未几，左良玉具疏请保全东宫，以安臣民之心。谓‘东宫之来，吴三桂实有符验，史可法明知而不敢言，此岂大臣之道？满朝诸臣，但知逢君，不惜大体。前者李贼逆乱，尚锡王封，不忍遽加刑害。何至一家，反视为仇。明知穷究，并无别情，必欲辗转诛求，遂使陛下忘屋乌之德、臣下绝委裘之义，普天同怨。陛下独与二、三奸臣保守天下，无是理也。亲亲而仁民，愿陛下省之’。有旨：‘东宫果真，当不失王封。但王之明被穆虎使冒太子，正在根究奸党。其吴三桂、史可法等语，尤系讹传。法司将审明节略，先谕该藩’。黄得功言：‘东宫未必假冒，各官逢迎，不知的系何人辨明？何人定为奸伪？先帝之子即陛下之子，未有不明不白付之刑狱。人臣之义谓何？恐在廷诸臣，谄徇者多、抗颜者少。即使明白认识，谁敢出头取祸乎’？刘良佐言：‘王之明、童氏两案，未协舆论，恳求曲全两朝彝伦，毋贻天下后世口实’。工部侍郎何楷言镇疏东宫甚明。湖抚何腾蛟言：‘太子到南，何人奏闻？何人物色？取召至京，马士英何以独知其伪？既是王昺侄，系何人举发？内官、公侯多北来之人，何无一人确认而泛云自供？高梦箕前后二疏，何以不发抄传？此事关天下万世是非，不可不慎’。江督袁继咸言：‘太子居移气养，必非外间儿童所能假袭。王昺原系富族，高阳未闻屠害，岂无父兄群从？何事只身流转到南？既走绍兴，于朝廷有何关系？遣人踪迹召来，诈冒从何因起？望陛下勿信偏词，使一人免向隅之恨，则宇宙享荡平之福’。弘光以王之明自供甚明，命法司将审明节略各谕之。
吏部尚书张捷题准恤成国公朱纯臣照张辅例赠王。纯臣固率先劝进，为贼所诛者也。琉球国遣使入贡，请袭封，命给事中陈燕翼、行人韩元勋各给一品服前去。原任中允李明睿泛海南归。弘光以忠节，深嘉之。
十九日，设坛太平门外，百官素服，望祭先帝。独阮大铖后至，哭呼先帝而来曰：‘致先帝殉社稷者，东林诸臣也。不尽杀东林诸臣，不足以谢先帝！今陈名夏、徐汧等俱北走矣’！马士英急止之曰：‘徐九一现有人在’。大铖日与杨维垣谋，必欲尽杀东林、复社诸人。大狱将兴，寻以上游告警姑缓。或夜半书士英堂中云：‘闯贼无门，匹马横行天下；元凶有耳，一兀直捣中原’。求其人不得。仓场尚书贺世寿、佥都御史郭维经告病去。维经，江右正人，群小指为南昌私党。大铖密遣人于江中劫之。
以应天府丞邹之麟为都察院佥都御史。升何腾蛟兵部侍郎兼佥都御史，总督川、湖、云、贵、广西军务，杨鹗回部管事。时鹗抚湖南，士英虑其人情不调，疏令回部。鹗抗疏言：‘人情极调。且臣与良玉旗鼓相当，英雄本色、丈夫肝肠，青天白日，伏乞以后申饬臣工，收敛精神，用之剿御。释此不必然之疑，省此不必然之事。若知之不明、处之不当，听细人之言，薄劳苦功高之士，识者灰心，人人解体，殆非所以巩朝廷而鼓忠勇也’！户科吴适亦言：‘鹗与良玉慷慨同仇，共矢夹辅。莅沅数日，酌定营制，经理屯田，业有端绪。不久撤回，大业弗竟，臣恐湖南自此瓦解，而楚事不可为矣！夫大敌在前，屡易大帅，军法所忌。宁择而后用，致审于任事之初；无用而后择，轻更于受命之后’。疏入，不省。
刘良佐奏报许定国引清兵入仪封，李本身、刘洪起驰斩定国先锋刘道行。清兵入考城。加洪起太子太保。清兵寻破归、睢，巡按御史凌駉死之，侄润生自缢。駉遗清朝书有云：‘愿坚盟好，勿轻南下。否则，扬子江头凌御史，即钱塘江上吴相国也’。事闻，赠駉兵部侍郎、润生御史。清兵进逼江北，直下徐、颍，总兵李成栋南遁。四月初一日，命尽去各衙门印文“南京”二字；因礼部管绍宁印被窃，马士英请改铸另给也。
