董卓死了，朝廷却没有太平。王允吕布立下大功，自然要重重封赏。于是，王允录尚书事，吕布为奋威将军、假节、仪比三司，封温侯，共同执掌朝政。然而，王允为人，刚愎自用。当初有个董太师在头上压着，因此还谨慎老实。如今董卓灭亡，王允又自认为是自己的功劳，就开始骄横起来。偏偏吕布也把灭亡董卓的功劳算在自己头上，不时自吹自擂。在王允眼里吕布仅仅算个剑客，说得难听点就是武夫，逐渐将相不和。吕布劝王允杀光董卓的余党以绝后患，王允认为他们没什么罪过，不同意；吕布又劝王允把董卓的"遗产"拿出一部分来赏赐有功的公卿将校，王允又不同意。王允还干了一件令人心寒的事情：蔡邕是当时的名士，却仅仅因为对董卓之死有所动容就被王允下狱。蔡邕博学多才，是当时著名的学者。生前编纂汉史，作灵帝纪以及个人列传四十二篇。虽然大多毁于后来的战火，但仍然有诗赋铭吊等一百多篇传世。蔡邕还是个书法家。据唐代张彦远《法书要录?笔法传授人名》说：蔡邕受艺于神人（天才啦），而传与崔瑗及女文姬，文姬传之钟繇，钟繇传之卫夫人，卫夫人传之王羲之，王羲之传之王献之。这么算来，后世大名鼎鼎的王羲之献之都是他的徒孙。董卓听说他的才华，给了他两个“建议”：要么来我这里当官，要么等着被灭族！蔡邕哪里敢不来，来了后颇受董卓器重。蔡邕绝不会忠于董卓，听到他的死讯是也只不过是因为过去的个人恩怨而表示了些感叹，就触怒了王允。这样的人被王司徒下了狱，包括太尉在内的百官都来求情，请求王司徒网开一面，使得蔡邕能够继续编辑汉史。而王允却显示了其粗鲁的一面：“当年汉武帝没杀司马迁，结果世上多了一部谤书（他指史记）。如今要是留下蔡邕，不是又要多一部谤书来迷惑天子，诽谤你我吗？！”史家之绝唱，无韵之离骚，在王允眼里居然只是一部“谤书”！蔡邕就这样死在狱中。大家一看，走了个跋扈的董太师，又来了个骄横的王司徒，也开始心怀不满，牢骚满腹。历史总是重复着这样的滑稽，胜利者抓住了失败者的弱点后一举获胜，但偏偏又走上了失败者同样的道路。
这个时候董卓的部将牛辅李催郭汜等正奉命在陈留颖川等地劫掠，听到朝廷如此变故，有如惊弓之鸟，各自拥兵自保。当时谣言满天飞，都说王允要将董卓余党斩尽杀绝。连蔡邕都因为一些鸡毛蒜皮的小事被下狱致死，牛辅李催能不信吗？其实王允也曾想赦免这些家伙，但却又突然改注意想把他们缴械。部下虽然劝告他，这样作行不通，但骄横的王司徒哪还听得进去？吕布派李肃去诛杀董卓的女婿牛辅。牛辅一看，果然杀到我头上来了，来个垂死挣扎，反戈一击将李肃打败。这个时候，牛辅军中却突然炸营，牛辅也死在了乱军中。李催等人没办法，上表请求王司徒高抬贵手，能够赦免他们，又被王允拒绝。李催郭汜这个时候六神无主，魂飞魄散，甚至想解散部队各自逃生。看似山穷水尽的时候，武威人贾诩（就是后来赫赫有名的贾文和）却给他们出了个主意，说：“诸位就这么走了，半道上一个小官就可以把你们绳之以法。不如召集军队杀上长安一赌胜负。胜了，就把持朝政；败了，再逃命不迟。”李催等本来就是亡命之徒，贾诩说的又不是什么深奥的长篇大论，当即恍然大悟，立刻纠集了董卓的旧部几千人西攻长安。
