〔七月〕甲午，广东巡按御史杨标言：‘海贼曾一本虽已会师夹剿，而他寇尚多；如林道干最号黠狡，及林容、程老、王老等皆四出卤掠。宜乘胜荡平，勿贻将来之患’。兵部覆如标言，上然之。
〔八月丙午〕，福建巡按御史勘报澳头等处失事状，福宁卫后所副千户刘应谦以城陷论斩，指挥杨涌等降、罚有差。
〔癸丑〕，录平闽、广巨寇曾一本功，升总督两广、福建军务右都御史刘焘为左都御史，巡抚福建右佥都御史涂泽民、巡抚广东右佥都御史熊桴俱右副都御史，荫一子入监读书，督、抚如故；广西总兵都督同知俞大猷为右都督，福建总兵都督佥事李锡、广东总兵都督佥事郭成俱署都督同知，原任参将王诏实职三级，副使柴涞、广东海道佥事杨芷、监军副使江一麟各一级，及福建三司、府州县官陈典等二十三人各赏银、币有差。死事把总胡世、赵纪、哨总王宗瀛等各赠官，立祠享祀，仍升其子官二级。军士死创者，人给银伍两。命纪功御史王宗载、参赞主事王俸还京；仍赐兵部尚书霍冀银三十两、纻丝二表里，侍郎曹邦辅、曹亨银十五两、一表里，职方司郎中孙应元十两。先是，一本劫掠闽、广间，势益猖獗；上命焘兼兵部右侍郎往督三省师，又调大猷率兵会闽、广夹剿。六月，大猷及锡先与贼遇于柘林澳，三战皆捷，俘斩甚众；贼遯入马耳澳，整众复战。会成及诏率广东兵至，次莱芜澳，分三哨进攻。一本势穷，自驾大舡战益力；成等复败之，遂焚其舟，贼多赴水死。诏生擒一本及其妻郑氏并族党尾叔等，斩首五百余级；贼平。督、抚官以捷闻，兵部以闽、广诸将相为掎角，功当并叙；故有是命。一本寻死，仍磔其尸，并尾叔等枭首以徇。
〔十二月庚子〕，以广东潮州府擒剿林樟等巢贼首郭明等功，赏总兵郭成、兵备佥事杨芷、监军副使江一麟等银两有差。初，潮、揭、浦、惠诸县山贼依险为巢者以百数，郭明据林樟巢、胡一化据北山洋、陈一义据马湖寨，声势相倚；屠戮劫虏，盖二十年。是年九月，成等率官军分部进剿，明及一化、一义并伏诛，斩首及俘获者一千三百有奇；诸巢悉平。至是，总督刘焘奏捷；且言抚民林道干等实用命，宜许赎罪。上既赏成等，而命御史勘道干功状以闻；又以广中山寇尚多，饬焘等亟为剿灭，毋玩憩养寇，以贻民患。
辛酉，琉球国中山王尚元遣其臣守备由必都等归我日本虏去人口，守臣以闻。上嘉尚元虔效忠诚，赏银五十两、彩缎四表里，仍赐敕奖励；由必都等各给银、币有差。
·〔隆庆四年正月戊寅〕，总督两广、福建都御史刘焘奏“讨平海寇林容等功”，命赏兵备张士纯等银两有差，磔贼首林容等于市。容，本海寇吴平残党，巢聚西海，劫掠为患。与曾一本残党许瑞相攻于吴川赤水海面，容败被执；瑞遂因容所虏千户朱本源求抚，献容等首从三百余名、被虏教官谢赞、谢式、谢庠、陈渐阶、生员周坦等男妇四百余名。事闻，兵部因请释瑞勿诛，许其立功自效。报可。
〔八月丙申朔〕，以福建山海寇警，免福州、兴化、泉州、汀州、漳州五府、福宁州、福清、同安、惠安、漳浦、诏安、上杭、宁德七县正官朝觐。
·〔隆庆六年二月庚戌〕，先是，广东惠州海贼六百余人破甲子门所，杀千户董宗儒及军民二百余人，掠二百余人以去，抚寇朱良宝等遂反；名色把总韩国、李时魁领兵御之，贼夜袭破国等于程洋岗寨，杀二十余人、虏六百余人。至是，巡按御史赵焞勘上其事，请治百户吴一道等、千户田于藩等、指挥李臣、经历郭标及国等失事罪，并罚治碣石右寨把总白玉及海防佥事金柱等；且言：‘甲子门所城十年三陷，几为丘墟；而程洋岗等寨切近寇巢，民不安枕。况海倭无岁不来，而抚寇桀骜日甚。乞责督、抚官亟图善后之策’。兵部覆奏，上是焞言。命停玉等俸三月、柱等二月，下一道等御史问。
〔闺二月甲申〕，命南京右军都督佥书右都督俞大猷充总兵官，镇守福建并浙江金、温等处。
〔三月己丑〕，提督两广军务右侍郎殷正茂奏：‘抚民许瑞出兵攻剿倭寇，生擒七十八人，斩首二十五级；请授把总职衔，以示优异’。兵部谓“广盗未靖，姑厚其赏；令尽剿诸贼，乃并授官”。命如部议。
〔五月戊戌〕，广东海贼李茂破乐会县，乞招降；守臣欲许之，科臣梁问孟等以为不可。兵部言：‘李茂本以林容余党攻毁县城，罪在不赦；岂可听其甘言单词苟安目前，重贻后患！宜令提督侍郎殷正茂详议，或阴假“招安”以为擒剿之图，无堕贼计’。上是之。
神宗实录
隆庆六年（七月、十一月、十二月）
万历元年（五月、八月、九月）
万历二年（二月、三月、四月、六月、七月、十月）
万历三年（二月、十一月、十二月）
万历四年（正月、二月、三月、九月、十月、十二月）
万历六年（二月、九月、十一月）
万历七年（九月）
万历八年（闰四月、五月、八月）
万历十年（七月、八月、十一月）
万历十二年（正月）
万历十三年（三月）
万历十四年（二月）
万历十七年（二月、四月）
万历十九年（闰三月、七月、八月、九月、十一月）
万历二十一年（六月、七月）
万历二十二年（五月、十月）
万历二十三年（四月、六月）
万历二十五年（七月、十一月）
万历二十六年（十一月）
万历二十七年（二月）
万历二十八年（六月、十二月）
万历二十九年（七月、十一月、十二月）
万历三十年（三月、四月、六月、七月、九月）
万历三十一年（十一月）
万历三十二年（五月、十一月、十二月）
万历三十三年（六月、七月、九月、十月）
万历三十四年（五月）
万历三十五年（四月、十一月、十二月）
万历三十七年（五月、九月）
万历三十八年（七月、八月、九月、十月、十一月）
万历三十九年（六月、八月、十二月）