补御史陈潜夫原官，加太仆寺少卿，命监各藩镇兵马。七月复富阳，八月复于潜。时兵马云集，人治一军，不相统一，部曲骚然。国维疏请于王，谓‘克期会战，则彼出此入，我有休番之逸，而攻坚捣虚，人无应接之暇，此为胜算。必连诸帅之心，化为一心，然后使人人之功罪，视为一人之功罪’。十月，清兵至。国安严阵当之，国维率王国斌、赵天祥接应，追战于草桥门，会天大风雨，火炮弓矢不得发，遂收兵。清兵营木城于沿江。会闽中颁诏至，诸求富贵者争欲应之，监国下令返台，士民惶惶。国维星驰至绍，上疏隆武，谓‘国当大变，凡为高皇帝子孙臣庶，所当同心并力，成功之后，入关者王，监国退居藩服，礼谊昭然。若以伦序，叔侄定分，在今日原未假易。且监国当人心奔散之日，鸠集为劳，一旦南拜正朔，鞭长不及，猝然有变，唇亡齿寒，悔莫可追。臣老臣也，岂若朝秦暮楚之客哉’！疏出，议始定，而浙、闽成水火矣。
闽饷不足，芝龙遣给事中梁应奇入粤督饷。应奇往，参迟误者数十人，命提问亦莫应。潮州知府杨球遂止越界，不敢入。芝龙又令抚按以下，皆捐俸助饷。官助之外有绅助，绅助之外有大户助。又借征次年钱粮，又察括府县库积年存银未解者，厘毫皆解。又大鬻官爵：部司价银三百两，后减至百两，武札仅数十两或数两。于是娼优厮隶尽列冠裳，然无俸无衙，空名而已。其黠者倩轩盖、雇仆役，拜谒官府，鞭挞里邻。晋江令金允治莅讼，两造皆称职官，则立而语，互殴于庭不可制。受害者延颈清兵，谣曰：‘清行如蟹，曷迟其来’！然犹苦饷不足。所招关门兵，不过疲癃数百人耳。
时廷臣请出关者，章满公车。隆武亦欲躬履行间，而芝龙以缺饷为辞。十月，会曾后至，迎入宫，乃暂止。初，隆武孤身南来，鸿逵以所掠美人十二献。及后至，乃大兴将作，扩构宫殿，卮匜之器，悉用黄金。开织造府，造龙袍，后下体服皆织龙凤形。后性警敏，颇知书，有贤能声。每召对奏事，于屏后听之，共决进止。隆武颇严惮之。而隆武未有胤。芝龙乃令子森赐国姓（？），改名成功。每隆武意所向，成功辄先得以告芝龙。由是廷臣无敢异同者。宰相半出门下。
何楷与芝龙争朝班，不合，乞归；中途盗截其耳，诏追贼不得。兵科给事中刘中藻，亦以忤郑氏去。或密以揽权告隆武，隆武辄责芝龙。芝龙怒，佯谢事；又即固留曰：‘此非朕意，乃某人言也’。于是左右无一同心，皆郑人矣。
丙戌元旦早朝，以足板掷蒋德璟，几伤。邵武知府吴炆炜、推官朱健移眷他驻，坐倡逃；建阳知县施〈火豦〉为奸胥摘发，坐贪酷，俱骈斩市曹。龙溪知县谢泰宗以贪参，罚八千金。杭严道龚可楷，航海至闽不用，有“〈足呼〉尔蹴尔”之疏，终被贼杀死。而南来亡赖之徒争上疏谈兵，即得召对，片言合旨，赍宝锭，赐官爵。久之渐多，部曹几及千人。所赏，芝龙亦不应。然隆武心知芝龙不可恃，卒无以制之。
