时自成已据全洛，直窥陕西。总督孙传庭，故将家子，然性怯懦，不知兵，好大言；九边精锐，悉隶麾下。又据潼关之险。自成欲诱致之，每战辄匿精锐，驱难民当前，因是多所斩获，传庭志益骄，屡疏奏捷，且上言：‘有自贼中逃回者，言贼闻臣名，皆惊溃’。上信之，因召对群臣，出传庭疏示众。兵部侍郎张凤翔独言贼素狡多诈，示弱不可信。且传庭所统皆良将劲兵，不如为陛下留此家当。上目慑之。群臣窥上意，争请命传庭进剿。未几，果覆师，乃削传庭职，充为事官，扼守潼关。加白广恩陕西总兵官，提兵援剿。进士程源疏言：‘歼大寇必图大举，合数十万之众，八面而齐攻之，谁应援、谁声实、谁牵制、谁批腹？着着照应，使之疲于奔命，救接不暇，然后可一鼓成擒。乞敕传庭凭关固守，勿事浪战’。书奏不省。十月初六日，传庭开关延敌，贼伏精锐关前，引传庭出，遂夺关入。三秦顿失，改西安为长安府。十一月，考校州县生员，一等与六政府属，二等与州县，三等与佐贰。是月攻榆林不利，再攻乃克。又攻庆阳，亦克。一时死职者，巡抚冯师孔、按察使黄絅、长安知县吴从义、渭南知县杨暄、蒲城知县朱一统、商州巡道黄世清、庆阳守道段复兴、庆阳知府董琬。榆林守道都任合门雉经。中部知县朱新达自知城守不支，先令妻、妾缢。一妾尚未配合，新达叱令去，妾不可，垂泣甘缢；然后新达自尽。原任总兵尤世威，举家百口，付之烈焰；身冲锋刃，战死街心。原任总兵侯世禄、侯拱极、王学书、王世钦、王世国、李昌期、原任副将瞿文、常怀德、李登龙、张发、杨明、原任游击孙贵、龙养昆、原任守备白慎衡，全家叙、见任游击傅德、惠宪、潘国臣、李国奇、晏维新、陈二典、刘芳馨、刘廷杰、文侯国、见任守备尤勉、惠渐、贺天雷、杨以伟、掌印指挥李文焜，皆不屈死。而乡绅死难，则原任吏部尚书南师仲、礼部主事南居业、山东巡按御史王道纯、诘封副都御史朱常德、宗室举人朱谊泉、原任太常少卿麻僖、原任大同巡抚焦源溥，以骂贼断舌死；原任宣府巡抚焦源清，以不受伪职死；原任磁州巡道祝万龄，深衣大带，至关中书院斯道中天阁下，哭拜宣圣，从容自经死。朝议以兵部右侍郎俞应桂为总督，而命御史霍达监其军。达，秦人也，夙负才略，习知地利土着，故用之。十一月初三日，上召对，谕以‘有真剿然后有真抚，有好将自有好兵，有好司自有好百姓；在尔实心为之’！命达作速前去料理。达痛哭敷陈，言‘西安若在，臣不惜死以报皇上’！比至，则伪官充斥，赴任无地。脱是时中枢稍知兵，当贼困榆关，勿狃小喜，预请济师犄角，可令贼夺气去；即不然，而坚壁死守，勤王兵集，贼亦鸟奔兽散。乃一筹莫展，束手待毙。迨甲申（崇祯十七年）春正月，大司马张缙彦方奉召至，虽拮据绸缪，而贼已由秦越晋，直薄畿南；势如破竹，莫有当关者矣。
元日，大风，震屋扬沙，咫尺不见。时满洲建国号曰“大清”，改元“顺治”，而贼僭位西安，妄称“大顺”，年号“永昌”，咨掠河东、河津、稷田、濴河、绛州一带。初三日，上特召中允李明睿陛见。明睿，南昌人，公忠练达，以总宪李邦华、总督吕大器特荐，召起田间。明睿初欲劝上西迁长安，一以亲征挫贼之锋，一以就甘肃、宁夏之士马，一以就咸阳之王气；盖咸阳为古帝王共建之都，四塞之固，天下共闻，以下令于诸侯，犹居高屋之上建瓴水也。此诚上策。比闻贼入关，念只有南迁一策，可以图存，转危为安。至是召对德政殿，上问御寇急策。明睿请屏左右密陈，趋近御案，与御衣接，言：‘臣自蒙召以来，探听贼信颇恶，今且近逼畿甸，此诚危急存亡之秋。皇上不可不长虑却顾，只有南迁一策，可缓目前之急，徐图征剿之功’。上曰：‘此事重大，未可易言’。以手指天，言‘上边未知，如何’？明睿曰：‘惟命不于常，善则得之，不善则失之。天命微密，全在人事，人定胜天。皇上此举，正合天心，差之毫厘，谬以千里，知几其神。况事势已至此极，讵可轻忽因循？一不速决，异日有噬脐之忧。当局者迷，旁观者清。皇上可内断之圣心、外度之时势，不可一刻迟延者也。若筑舍道旁，三年不成；此事后虽欲为，有不及为者矣’！言之痛切。上四顾无人，云：‘此事我已久欲行，因无人赞襄，故迟至今。汝意与朕合，此意决矣。但外边诸臣不从，奈何？尔且密之’。上复问中途接济。