大难临头，王允还是漫不经心，派了两个在凉州很有名望的人作使者去解释招安，可言语中哪里有丝毫抚慰的意思：“这帮小兔崽子，到底想干什么？你们去给我把他们叫来！”结果，这两个使者半道就反叛投靠了李催，还顺便拉走一批人马作见面礼。王允又派董卓的旧部胡轸徐荣前往镇压，可徐荣战死，胡轸（本来就和吕布矛盾尖锐）投降。就这样李催郭汜一路招降纳叛，来到长安城下时已经从原来的几千人马变成了十万大军，呼啦啦就把长安团团包围。王允吕布没想到这帮兔崽子居然如此有种，大惊失色，只好仗着长安城池坚固，苦撑死守。然而，六月，吕布军中有人反叛，长安终于被兔崽子们攻破。吕布奋力巷战也不能取胜，只好带领几百名骑兵逃跑。临走前招呼王允同行。王允这时到体现了烈士气概，拒绝了吕布的一番好意，表示要与朝廷共存亡，嘱咐吕温侯好自为之，并告诉关东诸侯为自己报仇。吕布无奈，只好逃离长安投奔了袁术。
李催进城后，放纵士兵劫掠，长安军民死者上万。董卓的部下，除了当强盗似乎什么也不会。俘获王允后虽然对他恨之入骨，但因为王允还有两个心腹在外领兵，没敢轻举妄动，而是先以朝廷的名义征调二人进长安。这两个家伙偏偏迂腐懦弱，明知是火坑，看看调令上面朝廷的大印却不敢不向下跳（曹操挟天子以令诸侯的灵感，由此而来吧）。这下子李催郭汜不再有任何顾忌，三个人一起掉了脑袋。从此后，李催郭汜等人把持了朝政。
从初平三年四月到六月，王允吕布仅仅支撑了两个月就失败了。如此短命，有不少人将他们失败的原因归于贾诩的“馊主意”，其实这么看实在是太抬举贾文和了。李催郭汜听从贾诩的“馊主意”起兵时手下仅仅有几千人马，杀到长安城下时却有了十万大军。陈留颖川到长安的一路上居然扩军几十倍，遇到的各种武装全都投靠了叛军，还不能说明问题吗？董卓覆灭后，如何处理他的余部成为当务之急，但王允吕布对此是剿是抚左右不定。这样的沉默，只能引起更大的恐慌。张口闭口又是“小兔崽子”，对于心有余悸的董卓余部，完全是一副官逼民反的态度。困兽犹斗，何况李催郭汜本来就是虎狼之徒？那十万大军并非李催郭汜的本部人马，全都是路上“捡”来的。试想，如果王允应对有方，事先做些安排，只要能让那十万人马保持中立，或能召集其中一部为己用，就凭几千士兵李催郭汜又焉能围攻长安？来了也只能落得一个贾诩所说的先兵败后逃亡的下场。贾诩的主意只是个rigger，真正的原因还是因为王允吕布未能妥善处理各种各样的火药桶，才会有后来一触即爆不可收拾的局面。王允诛灭董卓，忠于朝廷，为人刚正，都是应予肯定的。但刚愎自用，一意孤行，做事僵硬而不讲灵活性，终究不是能够驾驭这个乱世的人。
长安城中的兵荒马乱终于告一段落。原来的大臣们有的乱军中战死，有的被李郭杀害，有的四处逃亡，李催郭汜就任命百官，另建一个朝廷。李催当上了车骑将军，郭汜后将军，樊稠右将军，张济骠骑将军，个个封候拜将。李郭樊三人在长安把持朝政，张济屯兵弘农，防止关东的诸侯们趁机反扑。关东的诸侯们要是还惦记着这帮豺狼，能放过董卓被杀的机会对他们左右夹攻吗？吊民伐罪的"义兵"当然是没等来，但出乎意料，他们却等来了朝贡的使者。
