嗣昌首倡聚敛，一议加剿饷三百万两，又加练饷七百三十万余两，合旧派每年加二千三百万，以致民穷盗起。至是力以减自任。贼初闻嗣昌出，颇心布。及嗣昌抵任，踵袭文灿招抚故智，谋以郧事委郧抚袁继咸，楚事委楚抚宋一鹤。一鹤贪懦巧谄，以嗣昌父名鹤，投揭自署其名曰“一鸟”，楚人争传笑之。嗣昌对守年余，一筹莫展。自撤白虎之险，纵贼入川，贼势益张，不可收拾。嗣昌妄听杨卓然之说，谓‘献贼难图，革、左易抚’，辄思舍难就易，檄左良玉趋皖，驾言‘川零贼，不足复烦大兵’。军中咸知失计。良玉探识其奸，率兵竟去，连发十九檄追之不返。贼复出，无当关者矣。且贼由西北陆走襄阳，而嗣昌由西南水走夷陵，岐路相避，犹饰称鞭长莫及。甚至地方失事，匿不上闻，而又虚设捷级，动云“寇不足虑”。泸州知州苏琼等死于贼，嗣昌复砍其头，充级报功；群贼愈无所惮。
庚辰（崇祯十三年）六月，左良玉遣降将刘国能围献于玛瑙山。献食尽，分兵四出抄粮，不得粮归者尽杀之。未归者，诣嗣昌降。良玉使国能将之前行，诈称粮至。献开营延入，国能众扫其营垒，擒其妻孥，与徐以显、潘独鳌等送襄阳狱。献忠攀藤越岭逃去。襄阳知府王承曾素纵酒渔色，见献忠妾，悦之，故疏其防。嗣昌檄至，献邀于路，取檄，遣贼伪为公差，夜叩襄阳城门。巡道张克俭见符验，延之入。时辛已（祟祯十四年）二月初五日也。漏四下，贼攻襄阳王府，焚端礼门，寻执襄王杀之；破狱，出以显、独鳌等。独鳌者，应山诸生，富而吝，县令婪其财，使人讦其不法；鳌愤甚，越狱投贼。献之文移，皆出其手。署襄阳事李天觉，城破，北面叩首，置印于案自缢。推官邝曰广被执，大骂不屈，死之。已而破随州，知州徐世淳埋印署后，勒马巷战，矢贯于颐、刀属于颊，眼鼻横断，堕马，右手握印箱、左手掣佩刀，贼铍刀交下，陷胸穴股以死。子肇梁亦遇害。嗣昌在荆，惭愤缢死。廷臣交章论劾，上下其议。礼部侍郎蒋德璟谓其‘奸欺误国，请用嘉靖中仇鸾例，斫棺戮尸’，然上竟不罪嗣昌也。嗣昌之在蜀也，安坐顺庆公署，题匾自旌，大书“盐梅上将”。迨泸州破后，连陷数邑，嗣昌犹在醉梦中，命多备索子绑贼；蜀中争传笑之。上以襄阳破，故逮郧抚袁继咸。继咸立朝负直声，督学山西，备兵淮阳、武昌，所至以清惠称，吏民歌思之。至是，合辞叩阍，继咸亦出嗣昌手书，明己无罪。寻察其枉，赦之。
方献与曹操九股之在房、竹山中也，李自成往依焉。献谋杀自成，自成觉而逃去，入蜀。曹操者，本罗汝才，与李自成同依高氏。高被擒，汝才走楚。己卯，自成自川潜渡入豫，取洛阳，杀福王。内官崔升甫十三岁，劝福王宁死勿屈，抱王不去，并见害。又破永宁，杀万安王。事闻，上震悼。兵科张缙彦奏：‘福王身死社稷，守国大义，日月争光；葬祭宜厚’。从之。吏科章正宸奏闯贼从四川来，兵部尚书陈新甲急奏贼自秦来，不自川来；盖嗣昌方奏扼贼于川，言从川来，则责在嗣昌也。又破叶县，降将刘国能守叶，自刎死；其妻先死，其子方八岁，闯贼入城，抱置膝上，欲收养之，不从，自解所带小刀亦刎死。自成既入洛，撰“九问”、“九劝”诸伪词，号召群盗，勾引饥民，遂为闯王。辛巳，自成独雄一部，汝才改称曹营。自成进围汴梁，总兵陈永福从城上射自成，中其左目，几死。督臣丁启睿率诸将左良玉、虎大威等集兵朱仙镇，与自成战，全师皆溃。六月，闯、曹分兵东南下，败官军于枣阳，复回豫，破南阳，杀总兵猛如虎，与官兵战于郾城，贼众折伤。适秦抚汪乔年又败于襄城，乔年死之。贼资其甲马火炮，乘势破归德，复围汴，官军败绩于水坡，贼势张甚。巡抚高名衡、推官黄澍固守不下。壬午（崇祯十五年）五月，自成遂决河灌汴。城中诸贵官欲为自脱计，亦凿堤引水，汴梁遂陷。名衡与澍等乘舟溃围出走，余淹没死者数十万众。上念防守劳苦，不深罪，但罢名衡官而已。蕲、黄之寇复与闯合，诸渠帅皆戴闯王。革则贺一龙、老〈犭回〉〈犭回〉则马守应、胡闯则兰养成、争世王贺锦、治世王刘希尧皆为闯偏裨。