睿奏：‘沿途接济，固不可少，然不如四路设兵。四路者：东山东、西河南，此旱路也；登莱海船、通州运河，此水路也。然皇上却应从东小路，轻车南行，抵淮上二十日，文王柔顺、孔子微服，此之谓也’。上曰：‘然。然此事重大，不可轻泄，泄则罪坐汝’！睿奏：‘臣谋之，臣敢泄之乎？但祈皇上圣断。皇上但出门一步，龙腾虎跃，不旋踵而天下运之掌上；若兀坐北京，坚守危城，无益也’！上曰：‘朕知道了’。随退还宫，赐宴于文昭阁。日午，上又召对内殿。睿极陈枚卜、考选之弊，请着为令：‘不立边功，不许枚卜；不立边功，不许考选’。又言：‘兵饷缺乏，民穷财尽，目前只有速发内帑，足济燃眉’。上言：‘内帑如洗，一毫无措’。睿奏：‘祖宗三百年来积蓄，度不至是’。上曰：‘其实无有’。命出外赐茶。未几，夜漏初传，上又召睿进内，近御案，问‘所奏事，即欲行之，谁可接济？途间用何等官员领兵措饷？驻扎何等地方’？睿奏：‘济宁、淮安，俱紧要地方，不可不设官。须择重臣领兵领饷。皇上虽间道微行，此两处扼要，不可不豫为防’。又问：‘是何等官衔’？睿奏：‘须户、兵二部堂上官’。上曰：‘然此时兵俱在关门、大将俱在各边，调遣甚难，奈何’？睿奏：‘近京八府，尚可召募。皇上此行，京城尚需人料理，关门兵不可尽撤，各边大将不可轻调；惟有在内公侯伯及内阁、六部、文武大臣。皇上不妨召至御前，面试其才能，推毂而遣之’。上曰：‘然’。睿复奏：‘内帑不可不发。除皇上服御外，一毫俱是长物，当发出犒赏军士。万一行至中途，赏赐不足，区处甚难。留之大内，不过朽蠹。先时发出，一钱可当二钱之用；急时与人万钱，不抵一钱之费’。上又曰：‘然。户部也着措置’。睿复奏：‘靠不得外边。如今三空四尽，户部决难凑手。乞皇上自为宗庙社稷计，决而行之，无临渴掘井也’。皆颌之。须臾，漏下二鼓，命睿出官。
大学士李建泰自言西人，知贼中事，请督兵真、保，以扼贼冲。上壮之，命为督师。择吉二十六日寅时告太庙，卯时行授钺礼；殿梁响声大作，如摧折然。已时，驾登正阳门楼，亲饯。官军旗幡十余万，自午门外推至正阳门外，旌旗金鼓甚盛。文武百官闻召俱至。上慰谕建泰再三曰：‘先生此去，如朕亲行’。赐坐、赐宴，列席十九，文东武西，御席居中。御用金台爵皆嵌大宝石，是累朝重器；诸臣则皆金杯也。上复亲递建泰三杯，即以三杯赐之。复出御撰手敕奖谕，亲临正阳用宝以赐。内珰为挂红簪花，鼓乐导尚方剑而出。建泰甫出宣武门，舆扛忽折。是日，诸臣又公饯于护国寺。建泰意气英上，言方入寺时，视其印绶忽发大如斗。同官相与贺曰：‘此指日成功，取“金印如斗”兆也’。比闻贼信汹汹，建泰益迟迟其行，日止三十里。至涿州，营兵三千逃回。过东光，兵不戢，民闭城门。建泰怒，留攻三日，克之。进退无措，惟逡巡畿内而已。贼移檄远近，有云：‘君非甚黯，孤立而炀蔽恒多；臣尽行私，比党而公忠绝少。甚至贿通官府，朝廷之威福日移；利入戚绅，闾左之脂膏尽竭’。又云：‘公侯皆食肉纨绔，而倚为腹心；宦官悉龁糠犬豚，而借其耳目。狱囚累累，士无报礼之思；征敛重重，民有偕亡之恨’。人读之，无不扼腕。
先是，贼破榆关，长河二千五百里之防，晋独当之。贼众眈眈窥渡，巡抚蔡懋德南北策应，大庆、风陵两挫贼锋。寻以保德州告急，还省。巡按御史汪宗友特纠其懦，以郭景昌代之。未至，副将尚智投贼为前驱。总督俞应桂畏贼甚，迟回河上，一无所为。二十九日，贼从沙涡竟渡，三晋遂成破竹之势。既陷平阳，直困太原。贼步号五十万。懋德誓众死守，登陴拒敌，矢石火药伤贼甚众。裨将朱孔训、牛勇力战死之。已而城东南角楼炮裂焚毁，风沙陡作，对面莫辨。守门将张雄为贼内应，城遂陷；时二月十五日也。懋德缮遗疏授赞画知县贾士璋，遂自刎，为众所夺，中军应时盛扶上马，欲卫出城。懋德曰：‘吾封疆之臣，应死封疆。汝辈自去，岂欲陷吾不忠乎’？遂至书院三立祠，惟时盛相随。懋德南向自缢，躯轻气未绝，时盛解铁甲覆其身，候气绝，亦东向自勒死。盖时盛系辽诸生，为懋德识拔，隶麾下；见草遗疏，即归寓杀其妻妾与十四岁子，期以死殉。布政赵建极、巡按陈纯德等同死四十六人。十六日，贼到忻州，进攻代州。五台知县投降，地方官有载牛酒以迎者，有备子女以献者。