·〔嘉靖三十九年二月庚子〕，福宁桐山倭贼自前岐突犯泰顺莒冈等处，守臣以闻。诏福、浙督抚官协谋剿除，无各推避取罪。
甲辰，论擒海寇王直功，诏升赏总督尚书胡宗宪等有差。初，宗宪遣蒋洲、陈可愿招谕直等；至三十六年十月，直与王滶、叶宗满等同倭目善妙等五百余人泊舟岑港，请纳款通贡、市。是时直母及子，宗宪皆羁致杭城。直先遣滶、宗满来见，宗宪厚抚谕之，令宗满持其母与字书往。直见我兵严备，又滶不返，迟回未能决，则要须滶出，乃登岸；宗宪即遣滶往。直犹未信，索我一贵官为质；宗宪遣指挥夏正诣其舟，直党乃并前后往来官役朱尚礼等留之。直始轻身入谒军门，宗宪故为款言，令自系狱待命。久之，直党见官军四集，寻知直已下狱，遂支解夏正、尚礼等，得遯归。至是，时三年矣，其事初闻，宗宪蒙赐奖励。下按臣核诸效劳人员功次，迁延不以时上。宗宪乃自列状以闻，请亟加甄录。……
〔己未〕，倭寇六千余人流劫潮州等处，守臣告急。兵部言：’闽、广二省俱邻南海，倭奴侵轶广中，皆以闽人为向导。今其势张甚，在两广固当克期诛剿，在福建抚臣亦难辞纵贼贻患之责；请令巡按御史通核功罪以闻‘。报可。
〔三月庚辰〕，吏、兵二部会议提督两广侍郎郑絅条陈：’一、惠、潮二府海倭山盗并起，请添设参将一员，专驻揭阳督兵防御。一、岭东分守居独省城，兼领南、韶、惠、潮四郡不便，宜仍以广州、南、韶隶岭南分守；而岭东专管惠、潮，仍改赐敕书，令其兼理海防。一、倭贼入潮，每以漳海积寇相煽引；而黄冈镇巡司则闽、广界区，漳寇所由入者。请以潮州捕盗通判移驻其地，练兵防盗‘。诏如议行。
〔五月甲午〕，巡按福建御史樊献科奏：’福建山贼倭夷并起，攻掠平和、诏安等县，破崇武所城；请敕守臣亟图平剿‘。会巡抚刘焘疏至，言与贼连战俱捷，地方稍宁——不如献科言。上以二臣奏报互异，疑之，诏兵部亟檄南赣抚臣范钦及焘协力平贼；地方失事功罪，令御史详核以闻。未几，献科复奏崇武失事状。兵部始知焘奏不实，请逮守所千户郭怀仁等付献科问；停分守佥事万民英俸，令戴罪视事；焘姑贳勿治，责以平寇自赎。从之。
〔十月〕丁未，巡按福建御史徐仲楫奏：’山海盗起，流毒八闽；乞切责督、抚大臣为弭盗计‘。兵部言：’闽中寇盗，半系土着；此腹心疾也。宜亟檄总督胡宗宪、巡抚刘焘严率所属克期剿除；胁从者许其首免，首恶不赦‘。诏如议即行督、抚诸臣，令厉兵剿贼；不许观望，致贻民害。
〔十一月〕乙丑，巡抚福建都御史刘焘类奏：’四、五月间，新倭与濂澳、月港等处旧寇合卤掠。时臣甫莅任，即定计擒之。初战长乐、闽安，先挫其气；再下兴、泉，逐月港、崇武诸寇以及崎岭、濂澳之间。兵之所过，陆无坚阵、水无完艘；凡擒斩七百有奇，溺死者倍之。乞录领兵佥事万民英、指挥王梦麒倭等功‘。……是岁倭贼遍福建沿海诸郡；然皆千百为群，各自攘劫，无总统司号令者。焘不能制，任其餍欲而去；乃虚张功伐，侈言谋勇。然即其奏状所列，固未明言某日某兵与贼战某地也。
