知干奔暹罗，谕寨酋计擒之。酋见谕，因执四并归原兵陈廷采等乞通贡于内。部臣谓“俟获道干后再议”，上是之。
·〔万历十年七月乙亥〕，先是三月二十一日，倭寇温州，副将陈涧、参将沉思学率兵击走之；夺其二船，生擒倭贼四十七名，斩首五颗，焚溺死者不可胜计。至是，巡抚张佳胤以闻；且议有功文武各官及阵亡军丁纪录恤赏。部覆，从之。
〔八月戊申〕，兵部覆福建巡抚劳堪题：‘倭寇一自北洋、一自广海突入，意在窥犯兴化、漳南地方；又有伙船出没东涌、彭湖，欲图联势劫掠，实系内地奸徒勾引。各官兵奋勇扑灭，两战皆胜；共擒斩倭贼三十余人，争回被虏男妇六十余人。乞将效劳被伤官军分别赏恤及将倭贼枭示’。从之。
〔十一月丁已〕，先是，广东数苦倭，而蛋贼梁本豪后聚众挟倭焚剽郡邑，流毒已久。总督尚书陈瑞击破之，斩本豪；后先擒斩倭贼一千六百有奇，犁沈倭船、蛋艇二百余只，歼余孽殆尽——而建州逆杲遗子阿台勾连北虏抢掠孤山，阴图大逞；总督吴兑檄镇、巡提兵袭击，俘斩一千八百余人并歼名王十六，获达马几五百。露布先后至，上喜，命同日宣捷。
·〔万历十二年正月己丑〕，福建巡按御史龚一清查核过南澳、铜山功：官兵冲沈倭舡四只，生擒倭贼二十八名、斩首十二级，夺被虏者六十余名；文武官于嵩等优叙、奖赏有差。
·〔万历十三年三月丁丑〕，录福建十二年春汛斩获功，赉海坛山名色把总黄道、分守参政顾褒、南日山水寨把总白斯清等银两有差。是役也，获生倭深酉梦等十有九人。
·〔万历十四年二月乙酉〕，录广东南头、碣石二寨擒斩海洋倭贼功，赏总督吴文华等银、币有差。
·〔万历十七年二月丁未〕，先是，有倭船三突至浙江外洋，官兵亟击之，沈其船，斩首四十八级，生擒者六。巡抚滕伯轮以闻，行巡按勘报；伯轮已故，赠兵部左侍郎，将士赏赉有差。