及破襄阳，下荆州，合兵郧阳，闯令〈犭回〉守夷陵以犯澧、常，革趋德安以窥黄、麻。十二月，陷承天。贼遣伪将王克生决显陵求宝，伪阳五知州张联奎多备锹锄，献策求欢。贼方举事，欻风雷大作，昼晦。联奎见金甲将手持金瓜，当顶一击，即昏迷跌地，口鼻流血，一夜而死。联奎，宜城诸生，其妻何氏，固以貌都为贼所执、守节不从、慷慨遇难者也。克生抓去，不知所在。众贼惊散，闯大惧，遂不敢动。曹贼罗汝才闻之，以天命未改，潜谋归顺，欲杀自成献功。寻以印马分营起自成疑，癸未（崇祯十六年）三月十日，自成设酒缚革，明日猝至曹营斩罗。罗部将杨承祖素骁勇，率众尽走郧阳，投守臣徐起元。起元守郧数年，处强敌之间，竟保残疆无恙，皆罗兵力也。〈犭回〉在澧闻变，闯调其兵回襄，不从。闯既广收部曲，设伪号，自称“倡义大元帅”为一品，权将军二品，制将军三品，果毅四品，威武五品，皆将军；七品掌旅，八品部总，九品哨总。所授将帅田见秀、刘宗敏、贺锦、张鼐、党守素、辛思宗、客可成、李友、任继忠、吴光义、刘芳亮、刘希尧、李过（自成亲侄）等，共兵二百三十余队，总计马步兵六百余万。每队立一标旗，行营望之而走。标营用白旗，纛皆用黑。左、右、前、后分用黑、白、红、黄色，而纛随之。自壬午年夏破荆，初改防御使、府尹、州牧、县尹；至癸未正月，钦天监博士杨承裕投闯，更设六政府侍郎、郎中、从事诸官属。侍郎则喻上猷、萧应坤、杨承裕，郎中则徐丘、王家柱、邓岩忠，从事则顾君思、郭附龙、傅朝升，防御则孟长庚、陈荩、李之纲、吴大雁、黄阁、金有章，府尹则张虞机、姚胤锡、牛佺、刘苏、邓琏、刘茂先。又使任光荣守荆、兰养成守夷陵、王文耀守澧、白旺守安陆、叶云林守荆门、谢应龙守汉川、马世大守景陵、高一功守信阳、周凤梧守禹州，兵锋所至，人心惶惶，皆弃城奔走，大江南北，人无固志。献忠因得乘机攻取。
先是，壬午六月破黄，十二月破黄梅，癸未正月破荆承，荆王播迁，道臣张凤翥、钟祥知县萧汉死之。三月，蕲水乡宦周之任勾贼破城，道臣许文岐死之。已而陷黄州，黄陂乡宦欧阳玖迎降，惟樊维城殉节。维城固孝介公玉冲侄，其父玉衡以御史抗言国本被谪者也。贡生冯云路力学着书，精禅理，征辟不就；贼慕其名，强起之；云路不屈而死。其门人诸生汪陆延亦死。诸生易为瑚，父道暹，名重海内，前已与次子为琏骂贼死，至是为瑚亦死之。四月破麻城，从贼大逆则劣生周文江居首。文江为贼兵部尚书。有原任锦衣卫遣戍刘侨，托文江进二美妾并金银器皿、玉杯、古玩数万金于贼，贼用侨为锦衣卫都督。教谕萧颂圣自杀。贼从鸭蛋洲渡武昌县，知县邹逢吉死之。五月，破武昌，杀楚王，驱平民三十余万溺之江中。故辅臣贺逢圣朝服投江死，门生大冶诸生尹如翁从之。楚府长史徐学颜方署江夏县，与贼格斗，为所支解。都司朱士〈日上折下〉戟手骂贼，为贼断手而死。常、武、衡、桂，在在告陷。衡阳知县张明翼骂贼不屈，缚掷中流。献忠大肆杀戮，积尸浮江，江水为赤。横尸之惨，黄巢后未有也。八月，破岳州，复陷长沙，巡按御史刘熙祚骂贼不屈，至血面刳腹、横曳倒磔以死。长沙推官蔡道宪殉义最烈。而江西袁、吉一带面面与楚相通，贼从萍乡、万载、永新三路突犯吉安，安福、庐陵、吉水俱破。后由湖南复入川，据险设官，僭大号，改元“义武”，置左、右丞相，以徐以显为右丞相、潘独鳌为中书舍人，筑宫室台观，置酒自娱，不复出。上命江、凤、黔、粤各督及郧、皖、江、沅各抚合兵剿贼。
方献忠壬午之破武昌也，左良玉避其锋，拥兵九江，不敢逼。及献既入蜀，良玉略定武昌、澧陵、长沙、湘潭、湘阴并湖南一带，又复岳州、监利、石首、上安、德安、随州等处。总督吕大器又复袁州、萍乡、万载、吉安、庐陵、吉水、永新、太和、安福等处。大器沉毅知兵。方入援时，路过峡江，城门四闭，闻是官兵，反行遮杀。诏以八王兵到，开门出迎，手持县印，口称千岁，备有大马二十五匹，粮草无数，新旧知县俱已拿下，听候发落。大器立取奸民枭示之，次第恢复。