己丑，诏停巡抚福建都御史刘焘俸，令戴罪刻期剿贼；夺邵武知府邵德久、参议黄朏、佥事秦宗道、舒春芳等俸半年，下都指挥张弼、王梦麒等于御史问；恤录阵亡把总沈讲如例。先是，焘报捷称水陆皆全胜，地方略平。未几，贼攻永春陷之，流劫德化、长乐、漳平之间；而内地群盗如大埔之窖贼、南澳之水贼、小溪之山贼、龙严之矿贼、南靖工运等处之流贼各乘间蜂起，而窖贼张琏等最强。焘应接不暇，但杀牛飨贼、拥众自防而已。时闽、广皆为贼巢，焘报功既不实，性复贪吝，不给广兵行粮；广兵等寻叛，与群盗合。于是，闽清、尤溪、大田、将乐、泰宁、建阳、归化、新城、乐安诸县无不被残破者。官军每战辄败，惟报效把总沈讲率水兵遇贼于马溪，俘斩数百人，力尽死之。……焘，山东伧健，敢勇，善骑射；素无士行，亦鲜驭众应变之略。遭时氛曀，遂冒开府。历观其前后章疏，皆滑稽诞谩，恬不知耻；真小人之雄也。
·〔嘉靖四十年五月丙戌〕，总督浙、直、福建尚书胡宗宪及巡抚福建都御史刘焘言：’广东饶平、大埔、程乡三县贼首张琏、萧雪峰、林朝曦等纠众侵越汀、漳，为乱日久；乃贼巢在广，兵至则退入巢穴，兵退则复肆剽掠；必须绝其盗源，然后祸患可息。请敕两广、南赣、福建三省抚臣发兵会剿‘。兵部覆请，从之。
〔闰五月〕庚戌，巡按广东御史潘季驯勘上三十七年倭寇广东诸臣功罪，言’倭自正月中犯潮州府蓬州、鮀浦等处，所至将官不能御，或败或走；独千户魏岳、百户蒋□明、镇抚陈浚等战甚力，斩首八十余级，生擒九十余人，贼始遯去。我兵失亡者亦二百人，岳等死之‘。……
〔六月〕癸未，以倭警，免福建福州、泉州、漳州、汀州、兴化等府所属州县正官入觐。
〔七月癸巳〕，以倭贼侵陷广东潮州府大城所，诏夺惠潮参将张四维俸三月，分守参议冯举谟、海道副使郑维诚、分巡佥事齐遇俸各二月；下本卫所掌印捕盗等官董越等九人于按臣论罪，知府何镗等准赎。先是，潮州败倭自福建□入诏安大城，海夫刘伍等及上底东界客兵因挟之为乱。去年十二月乘除夜城中无备，伍等先袭入城，群倭继之；守城诸将各弃印遁走。至是年二月，知府何镗等督兵追捕，伍等始就擒，斩首三百余级。事闻，因有是命。
江西巡抚都御史张元冲疏报去年十二月至今年闰五月闽、广流贼由光泽、宁化等处突入江西境，窥新城、广昌，转掠万安、泰和；请敕南赣军门协剿。福建巡按御史李廷龙亦报山贼吕尚肆、李占春等与福、兴、漳、泉残倭四出剽掠，自建宁以北、福宁以南无处不为盗薮。乞申饬福建都御史刘焘、南赣杨伊志、两广张臬刻期平定。疏并下兵部，议覆。上以群寇猖獗，祸连三省；切责诸臣怠玩不行设策剿灭，姑令各戴罪杀贼，期以九月报平。如再误事，御史指名参奏重治。
〔九月〕己亥，福建山贼袭破镇海卫城；事闻，诏下各卫所掌印巡捕、镇抚等官田有麟等二十五人于巡按御史问。
〔十一月丁亥朔〕，巡按福建御史李廷龙类奏：’七月至九月，广东之程乡贼、三饶贼、塘下南安之倭贼及各路之流贼出没诸郡，无日不报警。其福、兴、泉三府则苦海贼，汀、漳二府则苦山贼与流贼；迭出为患，而内地奸民佐之。今崇安、南靖二城相继告陷矣，延、宁二府近亦苦兵矣；时事至此，宜痛绳失事诸臣以法，然后灭贼可期‘。上从部议，降福建行都司掌印署都指挥佥事张岳、漳州府知府桂嘉孝、海道副使邵楩、建宁兵备佥事曹司贤俸各三级，下漳州等卫指挥、百户等官覃显等八人于巡按御史论罪。
〔庚戌〕，南京给事中马出图等言：’闽中八郡群盗充斥，巡抚刘焘纵寇殃民；请加切责‘。兵部覆：’焘北人，不便于南；恐督责难效。宜更置之，而专责宗宪径略闽事‘。上谓：’闽寇猖獗，数陷城池，流劫邻省。焘巡抚二年，讨贼不效，本宜治罪；既言风土不宜，姑调外任‘。