时溃兵肆掠，蹂躏公署，职官无一得免。式耜被逼登舟。黎明，刑部侍郎远生、给事中丁时魁、万六吉及湘客俱至；盖湘客奉命安抚乱亡及劝饷糈，而远生、时魁以召将入也。遇式耜于樟木港。式耜集远生等入民屋，立草檄分路四发。暂驻阳朔，催琏兵上援。楚镇周金汤、熊兆佐亦入桂。又檄翰林简讨蔡之俊、大理寺评事朱〈氵隶〉先入桂，宣式耜令。檄按司佥事邵之骅部琏兵，定人心。式耜于初一日复入桂署。督师腾蛟自永宁至，滇镇胡一青统兵至，琏自平乐统兵至。清兵疑桂城空虚，直抵桂北门。三月二十二日，腾蛟督兵三面御之，清兵渡甘棠去，督师列营榕江。永历诏旌式耜，赐银币，又赐“精忠贯日”金图书一枚。式耜念主宵衣，南宁蛮乡，不可久驻，日为永历清道；前日所忧在内者，今更在外；督勋镇将士，直取全州。促巡抚鲁可藻下梧。会东人有反归信，令可藻缮兵以待。会可藻衔自署两广。旧例：东抚称制兼粤西，西抚称抚。式耜曰：‘方今武人多自署抚军帅，一面帝制辄自命，贻远人笑。予代疏请衔，曷不可’？周鼎瀚以阁部擅，式耜亦疏正之。
当武岗之乱，言官弹鼎瀚以附承胤入直。式耜司票拟犹不苛。王沂公曰：‘进贤、退不肖皆有体。瀚系大臣，应听自谢免。不谢免而复擅假，毋乃不可乎’？邦传称粤世守，牒四飞；式耜疏驳之：‘今日晋五等，尚未裂土。海宇剩削，止粤西一隅为驻跸之地。楚、滇数万之师，日需食，辄曰世守，岂老成忧国所隐料’？式耜身虽在外，在廷大纪纲，极言力请。疏曰：‘臣与陛下患难相随、休戚与共，原自不同于诸臣。一切大政，自得与闻。庙议可否，众指所关。本乱而求末治，马濲阤古耳’。
永历驻南宁。四月初一日，世子生，册为太子，赦天下，诏曰“万喜”。式耜念无讲官，经筵不御，石室尘封，何由闻得失。手书八箴于扇，进之。督师腾蛟复全阳，是五月二十七日事也。督师报功疏，不肯自为功，有曰：‘为陛下以信臣用臣者，式耜一人也’。
六月，粤东李成栋有反向。明朝报至。先是成栋下广，收缴印信凡五十余颗，于中独取总督印藏之。有爱妾某，松江妓也，揣知其意，因朝夕怂恿。成栋抚几曰：‘怜此云间眷属也’。妾曰：‘我独敢富贵乎！先死尊前，以成君子之志’。遂自刎颈。成栋抱尸大哭。明日即衣冠，将总督印具疏迎驾。又江右金声桓据南昌，藏表疏于佛经部面中，遣使赍奏亦至。而粤俱称全土，式耜疏请往桂，又请永历勿遽东。又言‘事权宜专，号令宜一。兹军功爵赏，文武署置，决于成栋。若归之朝廷则中扰，阃外不能专制；听之朝廷徒虚拱。且楚、黔雄师百万，腾蛟翘首威灵，如望云霓。驾既东，军中将帅谓朝廷乐新复之土，成栋亦有邀驾之嫌。号令既远，则人心涣散。请一见东诸侯，俾赡至尊音容，面为慰劳指属，然后责其尽意于东，刻期出战，咸决于外，不中扰也’。又疏令简讨蔡之俊入迎，再疏令给事中蒙正发迎。永历竟由梧入肇，先后诸疏俱不报。式耜闻，泪簌簌下。再疏谓：‘前日粤东未复，宜往桂以规楚；今日江广反正，则宜往桂以图出楚。事机所在，毫厘千里’！吏部侍郎吴贞毓疏请永历往广城，式耜乃促远生入阻永历。适成栋自岭还师，修行宫，且迓驾。永历命远生诣广劳师，远生谓成栋曰：‘今驾驻此，爵赏征伐，人疑有私，不可不嫌’。成栋然之，遂罢行宫，止迓驾。成栋具疏言：‘式耜拥戴元臣，粤西扼御定，毋容久于外，应亟召还纶扉’。永历专命，遣官三、四召。式耜曰：‘前日在南宁，桂林危。桂林危，则天下去矣。其机在外，不在内也。今江广悉定，何公督师下星沙，朝臣且辐至，予不敢忍危而即安’。具疏乞骸。再上，不允。
己丑正月，清兵破湘潭，何腾蛟被执。初，腾蛟檄各处兵马，齐集湘潭；而命马进忠等由益阳抄出长沙下，邀截上下舟船，焚掠湘阳，断绝水道。一只虎率大队复至长沙，络绎攻围。值清朝援兵合至，战胜于湘潭；腾蛟被擒，斩之。二月，清兵破信丰，李成栋殁于阵，南昌败书复再闻。先是，声桓踞南昌，清兵昼夜攻击破之。王得仁伏诛，声桓赴水死。于是先后赠腾蛟中湘王、成栋宁夏王、声桓豫章王。永历设坛挂帛，皆擦泪亲祭。专命式耜留守督师，兼江楚各省兵马。永州兵再退。式耜疏请兵科给事中吴其雷监各营军再出。