芝龙亦以不出关无以压众心，乃分兵为二，声言万人，实不满千人，以郑鸿逵为大元帅出浙东、郑彩为副元帅出江西。隆武仿淮阴故事，筑坛郊拜而送之。既出关，疏称候饷，驻不行。月余，内催二将檄如雨，而切责郑彩畏缩不前，自有国法在。不得已，逾关行四、五百里而还，仍疏言饷绝，留如故。于是黄道周以师相请募兵江西。江西多其子弟，愿俱效死军前。芝龙不与一钱，隆武给空札百函为行资而已。道周以札号召门下得百人，居吉安，与杨廷麟、万元吉为呼应。出兵徽州，为清兵所擒，械送江宁。道周绝粒不食，积十四日不死。内院洪承畴疏救，言‘道周清节夙学，负有重望。今罪在不赦，而臣察江南人情，无不怜悯痛惜道周者，伏望皇上赦其重罪，待以不死’。上不允。寻同中书赖雍、蔡维谨等骈斩于市。
蒋德璟自请行关，确察情形，相机督战。隆武许之。比至，则疲兵弱卒、朽甲钝戈，一无可为。德璟告病去。而户部尚书李长倩以饷不继忧死。提学御史毛协恭亦愤卒。泉州知府邹式金见事不可为，擢兴永道副使，予告去。吏部郎中赵玉成与尚书张肯堂同籍江南，疏言‘臣等生长海滨，请以水师千人，从海道直抵君山，袭取金陵，以迎陛下。计陛下陆行期，会同于金陵’。隆武大喜，亟催芝龙造艘。芝龙笑诺。会有疏水师诸臣宜留其家眷以防逃归者，事不果。隆武乃决意亲征。
二月，驻建宁。楚抚何腾蛟、江右杨廷麟皆有疏迎隆武。隆武意欲往江右，犹豫未定，而芝龙固请回省。省中人数万呼拥，谓绝天下望。因驻跸剑津，而任兵部尚书吴春枝留守，晋大学士；辞不受，留驻浦城。
六月，吴炳自江右单骑入关，命以布政提调棘闱，而以修编刘以修为主考官，取中举人叶瓒等百余名，犹雍雍太平象也。皇子诞生，群臣贺表，有“日月为明、止戈为武”语。隆武嗟赏，大赦覃恩。郑氏厮养，俱得三代诰，撰敕者、织轴者日不暇给。当是之时，兵羸饷绝，当事无谈及兵事者，举期如梦如醉，不待识者而知其败坏矣。
时清朝招抚江南者为内院大学士洪承畴，招抚福建者为御史黄熙胤，皆晋江人，与芝龙同里。芝龙密遣使微行通款。而隆武独与鲁王为仇。都督陈谦奉鲁使，与行人林至关。及关，趑趄未敢入，芝龙以书招之，乃入陛见。启函，称皇叔父而不称陛下，隆武大怒，下廷议，皆下狱。芝龙疏救，不许。陈谦者，武进人也。乙酉春，齎弘光诏封芝龙为南安伯。比启读券，乃误书安南。谦谓芝龙曰：‘安南则兼两广，南安仅一邑耳，请留券而易诏，更晋伯为侯’。芝龙大喜，厚赠而别。及半途而南京变。芝龙素德之。有镇江钱邦芑者，召对中旨，擢为监察御史，实出芝龙门下，而与隆武亲，最蒙信任。密启隆武：‘陈谦为鲁心腹，与郑至交，不急除恐有内患’。或以告芝龙。芝龙谓刑所必经其门，临期救之未晚。至夜半，内传片纸，别移谦斩之。芝龙闻，伏尸哭极哀，以千金百布葬谦，为文以祭，有‘我虽不杀伯仁、伯仁由我而死’之语。即疏称‘海寇狎至，今三关饷取之臣，臣取之海，无海则无家，非遄征不可’。拜表即行。中使手敕云：‘先生稍迟，朕与先生同行’。及之河，则飞帆过延平矣。芝龙既去，守关将施福尽撤兵还安平，声言缺饷；盖微闻钱塘信也。