初四日，宁南侯左良玉举兵东下，驰疏至；云：‘窃见逆贼马士英出自苗种，性本凶顽。臣身在行间，无日不闻其罪状，无人不恨其奸邪。先帝皇太子至京，道路汹传，陛下屡发矜慈，士英以真为假，必欲置之死而后快其谋。臣前两疏，望陛下从容审处；犹冀士英夜气稍存，亦当剔肠悔过，以存先帝一线。不意奸谋日甚一日，臣自此义不与奸贼共天日矣。臣已提师在途，将士眦目指发，人人必欲快食其肉。臣恐百万之众，发而难收，震惊宫阕，且声其罪状，正告陛下，仰祈刚断，与天下共弃之。自先帝之变，人人号泣，士英利灾擅权，事事与先帝为难。钦案，先帝手定者，士英首翻之；要典，先帝手焚者，士英修复之。思宗改谥，明示先帝不足思，以绝天下报仇雪耻之心；罪不容于死者一也。国家提衡文武，全恃名器鼓舞人心。自贼臣窃柄以来，卖官鬻爵，殆无虚刻；致都门有“职方贱如狗、都督满街走”之谣。如越其杰以贪罪遣戍，不一年而立升部堂；张孙振以赃污绞犯，不数月而夤缘仆少；袁弘勋与张道浚皆诏狱论罪者也，借起废径复原官；如杨天骢、刘泌、王燧、黄鼎、赵书办等，或行同犬彘、或罪等叛逆，皆用之于当路。凡此之类，直以千计，罄竹难书；罪不容于死者二也。阁臣司票拟，政事归六部，至于兵柄尤不得兼握。士英已为首辅，犹复掌枢，是弁髦太祖法度；且又引其腹心阮大铖，为添设尚书，以济其篡弑之谋。两子枭獍，各操重兵为呼应，司马昭复生于今日；罪不容于死者三也。陛下选立中宫，典礼攸关。士英居为奇货，择其尤者以充下陈，罪通于天。而又私买歌女，寄养阮大铖家，希图进选，计乱中宫，阴谋叵测；罪不容于死者四也。陛下即位之初，恭俭神明。士英百计诓惑，进优童艳女，损伤盛德。每对人言，恶则归君；罪不容于死者五也。国家遭此大难，须宽仁慈爱以收人心。士英自引用阮大铖以来，睚眦杀人。如雷演祚、周镳等煆炼周内，株连蔓引。尤其甚者，借题三案，深埋陷阱，将生平不快意之人，一网打尽。令天下士民，重足解体；罪不容于死者六也。九重秘密，岂臣子所敢言？士英遍布私人，凡陛下一言一动，无不窥视。又募死士，窜伏皇城，诡名禁军，以观陛下动静，曰废立由我；罪不容于死者七也。率土碎心痛号者，先帝殉难，皇子犹存。前此定王之事，海内至今传疑未已。况今皇太子授受分明，臣前疏已悉；士英乃与阮大铖一手拿定，不畏天道神明，不畏二祖列宗，不畏天下公议，不畏万古纲常，忍以先帝已立七年之嗣君，为四海讴歌讼狱所归者，付之幽囚，天昏地惨，神人共愤。凡有血气，皆欲寸磔士英、大铖等，以谢先帝。此非臣之私言，诸将士之言也；非独臣标将士之言，天下忠臣、义士、愚夫、愚妇之公言也。伏乞陛下立将士英等肆诸市朝，传首四方，用抒公愤。臣等束兵计刻以待，不禁大声疾呼，激切以闻’。又传檄云：‘盖闻大义之垂，炳于星日；无礼之逐，严于鹰鹯。天地有至公，臣民不可罔也。
奸臣马士英，根原赤身，种类蓝面，昔冒九死之罪，业已侨妾作奴、屠发为僧；重荷三代之恩，徒尔狐窟白门、狼吞泗上。会当国家多难之日，侈言拥戴劝进之功，以今上历数之归，为私家携赠之物。窃弄威福，炀蔽聪明。持兵力以胁人，致天子闭目拱手；张伪旨以詟俗，俾丘民重足寒心。本为报仇而立君，乃事事与先帝为仇，不祗矫诬圣德；初因民愿而择主，乃事事拂兆民之愿，何由奠丽民生？幻蜃蔽天，妖蟆障日。卖官必先姻娅，试看七十老囚、三不败类，居然节钺监军；渔色罔识君亲，托言六宫备选、二八红颜，变为桑间濮上。苏、松、常、镇，横征之使肆行；檇李、会稽，妙选之音日下。江南无夜安之枕，言马家便尔杀人；北斗有朝彗之星，谓英名实应图谶。除诰命赠荫之余无朝政，自私怨旧仇而外无功能。类此之为，何其亟也！而乃冰山发焰，鳄水兴波，群小充斥于朝端，贤良窜逐于崖谷。同己者，性侔豺虎、行列猪猳，如阮大铖某某等数十巨憝，皆引之为羽翼，以张杀人媚人之赤帜；异己者，德并苏、黄，才媲房、杜，如刘宗周、姜曰广、高弘图等数十大贤，皆诬之为朋党，以快虺如蛇如之狼心。道路有口，空怜“职方如狗、都督满街”之谣；神明难欺，最痛“立君由我、杀人何妨”之句。呜呼！江汉长流、潇湘尽竹，罄此之罪，岂有极与！若鲍鱼蓄而日膻，若火木重而逾烈。放崔、魏之瘈狗，遽敢灭伦；收闯、献之狝猴，教以升木。用腹心出镇，太尉朱泚之故智，几几殆有甚焉；募死士入宫，宇文化及之所为，人人而知之矣。是诚河山为之削色，日月倏以无光。又况皇嗣幽囚，列祖怨恫。