当永历驻肇庆，疏奏谆谆，以岁月稍暇，财赋优裕，用心尽力修内治以自固、严外备以自强。且积弊之后，易致中兴也。一才一艺之士，靡不收罗幕府。每慨人才凋零殆尽，凡〈足斤〉足而至者，非怀忠抱义之人，亦乱世取功名之士。人之岁月精神，不用之于正，则用之于邪，安可驱为他人用？故人咸以桂林为稷下。
四月，云南张献忠养子孙可望遣龚彝之弟龚鼎，献黄金二千两、马四匹，移书求封亲王名号。给事中金堡固争，以为祖制无有。而广西南宁府与云南广南府错趾，可望来书，有‘不允封号、即提兵出战’等语。陈邦传恐甚，先封秦王，寻封为荆郡王；可望不受后封。时楚制堵胤锡以楚败达肇庆，滇营自永、全还桂，与焦兵猜疑生隙。忠贞营自蜀转战，由楚至梧，休息甲士。
清朝遣使贻书招式耜，式耜不从。永州再报失利，兴宁侯胡一青兵还榕江。式耜复办粮械，趋出兵屯于全。民力穷竭，诛割无术，槁悴万状。永历闻，为废食；召廷臣议于慈宁宫，发东饷一万。
是时清兵围困曾庆于平和，寻出降，杀之。而诏安等处，一时俱归清朝。郑芝鹏踞石榴城，清兵至，随遁去。刘中藻在福宁，势穷自缢，福建尽失。惟延、漳、汀三府界连江右，而延平所属，皆处万山中。清兵既回，遂立德化王朱慈烨踞将军寨，先陷大田，继破龙溪，攻顺昌、将乐。至十一月，清兵讨平之，王被获。兵部尚书罗南生等降。
庚寅正月，南雄报不守，宝丰伯罗成耀弃韶州。永历震恐，戒舟西上。戎政远生奏自请行清远，给事中金堡特奏请留，争之不得。适式耜疏至，曰：‘粤东水多于山，虽良骑不能野合。自成栋归顺，始有宁宇。财赋繁盛，二十倍于粤西。衣甲粮饷，内可自强，外可备敌。材官士兵南北相杂，制胜致王，可操券而求。难得而易失，莫此云急。且韶去肇数百里，强弩乘城，坚营固守，亦可待勤王兵四至。何乃朝闻警而夕登舟’？疏再上，而永历移德庆、抵梧州矣。盖自成栋首疏文武各还事权，言官正气宜奖，卤簿不得干机务，失权者意，故急欲永历移舟，弃东如屣。时词谏诸臣，正纲纪、慎名器，多失人意。而御史程源辈以攫官不得，伺权者指，攻其所必去，荧惑永历听。下给事中丁时魁、金堡、蒙正发及侍郎刘湘客诏狱。式耜闻报，上疏申救，谓‘中兴之初，宜保元气，勿滥刑’。再疏争之曰：‘诏狱追赃，乃熹庙朝魏忠贤弄权，锻练杨、左事，何可祖而行之’？颁敕布四人罪状，非永历意，敕出忌者之手。式耜封还，谓‘法者，天下之至公也；不可以蜚语饮章，横加考案，开天下之疑。且四人得罪各有本末，臣在政府若不言，恐失远近人望，其何辞于后世’？凡七疏。遣孙昌文入见梧州，陈说粤西民贫食尽军（？）曲折。时昌文孑身由海上来也，阁试授昌文翰林简讨。
清兵再簿全州，卫国一青兵撤守榕江。时勋帅咸进公，次者侯与伯；桂林牙门相望，号令纷出。十一月初五日辰，报清兵大举入严关。印选、一青、永祚俱以分饷入桂，榕江空壁。武陵侯杨国栋、宁武伯马养麟方驰出小路军榕江，兵未战而四溃。发使趋印选，印选已出城，城中大乱，沿道驱掠。式耜令戢不得，城外溃兵云飞鸟散。一青、永祚从城外去。式耜衣冠危坐署中，适总督张同敞自灵川回，过江东，不入寓，过式耜署曰：‘事迫矣！公将奈何’？式耜曰：‘封疆之臣知封疆；封疆既失，身将安往’？同敞曰：‘公言是矣！君恩师义，敞当共之’！遂笑与式耜饮。家人泣请身出危城，号召诸勋，再图恢复；式耜挥去，不从。厥明被执，见清朝定南王孔有德。式耜以死自誓，不复一言。命幽式耜、同敞于别所。式耜赋诗，日与同敞赓和。至闰十一月十七日斩之。其绝命诗有云：‘从容待死与城亡，千古忠臣自主张。三百年来恩泽久，头丝犹带满天香’。死之日，冬雷电大发，远近皆为称异。时给事中金堡已削发为僧，上书定南王，请葬式耜、同敞。而吴江有扬〈禾丸〉，为具衣冠棺殓，并同敞瘗于北门之园。永历上南宁，入土州，严起恒、王化澄、马吉翔、庞天寿皆随去。后未详云。