初平二年袁绍巧取韩馥的冀州后，鲍信就对曹操说：“袁绍身为盟主，却这样见利忘义，早晚会出乱子，简直又是一个董卓。我们的力量还不足以讨伐他，只能暂时躲避。这样的人最好离远点，先到黄河以南找个地方安身，静观其变。”正好东郡爆发了农民起义，当地官员束手无策，曹操就引兵入东郡镇压。表面上，曹操仍然和袁绍表示友好，袁绍也推荐曹操担任东郡太守。曹操有了一块自己的地盘后，就开始招兵买马，扩充实力，东征西讨。初平三年四月，正当王允吕布密谋诛杀董卓时，青州的黄巾起义军进攻兖州，刺史刘岱前往镇压时兵败身死。兖州群龙无首，又要面对号称百万的黄巾起义军，顿时人心惶惶。陈宫当时是曹操的部下，自告奋勇地前去游说兖州的治中别驾等要员，说东郡太守曹操是当时豪杰，如果请他来治理兖州定能平定叛乱。于是，曹操担任了兖州牧并进兵镇压黄巾军。孟德果然不负众望，虽然初战时寡不敌众（黄巾军号称百万，而曹操手下大多是没有战斗力的新兵，人数也相当少），但曹操鼓励士卒，严明赏罚，设计定谋，积小胜为大胜终于扭转战局。到当年十二月，曹操打败并迫降了这股黄巾军，得"戍卒三十万，男女百万口"（注1）。曹操挑选其中的精锐，组成青州兵，后来成为曹操军事力量的骨干。这一战，曹操收获巨大。首先，有了一片根据地，舒舒服服地得了个兖州牧的头衔；其次，组织了一支精锐的军事力量，虽然数量不会很多（兖州一地绝对养不了三十万兵）；第三，获得了"男女百万口"。在当时军阀混战民不聊生的时候，洛阳长安都一度方圆几百里鸡犬不留，到处是有地没人耕的情况下，这些劳动力就显得十分珍贵，后来成为曹操屯田的物质基础。唯一美中不足的是，曹操的好友鲍信战死。
曹操在兖州逐渐站稳脚根后，手下的谋士毛介就向他提出了利用挟天子以令诸侯的初步设想：“现在天下分崩，社稷动荡，百姓流离失所，饥荒到处蔓延。公库的钱粮，不够一年的积蓄，各地的百姓，没有安居乐业的想法，这不是长久之计。应当供奉天子以讨伐各地的反叛，鼓励耕种来储备军队的钱粮。这样的话，则不难成就霸业。”曹操非常同意他的观点，就派遣使者到长安向朝贺。李催郭汜见到了曹操的使者，满腹狐疑。曹操在平定黄巾军的途中，李催郭汜把持下的朝廷曾经任命过一个兖州刺史，被曹操毫不客气地赶跑，如今当然不会是来朝贺他们的。朝贺汉献帝？关东的诸侯们不是一度有另立新帝的打算吗？这个使者，到底是来干什么的？因此打算扣留。当时任黄门侍郎的钟繇劝说两位将军，如今天下大乱，各地诸侯都不把朝廷放在眼里，只有曹操还来朝贡，不应该胡思乱想打击人家的积极性。两人一听也有道理，就厚待使者，事实上承认了这个兖州牧。不久后，徐州的陶谦也来朝贡，又被李催郭汜正式地拜为徐州牧，安东将军。这个小朝廷似乎也获得了一些威望。
注1这个数字，多半有水分。袁绍在推荐曹操出任兖州牧的表章上说：“黄巾十万焚烧青、兗，黑山、张杨蹈藉冀域。臣乃旋师，奉辞伐畔。金鼓未震，狡敌知亡，故韩馥怀惧，谢咎归土，张扬、黑山同时乞降。臣时辄承制，窃比窦融，以议郎曹操权领兗州牧。”看来，曹操在这里有虚报战功之嫌。